明王朝的科举制度，经过南北榜案这次重大的变革。从此明朝的科举录取，不再是“全国统一划线”，相反分成了“南北榜”，即南北方的学子，按照其所处的地域进行排名，分别录取出贡生后，再统一参加殿式。

这个制度不但此后沿用于整个明清两朝，与当下高考中的“分区划线”，也有异曲同工之意。

朱元璋用“搞平衡”的办法处理了这次震撼明王朝的科举大案，但案件背后的谜团依然未曾解开。

南北榜案同时在一定程度上体现了全国统一形势发展中南北政治平衡的要求，也体现了朱元璋打击和限制江南地主的政策，此事件开明朝分南北取士之先例，至洪熙帝以后遂成定制。