门巴族有着对鬼、神、佛的最大的宽容精神，不分远近、亲疏、厚薄，都请在他们的心灵的祭祀上按部就座，奉献人间的礼遇和牺牲。原始宗教、原初本教和藏传佛教，是在门巴族社会中并存的、为门巴族共同信仰的三种宗教。原始宗教古已有之，是门巴族理解、处理和解决人与自然的基础、矛盾和冲突的原则。“万物有灵”是门巴族原始宗教的“理论”基础;而巫师和巫术是人与神、鬼之间的“律师”、“法官”和“审判庭”。直到本世纪中叶，人们还真诚地信仰天神地灵、山鬼水妖、石精树怪、鸟兽虫鱼也都有神性灵气。人是自然的一部分，对人自身不能理解的现象，也是信仰和崇拜的对象，门巴族崇拜的“屋梁神”，是在居室屋梁上悬挂的木制的大、小不等的木杵状的器物，以保佑人丁兴旺、子孙万代，这实际上是原始的男性生殖器崇拜的反映。真诚地信仰培育了审美感，人们从此认为悬吊木杵状器物的房屋是美的。鬼神灵气无所不在，并且喜怒无常，它们既能赐福人间，也常布灾降难，凡病痛或不祥，异常或祸殃，认为都是某种鬼灵妖气造成的，唯有请求巫师施行巫术，请神送鬼，才能禳灾除祸。门巴族巫师有登龙坎、巴窝、觉母和巴母等。
门巴族信仰的本教师从藏区传入门隅的。但本教在门巴族信仰观念中与原始宗教并没有严格界限。本教来到门隅，并未享受到门巴族给予的特殊待遇，它没有特别的仪式和仪轨，是挤在原始宗教的祭坛上一同品尝牺牲，它没有自己的单元住宅，只是在人们的心灵上承认它的存在。不过，本教也确实拓展了门巴族的信仰思想，它们从本教那里请来了天神，给原始宗教的各霸一方的众鬼们找到了最高的主宰;他们接受的本教的宇宙“三界”的结构“理论”，并与民族的实际相结合。他们认为，他们曾经崇拜的那些山神就是本教说的通向“拉”界的“通天之路”。墨脱的门巴族朝拜的南迦巴瓦峰，就是认为是与“拉”界相连的神山。原始宗教崇拜的鬼灵们也被接纳为本教神祗的成员;同时本教的神祗也加入了原始宗教崇拜的鬼灵的行列，如龙、精怪、战神等。本教传入门隅，产生了本教的神话、传说，并在诗歌、舞蹈、戏剧中渗进了本教的思想观念。