朱棣在靖难之役获胜后，向京城(今南京)军民发布公告：“固守封地的藩王因左班奸臣挑唆导致骨肉被其残害，所以不得不起兵诛杀他们，以此来扶持江山社稷和保安亲藩。今次拟定的京城奸臣，有罪者不敢赦免，无罪者不敢诛杀，如若误伤受到牵连又祸及到伤亡，绝非靖难本意。”

　　建文四年(1402年)六月二十五日，朱棣诛杀齐泰、黄子澄、方孝孺，灭其族。其中方孝孺受牵连而死者共873人，充军等罪者千余人。因黄子澄受牵连的有345人。景清降后密谋行刺，事败，八月十二被杀，灭九族;后屠其家乡，谓“瓜蔓抄”。此外，众多建文旧臣如卓敬、暴昭、练子宁、毛泰、郭任、卢植、戴德彝、王艮、王叔英、谢升、丁志方、甘霖、董镛、陈继之、韩永、叶福、刘端、黄观、侯泰、茅大芳、陈迪、铁铉等，史称：“忠愤激发，视刀锯鼎镬甘之若饴，百世而下，凛凛犹有生气。”他们的家属和亲人也被牵连，死者甚众，流放、被逼作妓女及被其它方式惩罚的人也不少。直至明仁宗即位后，大部份人始获赦免，余下的人的后代却迟至明神宗时始获赦免。在大肆诛杀之外，当月，朱棣将魏国公徐辉祖下狱，后释放并削其爵位。辉祖死后，其子嗣魏国公爵。黄观被朱棣所嫉恨，其状元的身份被革去。

　　铁铉，割其鼻耳塞入口中，然后问：“甘否?”铁弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘!”凌迟，灭族。方孝孺惨遭凌迟灭族。但此事出于野史，未见于正史。野史称方孝孺大书“燕贼篡位”，朱棣见他宁死不屈，威胁他说：“你不怕被诛九族吗?”方孝孺义正严辞地斥责说：“即使诛我十族又怎样?”朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友(即第十族)，在方孝孺面前一一杀害，被杀者共达八百七十三人，而方孝孺则被腰斩于南京聚宝门外。另外，黄子澄之妹，铁弦之妻，发送教坊司。