蔡元定一生“于书无所不读，于事无所不究，义理洞见大原，下至图书，礼乐，制度，无不精妙。古书奇辞奥义，人所不能晓者，一过目辄解。”（同上）曾协助朱熹著书立说。“熹疏释四书及为《易》、《诗传》、《通鉴纲目》，皆与元定往复参订；《启蒙》一书，则属元定起稿。”（同上）其平生问学，多寓于朱熹书集之中。撰有《大衍详说》、《律吕新书》、《燕乐》、《原辨》、《皇极经世指要》、《太玄潜虚指要》、《洪范解》、《八阵图说》等，其中《经世指要》、《大衍详说》、《易学启蒙》是易学著作。蔡元定的河洛思想主要见于《易学启蒙》，如前所言，《易学启蒙》是朱熹和蔡元定合作撰定的，由蔡氏起稿。其书代表了朱子和蔡氏两人的观点。书中也引了蔡元定的话，这些话基本的观点是以十为河图，以九为洛书，但两者又相互表理，其为一理，伏羲据河图而作《易》，出自天意。这与律吕数和干支数相类似，二者虽有别而相通。……蔡氏象数易另一个内容是对邵氏易的研究。邵氏先天之学之奥秘经过邵伯温、王是、张行成、祝泌等人解说而显于世。朱子对其先天易学加以阐述，解决了伏羲画卦及先天图排列的问题。而朱子这些成就与蔡元定是分不开的，表现在蔡元定参入了《易学启蒙》的撰定；其中对邵氏易的看法是由蔡元定改定的。如朱熹说：“《启蒙》中欲改数处，今签出奉呈，幸更审之，可改即改为佳，免令旧本流布太广也。”（《文集续集.答蔡季通》）当然其中有许多观点与朱子不同，未写入《启蒙》中，如蔡氏主张伏羲先天图与六日七分说相合，因朱子极力反对而未被采纳。蔡氏研究邵氏易另一个成果是他的《皇极经世指要》。该书以《易》解说邵氏之学，皆得其要，从某些方面远超过了邵伯温的注释，故而成为学者学邵氏易必读之书。

　　南宋前中期是程朱理学臻于完善的时期，以朱熹为杰出代表的理学在这一时期达到了历史的高峰。朱熹逝世后，著名学者黄勉斋这样评价他在中国思想史上的地位：“窃闻道之正统，待人而后传。自周以来，任传道之责，得统之正者，不过数人。而能使斯道章章较著者，一二人而止耳。由孔子而后，曾子、子思继其微，至孟子而始著。由孟子而后，周、程、张子继其绝，至先生而始著。盖千有余年之间，孔孟之徒所以推明是道者，既已煨烬残缺，离析穿凿，而微言几绝矣。周、程、张子崛起于斯文湮塞之余，人心蠹坏之后，扶持植立，厥功伟然，未及百年，舛驳尤甚。先生出，而自周以来相传之道，一旦豁然，如日月中天。”作

　　幼从父学

　　绍兴五年乙卯十一月十一日（1135年12月17日）辰时 ，蔡元定生于建宁府建阳县麻沙镇。

　　蔡元定的父亲蔡发，字神与，号牧堂，是一位造诣颇深的医学爱好者。他常对人说：“为人不可不知地理和医药”，蔡发还是一位优生优育、实施胎教的先驱者，詹体仁在《蔡牧堂公墓表》中记载道：（发）“常设古今圣贤像，俾使詹氏（元定母）日夕观之，以踵太任胎教之风。故季通（元定）生而聪睿超群，高出常儿。”元定八岁能作诗，日记数千言，承父教精研三氏(程、邵、张)之学说，幼时能深涵义理象数之学理，十九岁秉承父志，登西山绝顶，构筑书屋，忍饥吞野，刻意读书，对天文、地理、兵制、礼乐、度数无所不通，对方枝曲学，异端邪说，能悉拔其根，辨其是非。凡古书奇辞奥句，学者不能分句，元定过目，即能梳理剖析，无不畅达。朱熹赞曰：“人读易书难，季通读难书易”。

　　师事朱熹

　　二十五岁到五夫向朱熹问易，朱扣其学识，见他谈吐非凡，即惊奇地说：“此吾老友也，不当在弟子之列”，四方来学者，朱必让元定考询方能入学。朱、蔡二人师友相称，研究学问，著书讲学，长达四十年，亲密无间，在学术上成为朱熹的左肱右臂。

　　乾道六年(公元1169年)，蔡元定重上西山设“疑难堂”，与朱熹在云谷的“晦庵草堂”遥遥相对。为了及时联络问学，故在两山悬灯相望，夜间相约为号，灯暗表明学有难处，翌日往来解难。元定每到朱处，朱必留他数日，论学经常通宵达旦。宝佑三年，理宗皇帝为此敕建“西山精舍”，塑绘蔡元定与朱熹对座讲道神像。御书“西山”巨字，由孙杭石刻于石崖上。

　　蔡元定教人以性与天道为先，自本而支，自源而流，闻者莫不兴起，在西山讲学，学生常常挤满书屋内外。朱熹说：“造化微妙，惟深于理者识之，吾与季通言未尝厌也。”学生黄干说：“开始受学晦庵，首试西山蔡公之门，从游者多矣!公之来谒，先生必留数日，往往通夕论学不昧，从先生游者，归必过公之家，得其言论不忍去，去皆必有所得也。干之识公为最久，而荷之教最深。”

　　西山公一生不干利禄，四十不就科举，诸臣举荐于朝，皇帝下诏，他都坚以疾辞，一心以研究学问著书立说为已任。著有《律吕新书》、《皇极经世旨要》、《八陈图说》等十四种书于世。

　　遇折不屈

　　庆元三年(公元1197年)，权臣韩侂胄擅政，制造“伪学之禁”指道学为“伪学”，把“四书”、“六经”定为禁书，诬奏伪党五十九人，朱熹被打成“伪学魁首”，去职罢祠。诬蔡元定为朱熹的左右羽翼之罪，贬湖南道州编管。元定得讯，未向家人告别，即往府治报到，三子蔡沉，学生邱崇相随，行至考亭赢州桥头，朱熹与从学者百余人饯行，许多人感伤而泣下，元定却泰然自若，不异平常，临行赋诗云：“执手笑相别，毋为儿女悲，轻醇壮行色，扶摇动征衣，断不负所学，此心天可知。”朱熹汉曰：“朋友相爱之情，季通不屈之志，可谓两得之矣!”

　　朱熹向元定提出著《参同契