董其昌不仅是明末的绘画大家、而且是位重要的绘画理论家。他提出了“南北宗论”，并得到许多人的赞成，流行三百多年，影响国内外。
董其昌，受社会风气熏染，既接受儒家的教养，又接受道、佛思想的影响，尤好禅理，喜欢以禅论艺学。以禅家宗派来譬喻历代山水画风格的分野，将唐以来画家分为南北两大派系，唐朝王维、张璪，五代北宋的荆关董巨、李成、范宽、李公麟、米芾父子，以及元四家黄公望、王蒙、倪瓒、吴镇，明朝沈周、文徵明等历代画家被划归“南宗”，而唐朝李思训父子，宋朝赵伯驹兄弟、南宋刘李马夏，以及明朝戴进，吴伟等历代画家被划为“北宗”，扬“南”而抑“北”。
北宗画家多为皇家画院所供养，所以又被称为“院体画”，由于它十分讲究技巧又被贬称为“工匠画”。而南宗画由于讲究文学修养，往往是士大夫词翰之余随性抒发，所以又被称为“士夫画”或“士人画”、“文人画”。判断画家南北宗的依据一是据其气息修养，二是依据所绘山水的南北地貌特色及其画法。北方崇山峻岭，南方浅屿平峦，因而形成了山水画中斧劈皴和披麻皴两大刚柔相异派系。北宗山水多用斧劈皴，笔墨刚劲外露而具阳刚之美，故以气胜；南派山水多用披麻皴，气息蕴藉儒雅而具阴柔之美，故以韵胜。笔墨气息差距是南北宗文野精神分离之关键。
董其昌的南北宗论弘扬了北宋以来的文人画思想，要求画家在绘画中摆脱工匠气，追求主观表现的韵味，体现了近代绘画的思想意识，对于近现代中国文人画的发展影响深远。
由于他的“崇南贬北“的思想，导致了以后画坛宗派繁兴、画家门户之见的加深。于是有了“正宗邪派”之分，缩小了画家的眼见，沉滞了画法的改进，在某种程度上加重了理论的混乱，给中国画坛带来了一定消极的影响。