宣统元年(1909年)之时，大屿山昂平尚未有茅蓬出现。妙参法师之弟子果修(比丘尼)偶游昂平，见普明禅院之现址乃高山平地，风景幽邃，清丽怡人，实为潜修之佳所。遂於1914年在此创建茅蓬。

果修法师曾参鹿湖精舍住持观清法师为师，以究心法。1915年又将茅蓬改建为石屋，一幢三进之设计。果修法师原拟辟禅院四周之广场为女众丛林，後因宝莲禅寺建立十方丛林，果修法师遂留禅院作修持之所。

普明禅院两旁分别为“觉道林”和“合德堂”两所静室。觉道林於1922年由观清法师之弟子德道法师(比丘尼)创建，後为其同门昌性、昌证两位法师接办。合德堂则由妙参法师弟子福修比丘尼创建於1918年。觉道林和合德堂两所静室共用普明禅院之佛殿。

1964年，普明禅院的佛殿重修落成，将原来三进式的建筑，合一处理，改成现今宽敞高巍的楼高近三十尺之庄严佛殿。当时筏可大和尚与一众大德更为佛殿题匾，现仍悬於殿内。

普明禅院鼎盛时办观音诞、浴佛诞、弥陀佛诞法会，香火极盛。但现时已无出家人在院。昌性、昌证两位法师的第三代弟子信妙法师因承传主理觉道林，故亦肩负起打理普明禅院之重任。禅院为昂平最早创立之静室，其钟鼓亦为当年之首，院中晨钟暮鼓的禅规，至今仍遵行不改。