塔吉克族群众过去普遍信仰伊斯兰教。伊斯兰教的伊斯玛仪勒教派在新疆地区只有塔吉克一个民族信仰过。这个教派也流行于印度、阿富汗、巴基斯坦等国家(其中在阿富汗流行最广，势力最大。)各地伊斯玛仪勒教派都有共同的宗教头领，称为“忘教主”。这一教派在宗教教义上与其他教派相同，都奉安拉为唯一至高无上的神，信穆罕默德是安拉的使者等等。但是在宗教功课方面有着自己的特点：如在五大天命的“礼”功上，每日不举行五时拜功，只作早、晚两时的拜功，并且礼拜时跪着礼拜。主张礼拜的方向可以朝向四面八方。在“斋”功方面，不举行伊斯兰教的“来买抓”月(即伊斯兰教历九月)的日禁食之斋戒。主张心、眼、嘴、耳、手、脚、忍之七斋。即心要公道，眼不邪视，嘴不搬弄是非，耳不听谗言恶语，手不拿别人财物，脚不得到热闹场所，和忍辱不记仇等七戒。由于信仰伊斯玛仪勒派，所以，同其他信伊斯兰教的民族比较起来，塔吉克的宗教有着他自己的特点。如：宗教活动较少，清真寺也很少。教徒们不封斋，不重朝觐天房圣地。除了部分老人在家作两次礼拜以外，一般群众仅在节日举行礼拜等等。塔吉克的宗教组织制度也不如维吾尔等族那样严密。宗教的首领“依禅”自称是“圣人”的后裔，职位世袭。但是他们所管辖教徒的数量和在教派内的威望是各不相同的。教徒世代信从某一依禅及其继承者。依禅在教徒比较集中的乡村，委任当地的一个信徒为“海力派”，作为自己一部分活动的代理人。由于依禅没有固定的教区，因此有些乡村因为教徒分属几个依禅而出现一个乡村有几个海力派的现象。此外，还有宗教职业者“卡孜”掌握着宗教法律，“阿姆兰”则是主持节日宗教活动的，他们都在一定地区内进行活动。