柯尔克孜族主要禁忌有四个方面：

饮食禁忌：与其他信奉伊斯兰教民族大体相同，忌食猪、驴、骡及自死动物的肉，忌食动物血忌食非伊斯兰都徒宰杀的动物。饭前须洗手，手上的水忌甩，须用布擦干。做客时，主人让吃时客人才可用餐；忌将剩饭剩菜倒在地上；忌客人掀厨房布帘向里窥视。

婚姻禁忌：迎亲日，新郎在迎亲人的陪同下骑马到女家，女方女眷善迎之，男眷却手持绳索，将新郎五花大绑捆在帐篷(或门)前，然后捆绑新娘并将一对新人拴在一起。新人不可流露不满情绪，或恼怒，否则于亲事不吉。直到新郎父兄向女方亲友“求情”再三，新人才可被“释放”。

生活禁忌：两人对面谈话时，忌咳嗽、擤鼻涕、打呵欠等。否则认为对对方的不敬。忌媳妇的臀部对着长辈，故媳妇自屋里出来时，禁忌转身，只可退着了；客人出门时亦应背朝门退出。最忌撒谎、欺骗和赌咒，若发现，轻者受训，重者引起公愤，甚至被驱逐出村。

原始宗教信仰禁忌：忌对月亮、星星诉苦。该族先民想念星代表人的生命，是人的命星，月是冷神，向其诉苦是一种罪过。忌傍晚睡觉，易被妖魔缠身。忌晚上往外拿白。因奶为白色，是该族主要食品。故视白为财富，为幸运，为神圣色。晚上从家里往外拿白色的东西，这等于拿走财富与幸福。忌黑，认为黑色可引起恐惧，带来灾难，为邪恶、黑暗、绝望之象征，故除丧礼中穿黑色衣服外，日常生活中忌讳黑色。忌踩盐和食物。盐和食物自古被族人视为最神圣物品，故认为踩踏盐与食物为极大罪过。此外，古代柯尔克孜人还忌跨越象征食物宝藏的餐布，忌坐由牲畜绒毛搓成的毛绳，忌跨越花绳(据传该族视狼为图腾，而狼从跨越花绳)等原始宗教性禁忌习俗。