郭沫若曾建议发掘明孝陵，他说，朱元璋是否葬在孝陵，并没有统一结论。

在南京民间，连小孩子都知道这样的传说，朱元璋下葬那天，南京的13个城门同时出殡，全城店铺关门挂白幡，街上行人全部回避。为什么要这样?在民间，有钱的大户为了防止盗墓，有意隐藏地点，而朱元璋生前就为自己找好了地方，选择紫金山筑陵，谁不知道他葬在那里?

《皇明大政记》称，朱元璋刚死时，朱允坟还是皇孙，这与礼制不符，国不可一日无君。且南京素有“火炉”之称，速葬朱元璋不无道理。但下葬后不久，即传出朱元璋不在孝陵，而在朝天宫(今南京秦淮区)。

  清代《朝天宫谒孝陵》称，明孝陵仅是朱元璋的衣冠冢，真正阴间“睡觉”的地方在朝天宫。

但也有后世学者不信，清代《白下琐言》称，朱元璋花了几百万的银子，造了十几年的陵寝，总不至于是一个衣冠冢吧。

  而且，朱允坟是很讲孝道的一个仁义皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外啊。

历史学家郭沫若、吴晗曾联名上书国-务-院，建议发掘明孝陵，他说，朱元璋是否真的葬在孝陵，并没有统一结论。明孝陵未曾被盗，完好无损，但并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相只有挖开明孝陵才能揭开。