中国人的蛇信仰应是原始时代的蛇图腾崇拜的遗存，蛇神的最初表现形式，是古代神话中人首蛇身的神或能变化为蛇形的神，汉代石刻画像中的女娲、伏羲，《山海经》里的共工、轩辕等，均属此类。学者程蔷具体描述了蛇图腾的产生原因及其与蛇神信仰的关系：古代神话形象的发展，一般都经历过一个兽形→半兽半人形→人形的阶段。这类蛇神的出现，应是在兽形神到半兽半人形神的发展过程中。那时，初民生存于险恶的自然条件中，蛇是他们凶恶的敌人。蛇凶残狡猾，它没有四肢，却能飞快地爬行，身上鳞片组成的花纹能在阳光下闪闪发光，却又冷又滑，极难逮住制服。这一切都给人以不可理解的怪异印象。于是，蛇在先民的心目中逐渐被神化。他们把自己称为蛇的后代，想借此博求蛇的保护。

随着这种蛇图腾崇拜的形成与发展，初民给不少神性形象安上了蛇形或蛇与人相结合的外貌。众多的蛇神就这样在神话中出现了。但是也有人认为，蛇图腾及蛇信仰的产生，并非因为初民无法抵御蛇害，这才采取媚神方法冒认祖先，予以供奉祀拜，而是由于在初民的宇宙和生命观中，蛇向来就居于崇高无上的地位。如余麟年说：古人认为世界上一切的动物都是虫，人也不例外。《大戴礼记·曾子天园》：“毛虫之精者曰麟，羽虫之精者曰凤，介虫之精者曰龟，鳞虫之精者曰龙，偶虫之精者曰圣人。”而甲骨文中的虫字，是一条昂首屈身的蛇，已经透露出初民认为世上一切动物都是蛇种的信息。华夏民族崇拜龙，龙正是以蛇为原型想像出来的灵物，此乃中华民族的主要图腾。

民间传说中，从开天辟地的盘古到人类始祖女娲、伏羲、轩辕黄帝，均“人首蛇身”；尧母庆都与赤蛇合婚生尧；夏为龙族；夏后氏蛇身人首……至今民间还保留着的一些对蛇的信仰与崇拜的风俗，这些都可证明先民把蛇当作了自己的祖灵。论者还举例说：建房破土动工时念颂的《建宅文》里就提到蛇。房屋建成后要举行以示迎接祖先进入新居的镇宅仪式，要用香从老屋把祖宗和蛇引进新居坐位，以祈“宅富人兴，永安千载”。缪亚奇也指出，从现存的祭祀活动及崇蛇习俗看，蛇原是谷神、祖先神，表明龙图腾源于蛇图腾的实质。 另一种意见认为，从早期的蛇神传说看，它们都有一个明显的特征，就是与原始先民最为恐惧的洪水有密不可分的关系，既有像共工这类制造水患的凶神，也有像大禹这类治理水患的正神，还有像伏羲、女娲这类经过洪水后繁衍后代的人类始祖神，可知蛇信仰的原始意义实质上是对自然力的崇拜。这种意义在神话时代以后的崇蛇习俗中，继续得到显示，而且多归结到蛇即水神这一点上。如明清时江南人奉祀的“蛇王施相公”，相传是宋代一位姓施的诸生，他在山间拾到一枚蛇卵，孵出蛇后，为其护身。后来施被冤杀，此蛇为他索命，朝廷被迫封施相公为“护国镇海侯”，用硕大的馒头供奉他，那条蛇遂盘在馒头上死去。从此，施相公被江南人尊为水神。相似的故事，在郦道元《水经注》里也有：“人有行于途者，见一小蛇，疑其有灵，持而养之，名曰担生。长而吞噬人，里中患之，遂捕系狱。担生负而奔，邑沦为湖。”从这段蛇能陷邑为湖的传奇中，人们不难看到“共工振滔洪水，以薄空桑”(《淮南子·本经篇》)的远古神话的历史影子。所以，水神祭祀作为自然崇拜的遗迹，既反映人类的原始信仰，又成为自然崇拜意识延续的载体，而“无论在神话、仙话和民间传说，还是水祭中，水神的实质是龙，但这龙并非佛教的龙，而是江南民间观念的龙，即古代的蛇，亦即抽象化的水中灵魂”。

还有一种意见认为，蛇信仰的源头是初民的男根崇拜，它的发生可以前溯至中国母系氏族社会的中晚期，如大汶口文化中据说有蛇形纹饰，江南地区印纹陶上据说也有蛇纹，它们都有象征男根的涵义。据《路史·后纪一》注引《宝椟记》：“帝女游于华胥之渊，感蛇而孕，十三年生庖牺。”所谓感蛇而孕，是谓与某男子交媾而孕。蛇在这里由象征男根发展出象征男性的意义。台湾省高山族的溯源神话云：“昔有二灵蛇，所产之卵中生出人类”，此即源于以蛇为象征的男根崇拜。从母系氏族社会晚期起，随着对男根崇拜的日益炽盛，男根渐被神化，由此也导致了男根象征物的神化，因此主要以蛇为男根象征的氏族便将蛇的形象神化了。英国学者丹尼斯·赵亦认为，蛇被崇拜与其形状像男性生殖器有关；人首蛇身的伏羲和女娲之被崇拜，不是因为他们是人类之祖，而是因为他们象征性地代表了人类通过婚姻而不断繁衍的意义，这一点非常重要。