石佛堂禅寺始建于北朝北魏拓跋氏年代，既公元386—543年间，距今约1500多年。是陕北最古老的石窟之一。唐朝开元盛世重修，宋代建四年再次较大规模地扩建。据说当时方圆5里殿宇林立松柏环绕，香火旺盛僧众千人，彻夜灯通明，昼夜佛乐不断，白云常绕松柏峰，彩虹时插圣水间。是北方最清净的禅宗修道场。可惜，南宋末年蒙古游牧南侵寺院被毁，仅有两处石窟菩萨殿免于火焚。清朝康熙年间第三次小规模重修，同治年间又遭战火摧毁。请末民国前，第四次重修无量殿供奉阿弥陀佛，当时有五个常驻僧人自耕自食，维艰修行。

现在遗留的远古建筑只有石窟两处，建筑大小不一，1号窟室面积9平方米，2号窟6.3平方米，全部窟区面积约680平方米。其中留存远古文物有摩崖石刻造像2件；摩崖题记一处，石刻造像残件1尊，石刻仿木檐头结构一处，尤为珍贵的是石窟顶部石刻莲花藻井天花板一处.这些1500多年前建造的石窟及摩崖石刻遗产,为研究佛教历史和石刻艺术,提供了重要的非常有价值的物质依据.

一九八一年第五次重修,请回佛菩萨石像6尊，新修会窑三孔，建造戏台1处。一九九二年七月二十三日佳县人民政府公布为县级重点文物保护单位。

一九九四年，高爱莲、常孝娥居士初次发起供奉愿行，高炳忠、六翻利及七名居士自发组成法器组，无偿地定期不定期地在寺院赞唱诵经，祈求社会和谐，人民安居了业，利益一方众生。同年县宗教局批准为“佛教活动场所”。一九九九年间各处居士及周边群众布施一部分资金，修建石窟三孔。