农业和手工业的发展也促进了明初商业和城市经济的繁荣。南京是当时的国都，人口近20万，人烟稠密，住宅连廓栉比，旅店一榻之室，月钱高数千。明政府为征收商税，京都设宣课司，府设税课司，州县设税课局、库。

　　洪武年间商税较轻，“三十而取一”。明处时期还铸“洪武通宝钱”。由于铜钱份量重，价值小，不便于大量的贸易，朱元璋决定发行纸币，造“大明宝钞”，禁止民间用银。

　　但是明朝禁海的原因却源自朱元璋：是因为当时朝廷需要安顿内部、打击北元，对逃到海上的张士诚、方国珍等反军余孽以及海盗一时腾不出手来清剿，故而下令实施海禁。这也导致明朝中末期沿海平民无以为生，倭寇之祸影响甚深，也使明朝来不及发展出资本主义。

　　明代的商业发展给人们带来了丰富的物质享受，但同时也造成了传统儒家提倡的“士农工商”等级秩序的混乱以及拜金主义、奢侈享乐主义的盛行。这些都使得明代后期的士绅们，极力抵触商业的发展，乃至于将明代灭亡的原因归结于商业繁荣带来的种种弊端。

　　第一，防止商人队伍扩大，千方百计阻止农民经商。苏、松、嘉、湖、杭五郡地狭人稠，“细民无田以耕，往往逐末利”，洪武三年(1370年)，“令五郡民无田产者在临濠开种”(《明太祖实录》卷五三)。采取移民屯垦的方式阻断无田农民的经商之路。如果说，这种方式尚有较温和的仁政色彩的话，那么，下面这种方式便散发着一股“血腥味”了。

　　洪武二十四年(1391年)，太原府代州繁峙县令上奏：本县有农民三百余户外逃，累岁招抚不还，乞令卫所追捕。朱元璋览奏后，谕户部：百姓安土重迁，假使衣食足给，岂肯轻去其乡?听其“随地占籍”，“若有不务耕种，专事末作者，是为游民，则逮捕之”(《明太祖实录》卷二八)。

　　若离乡农民不务耕种，专营商业，则视为游手好闲、不务正业之人，准予逮捕。用赤裸裸的暴力把农民重新赶回田园，不允许他们离开土地。使商人数量被限制在一定范围内。

　　第二，规定商人低下的社会等级。士农工商是中丨国古代居民的等级序列，商人位居最低层。统治者为别尊卑，明贵贱，实行居民按等级消费的办法。不同等级的居民在居住房屋的高低、大小，衣服的质料、样式上都有很大的不同。

　　朱元璋建明后，以扫除胡俗，恢复礼制为己任，承袭了这一制度，洪武十四年(1381年)令，“农民之家许穿绸纱绢布，商贾之家止许穿绢布。如农民之家，但有一人为商贾者，亦不许穿绸纱”(《大明会典》卷六一)。朱元璋规定商人服用的衣料比农民的还差。应该说，这是朱元璋的等级观念在制度方面的外化。