自1840年鸦片战争以来，面对外国侵略者对新疆地区的蚕食鲸吞，柯尔克孜族人民与新疆各族人民一道，进行了保家卫国的英勇斗争。1856年沙俄入侵伊塞克湖地区，遭到柯尔克孜人民的坚决抵抗。1865年柯尔克孜族人民举行了抗击阿古柏匪帮入侵的武装斗争。1877年在清军收复失地的过程中，得到了柯尔克孜族人民的密切配合。1878年清朝军队收复失地后，西布鲁特14个部落重申归属清朝，清政府委派千户长、百户长管理帕米尔高原地区，并增设了卡伦。柯尔克孜族牧民承担了卡伦的稽查、侦探、修路等任务。1895年英俄两国彼此勾结，背着中国政府私自瓜分了帕米尔地区，该地的柯尔克孜族与塔吉克族组织了“绥远回队”，为此做了不屈不挠的斗争。1933年11月，受英帝国主义支持的民族分裂政权“东突厥斯坦伊斯兰共和国”粉墨登场。与此同时，受苏联十月革命影响的柯尔克孜族先进分子伊斯哈克拜克，在乌恰山区组织柯尔克孜骑兵武装进行反分裂斗争。1934年，这支武装力量歼灭了逃入乌恰的“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的残部。1937年后，伊斯哈克拜克率部进驻喀什，担负着从喀喇昆仑到帕米尔高原一带的边卡驻防任务，维护了祖国的统一和边境的安全。1944年9月，新疆爆发了三区革命。1945年4月，伊斯哈克拜克担任了三区民族军总司令。在三区革命的影响下，1945年8月南疆爆发了蒲犁革命。柯尔克孜、塔吉克等族人民组织了武装起义队伍，建立了革命政权，有力地配合了三区革命。1949年，柯尔克孜族人民与新疆各族人民一道迎来了新疆的和平解放。1954年，克孜勒苏柯尔克孜自治州成立。半个世纪以来，柯尔克孜族人民在各个方面都取得了辉煌成绩。