清朝对新疆实施统治后，对新疆境内采取三种不同的政治制度：①在南部维吾尔族聚居地区仍然沿用伯克制，只是废除了世袭制，规定各级伯克占有不同数量的土地以及附属于这些土地上的农户，各级伯克对依附的农民拥有进行劳役制剥削的封建特权;②在乌鲁木齐附近及以东的地区，除哈密以外，实行同于府县制;③对于蒙古贵族和归附清朝较早的哈密、鲁克沁等地的维吾尔族头目则实行札萨克制与封以亲王之类的爵号，拥有世袭领地。这个时期维吾尔族地区处于封建地主经济发展阶段。有些地区还保留着农奴庄园制度。在新疆南部地区，占人口8％以地主、富农，却占有40～50％的土地，而占人口92％的农民，只有少量土地或没有土地。主要剥削形式为伙种对分。农民种地主土地，只能分得产量的30～50％，还要替地主交纳田赋杂税，每年必须为地主作无偿劳役。靠近城镇的地主，用实物地租剥削农民。南部的墨玉、库车、阿克苏有完整的农奴庄园。农奴主被称为“和加”（意为圣人后裔），占有大量土地和各种农奴。他们可以随便买卖农奴或把农奴作为礼物赠送。按等级给份地，每户要有2至4个劳动力为农奴主服劳役。一些丧失土地和其他生产资料的农民纷纷沦为雇工，受到残酷的剥削和压迫，并出现了养子长工、赘婿长工。由于南部地区的绝大部分耕地靠昆仑山、喀喇昆仑山和天山雪水灌溉，地主则垄断水源，利用掌握水权对农民进行水租剥削，或收取苛捐杂税，甚至有意破坏水源以达到兼并农民土地的目的。维吾尔族地区的地主经济，又往往和宗教统治相结合。宗教上层占有大量土地、房产、水磨，通称“瓦合甫”。他们利用掌握的“瓦合甫”，与世俗地主相勾结，进行封建剥削。宗教税有“吾守尔”粮，税率为收获物的十分之一;“扎卡特’’税，税率为全年产品四十分之一。买卖房屋、田产、典押、借贷、继承、遗嘱、宰牲、诉讼等都要交税，名目繁多，使广大劳动人民过着十分贫穷、落后和悲惨的生活。生产工具十分简陋，生产力低下，很多农村濒于破产的边缘，而国民党的反动统治和横征暴敛，更加速了这种进程。

维吾尔族有经营农业的悠久传统，对于植棉和园艺尤其具有丰富经验。新疆最迟在南北朝（420～589）时代就已大量种植棉花，大量种植棉花是在元朝（1279～1368）以后，而植棉技术传入的道路之一就是新疆。在新疆由于有发达的园艺业，很多地区都出产大量的、品种繁多的瓜果，获得了瓜果之乡的美誉。其中特别著名的有和田地区的核桃、水蜜桃，皮山县的石榴。英吉沙县的巴丹杏仁，阿图什县的无花果，伽师县、麦盖提县和鄯善县的甜瓜，库尔勒县的番梨，库车县的杏干和包仁杏，吐鲁番县的无核葡萄和葡萄干，伊犁地区的苹果以及呼图壁县的西瓜，等等。特别是吐鲁番的无核葡萄和葡萄干、库尔勒的香梨以及鄯善等地的甜瓜近些年来远销国外，在国际上赢得了美好的声誉。维吾尔族的手工业有悠久的历史传统和精湛的技艺。特别著名的有和田地区的地毯和丝绸，莎车县的巴克衫绸，喀什市的绣花小帽，伊宁市的莫合烟和长筒皮靴。库车县的“砍土曼”（一种铁制农具），乌鲁木齐市的乌修尔镰刀等。尤其是和田至若羌一带素以出产美玉而著称。和田玉种类甚多，以“白如截脂、黄如蒸粟、红如鸡冠、紫如胭脂、墨如点漆”者为上品。历史悠久的玉雕造型别致，制作精美，是中国民族工艺美术品中的一支鲜花。和田的地毯图案精美，色泽鲜明，作工精细，经久耐用，畅销国内外。英吉沙县和库车县制作的小刀，刀刃锋利，刀柄和刀鞘镶嵌精美，深受人们的喜爱。