比最奇怪的科学概念和理论还要奇怪、还要重要的是：在二十世纪晚期科学的理智视野中出现了上帝。现代科学的先驱和巨人如爱因斯坦、普朗克和海森堡等人对科学的“严格事实”和神学的构架，都感到亲切自然，都需要上帝，以便解释宇宙。

爱因斯坦说：“我找不到比‘宗教的’这一术语更好的术语来表达对实在及其可以技人类心智认识的合理本性的信赖了。缺乏这种信赖，科学就会堕落为庸碌的过程。”

普朗克说：“宗教与科学之间根本不可能有真正的冲突，因为它们彼此互为补充。”这一悖论一直存在到今天。霍金在《时间简史》中宣称，我们的目的应当是“了解上帝的思想”。“直到现在，大多数科学家一直过分地醉心于提出描述宇宙的面目的新理论，以致不关心‘为什么’的问题……如果我们找到这个问题的答案。那将是人类理性的最后凯旋——因为这样我们就了解了上帝的思想。”

天体物理学家查斯特鲁（Robert Jastrow）在《上帝和宇航员》（现代宇宙论著名著作）中一开始就说：“仅靠相信理性力量为生的科学家们，他们的事业以噩梦告终。他攀登了一座无知的山峰；他正要征服最高峰，当他翻越最后一块岩石后，他发现迎候他的是一群神学家，这些神学家坐在那里，等了他们好几个世纪”。

越来越多的大爆炸证据使无神主义宇宙论感到棘手。相对论和量子理论使科学从严肃的、可理解的活动进入神秘和悖论的领域，这同常识唯物主义正相反。生物学的进步只能使我们对生命的起源和本质感到困惑。

卓越的科学家以理性为基础肯定上帝的存在，这一观念至少激发了一种好奇心——特别是对关于“宗教信仰在科学时代是不合时宜和神经错乱”的普遍假定感到怀疑。对科学与宗教相互作用的探究，是近认科学的伟大先驱者们所开始的探究的继续。近代不少科学家和科学理论对宗教问题出乎意料地表示同情。科学的近代发展的元科学意义，促进了当代科学家们的通俗的准神学著作。例如，霍金的《时间简史》、戴维斯（PauL Davies）的《上帝与新物理学》和《宇宙蓝图》、莱斯列（Johnleslie）的《宇宙》、查斯特鲁的《上帝与宇航员》等。

从根本上说，科学事业是根据联系、规律、原理和模式来探讨对现存事物的解释。“解释”在这里指的是什么、如何和为何发生。科学探究的目的并不仅仅是发现和描绘世界上的事件与现象，而且更重要的是解释为什么这些事件和现象如此这般地发生。

对现在事物的解释的寻求，并不仅仅包含对科学探究的对象的解释，而且还包含着：一、实在是可以理解的，可以被人类心智认识；二、实在是合理的，至少服从于某些先验的合理性概念。

在不断地追寻解释（它为基础是可理解性和合理性的概念）的过程中，人类的心又碰到一个挑战，即解释宇宙的存在。“为什么有某物而不是虚无？”莱布尼茨这样问。“为什么？”这个问题既是终极目的问题，也是终极起源问题。要么，宇宙具有亿兆个银河系，要么，所有存在着的都是沙粒。这两个问题同样咄咄逼人。银河系或沙粒是如何产生的？它现在存在着，它为什么及怎么样出现的？它自己创造自己，还是它从来就存在于此，没有开端，也没有终结？但是，说它一直存在，这并不是对它的存在的解释。相反，这是一种推断的、高度思辨性的描述，这种描述不可能接受科学验证——怎么可能证明为质和能量没有开端和终结呢？描述不是解释。断言宇宙一直存在，并不是对这一理由的解释：即使我们承认永恒存在的宇宙，我们也不能解决对永恒存在的宇宙现象的解释和说明这个难题。

科学和科学家并没有忽视这个谜，现代科学的许多辉煌发现和理论都是寻求对宇宙的存在的解释的副产品。作为副产品，它们并不是最终产品。数学和力学一直是合理而有效的思辨的对象。但是，终极起源的问题——对数学和力学的终极解释——仍旧使最有才华的理论家感到困惑，感到难堪。
任何科学理论都不能解决绝对虚无与充实的宇宙之间的鸿沟。这个终极起源的问题是一个元科学问题——科学可以提问，但却回答不了的问题。汤恩斯 （Charles Townes）说 ：“确实，物理学家希图透过‘大爆炸’来解释我们宇宙的起源，把它看作是振动……在我看来，如果仅仅从科学观点来看问题，起源的问题总是得不到解答，因而我相信，必须有宗教的或形而上学的解释，我们才能得到一个答案。”