“文永之役”以后，为防范元军再来，幕府进一步采取措施，加强防御体制：调中国地方(指山阴、山阳两道)御家人驻守长门，调东国御家人驻守九州，以有战功者赏相约，动员全国“公家”和寺社里的非御家人;任命北条一族人为九州和其他重要国的守护;最后在博多湾沿岸筑起坚固石垒。忽必烈在灭南宋(公元1279年)前后，大肆搜刮，进行更大规模的战争准备。他又两次遣使赴日要求朝贡。北条时宗两次斩杀元使，以示继续抵抗决心。

　　弘安4年(公元1281年)忽必烈分兵两路，一路是从朝鲜派出的东路军，另一路是从中国江南派出的江南军。东路军由忻都、洪茶丘统率蒙、汉、鲜兵4万人，兵船900艘。江南军由范文虎指挥10万人，兵船35000艘。两路军约定于6月中旬在壹吱会合。东路军首先进发，6月初已进入博多湾，占志贺岛。日本武士草野次郎、河野通有等曾多次乘小船主动出击，双方互有损伤。7月初，元两路军汇合，下旬元军主力集结鹰岛。在元军即将举行全面进攻的前夕——农历7月30日夜，这里又狂风大作，兵船大部沉没，元军仅一小部分得以生还。于是忽必烈的第二次远征又告失败。

　　在幕府领导下日本军民进行的顽强抵抗及两次暴风雨对元兵船的袭击无疑是使日本赢得胜利的主要因素。至于暴风雨，那只是一种自然现象，日本旧史书把这种自然现象说成是“神风”、“八幡宫镐矢西风”、“天野明神出阵”等等，显然是无稽之谈。