在宋初书院的发展过程中，有一部分书院以其丰富的教学内容和卓有成效的教学模式，赢得了世人瞩目，成为对当时影响较大的著名书院。这些书院代表了宋初书院教育的最高水平，在中国书院教育史上也独树一帜，占有重要的地位。最为著名的有六所书院：



1.白鹿洞书院，位于今江西省庐山。初为私人读书养性之所，唐代贞元年间(785-804年)，李勃与其兄李涉在庐山读书，曾养白鹿以自娱，因以得名。进入北宋以后，朝廷赐监本《九经》，并重加修缮，书院生徒达数百人。由于得到朝廷的大力赞助，白鹿洞书院进入了鼎盛时期。北宋中期以后，书院渐趋衰微。



(2)岳麓书院，位于今湖南省长沙岳麓山，北宋开宝九年(975年)由潭州太守朱洞创建。书院山长在真宗朝正式由朝廷委官任职，书院山长周式兼任国子学主簿，并得到朝廷赐额、赐书，书院也得到扩建，学生达60余人，从此书院名声大振，但随后不久便开始衰落，两宋之际毁于兵火。由于岳麓书院是由官府创建，书院山长又兼任官职，故岳麓书院具有一定的官学性质。

(3)应天府书院，又名睢阳书院，位于河南商丘县西北。北宋大中祥符二年(1009年)，府民曹诚捐款在宋初名儒戚同文故居扩建而成，朝廷赐额“应天府书院”。在这里任职的地方长官如晏殊、蔡襄等人，对书院都是大力扶持。著名的学者韦不伐、范仲淹、石曼卿、王洙等先后主持书院教席，四方学者辐辏其门，为国家培养了大批人材，在当时产生了很大的影响。故范仲淹称“天下庠序由兹始”。景佑二年(1035年)，以应天府书院为府学，书院被纳入官学系列。


(4)嵩阳书院，位于河南登封县太室山麓。北魏时始建嵩阳寺。五代后唐时，进士庞式在此聚徒讲学。后周改设“太乙书院”。宋太宗于至道二年(996年)赐额“太室书院”，并赐监本《九经》。仁宗景佑二年(1035年)奉敕修葺扩建，更名嵩阳书院，并给田一顷。书院最盛时，生徒数百人。



(5)石鼓书院，位于湖南衡阳北二里鼓山迥雁峰下。书院之名最早见于唐代，初为唐代士人李宽私人读书之处。宋至道三年(997年)，郡人李士真于请求郡守“即故址设书院，居衡之学者。”石鼓书院创建不久便改为州学，遂废而不修。

(6)茅山书院，位于浙江江宁府三茅山后。约在北宋大中祥符年间，处士侯遗在此聚徒讲学。天圣二年(1024年)王随知江宁府，上奏朝廷，请赐学田。书院在王随死后不久，就衰落下去，生徒散落，其地也为寺院侵占。

这些书院或多或少、或迟或早都与官方有关。此外，如江西奉新的华林书院、浔阳的东佳书院，则为家族创办，私学性质较为突出，反映了唐末五代至宋初的浓厚的家族文化渊源。