皇位继承是一件大事，自古以来，太子早逝都是从太子的亲兄弟里面选择一个继承皇帝。但是明太祖朱元璋就在太子朱标死后，选了他的儿子朱允炆继承皇位，这可谓是一大异事。为什么朱元璋会选这他的孙子继承皇位呢？关键在一个人身上，他就是刘三吾。

明洪武二十五年，皇太子死后，朱元璋召群臣于东阁门议立太子，说：“燕王英武似朕，立之何如?”当时皇室诸王多拥有重兵，尤其是燕王朱棣“节制沿边士马……威名大振”，凯觎皇位已久。对此立储大事，百官谁都不敢多言。此时刘三吾却挺身而出劝谏“皇孙年富，世嫡之子，子殁孙承，适统礼也。即立燕王，置秦晋二王何地?”朱元璋听了之后，想了半天，还是采纳了这个意见，最终才把太孙的地位确立下来。

后来，刘三吾因为自己的女婿户部尚书赵勉，因接受赃物获罪而死。刘三吾也引咎辞职，但不久又复官为学士。洪武三十年，偕同纪善、白信蹈等人主考会试。发榜后，泰和宋琮为第一名，北方士人没有中榜的。于是诸生说刘三吾等人是南方人，私下偏向乡人。朱元璋下旨意命侍讲张信等人重新阅卷，不合旨意。但是还是没有一个北方人入榜，朱元璋发怒，白信蹈等人判处死罪，刘三吾因为年老戍守边塞。皇帝亲自赐予策问，另外选取六十一人，都是北方士人，当时称为“南北榜”，又称“春夏榜”。

明惠帝朱允炆登基后，想起当初他能继承帝位的大恩人，于是刘三吾再度被征召还京，官复原职，主修《春秋大成》。不过刘三吾当时年纪十分之大了，在明建文二年（1400）过世，死时年逾90。其诗作《自题画像》反映他在朝为官十余年的心境：“莫怪三吾不起身，差将两足踏红尘；亲朋相顾毋相问，年老无声懒应人。”