宋本纪上
宋高祖武皇帝讳裕，字德舆，小字寄奴，彭城县绥舆里人，姓刘氏，汉楚元王交之二十一世孙也。彭城楚都，故苗裔家焉。晋氏东迁，刘氏移居晋陵丹徒之京口里。皇祖靖，晋东安太守。皇考翘，字显宗，郡功曹。帝以晋哀帝兴宁元年岁在癸亥三月壬寅夜生，神光照室尽明，是夕甘露降于墓树。及长，雄杰有大度，身长七尺六寸，风骨奇伟，不事廉隅小节，奉继母以孝闻。
尝游京口竹林寺，独卧讲堂前，上有五色龙章，衆僧见之，惊以白帝，帝独喜曰：“上人无妄言。”皇考墓在丹徒之候山，其地秦史所谓曲阿、丹徒间有天子气者也。时有孔恭者，妙善占墓，帝尝与经墓，欺之曰：“此墓何如？”孔恭曰：“非常地也。”帝由是益自负。行止时见二小龙附翼，樵渔山泽，同侣或亦睹焉。及贵，龙形更大。
帝素贫，时人莫能知，唯琅邪王谧独深敬焉。帝尝负刁逵社钱三万，经时无以还，被逵执，谧密以己钱代偿，由是得释。后伐荻新洲，见大蛇长数丈，射之，伤。明日复至洲，里闻有杵臼声，往觇之，见童子数人皆青衣，于榛中捣药。问其故，答曰：“我王爲刘寄奴所射，合散傅之。”帝曰：“王神何不杀之？”答曰：“刘寄奴王者不死，不可杀。”帝叱之，皆散，仍收药而反。又经客下邳逆旅，会一沙门谓帝曰：“江表当乱，安之者，其在君乎。”帝先患手创，积年不愈，沙门有一黄药，因留与帝，既而忽亡，帝以黄散傅之，其创一傅而愈。宝其馀及所得童子药，每遇金创，傅之并验。
初爲冠军孙无终司马。晋隆安三年十一月，祅贼孙恩作乱于会稽，朝廷遣卫将军谢琰、前将军刘牢之东讨。牢之请帝参府军事，命与数十人觇贼，遇贼衆数千，帝便与战，所将人多死，而帝奋长刀，所杀伤甚衆。牢之子敬宣疑帝爲贼所困，乃轻骑寻之；既而衆骑并至，遂平山阴，恩遁入海。
四年五月，恩复入会稽，杀谢琰。十一月，牢之复东征，使帝戍句章，句章城小人少，帝每战陷阵，贼乃退还浃口。时东伐诸将，士卒暴掠，百姓皆苦之，惟帝独无所犯。
五年春，恩频攻句章，帝屡破之，恩复入海。三月，恩北出海盐，帝筑城于故海盐，贼日来攻城，城内兵少，帝乃选敢死士击走之。时虽连胜，帝深虑衆寡不敌，乃一夜偃旗示以羸弱，观其懈，乃奋击，大破之。恩知城不可下，进向沪渎，帝弃城追之。海盐令鲍陋遣子嗣之以吴兵一千爲前驱，帝以吴人不习战，命之在后，不从。是夜帝多设奇兵，兼置旗鼓，明日战，伏发，贼退，嗣之追奔陷没。帝且退且战，麾下死伤将尽，乃至向处止，令左右解取死人衣以示暇。贼疑尚有伏，乃引去。六月，恩浮海至丹徒，帝兼行与俱至，奔击大破之。恩至建邺，知朝廷有备，遂走郁洲。八月，晋帝以帝爲下邳太守。帝又追恩至郁洲及海盐，频破之。恩自是饥馑，奔临海。
元兴元年，荆州刺史桓玄举兵东下，骠骑将军司马元显遣牢之拒之，帝又参其军事。玄至，帝请击之，牢之不许，乃遣子敬宣诣玄请和。帝与东海何无忌并固谏，不从。玄克建邺，以牢之爲会稽内史。牢之惧，招帝于广陵举兵，帝曰：“人情去矣，广陵亦岂可得之？”牢之竟缢于新洲。何无忌谓帝曰：“我将何之？”帝曰：“可随我还京口。玄必守臣节，当与卿事之；不然，与卿图之。”
玄从兄修以抚军将军镇丹徒，以帝爲中兵参军。孙恩自败后，惧见获，乃投水死于临海，馀衆推恩妹夫卢循爲主。玄复遣帝东征。
二年，循奔永嘉，帝追破之。六月，加帝彭城内史。
十二月，桓玄篡位，迁晋帝于寻阳。桓修入朝，帝从至建邺，玄见帝，谓司徒王谧曰：“昨见刘裕，风骨不恒，盖人杰也。”每游集，赠赐甚厚。玄妻刘氏，尚书令耽之女也，聪明有智鉴，尝见帝，因谓玄曰：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐必不爲人下，宜早爲其所。”玄曰：“我方平荡中原，非裕莫可，待关、陇平定，然后议之。”
修寻还京口，帝托以金创疾动，不堪步从，乃与无忌同船共还，建兴复计，及弟道规、沛国刘毅、平昌孟昶、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长人、太原王元德、陇西辛扈兴、东莞童厚之，并同义谋。时桓修弟弘爲青州刺史，镇广陵，道规爲弘中兵参军，昶爲州主簿，乃令毅就昶谋共袭弘。长人爲豫州刺史刁逵左军府参军，谋据历阳相应，元德、厚之谋于建邺攻玄，克期齐发。
三年二月乙卯，帝托游猎，与无忌、咏之、凭之，毅从弟藩，凭之从子韶、祗、隆、道济，昶族弟怀玉等，集义徒凡二十七人，愿从者百馀人。丙辰，候城门开，无忌等义徒服传诏服，称诏居前，义衆驰入齐叫，吏士惊散，即斩修以徇。帝哭之甚恸，厚加敛恤。昶劝弘其日出猎，未明，开门出猎人，昶、道规、毅等率壮士五六十人，因开门直入。弘方噉粥，即斩之，因收衆济江。
义军初克京城，修司马刁弘率文武佐吏来赴，帝登城谓曰：“郭江州已奉乘舆反正于寻阳，我等并被密诏诛逆党，今日贼玄之首已当枭于大航。诸君非大晋之臣乎？”弘等信之而退。毅既至，帝命诛弘等。
毅兄迈先在建邺，事未发数日，帝遣同谋周安穆报之，使爲内应。迈甚惧，安穆虑事发，驰归。时玄以迈爲竟陵太守，迈便下船，欲之郡。是夜玄与迈书曰：“北府人情云何？卿近见刘裕何所道？”迈谓玄已知其谋，晨起白之。玄惊，封迈爲重安侯，又以不执安穆故杀之，诛元德、扈兴、厚之等。乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北拒义军。
先是，帝造游击将军何澹之，左右见帝光曜满室，以告澹之，澹之以白玄，玄不以爲意，至是，闻义兵起，甚惧。或曰：“裕等甚弱，陛下何虑之深？”玄曰：“刘裕足爲一世之雄，刘毅家无儋石之储，摴蒱一掷百万，何无忌，刘牢之之外甥，酷似其舅，共举大事，何谓无成。”时衆推帝爲盟主，以孟昶爲长史，总后事，檀凭之爲司马，百姓愿从者千馀人。军次竹里，移檄都下曰：
夫成败相因，理不常泰，狡焉肆虐，或遇圣明。自我大晋，屡遘阳九，隆安以来，皇家多故，贞良弊于豺狼，忠臣碎于虎口。逆臣桓玄敢肆陵慢，阻兵荆郢，肆暴都邑，天未忘难，凶力实繁，踰年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沈辱，七庙毁坠，虽夏后之离浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于兹，未足爲喻。自玄篡逆，于今历载，弥年亢旱，人不聊生，士庶疲于转输，文武困于板筑，室家分析，父子乖离，岂惟大东有杼轴之悲，摽梅有顷筐之怨而已哉！仰观天文，俯察人事，此而可存，孰有可亡！凡在有心，谁不扼腕。裕等所以叩心泣血，不遑啓处者也。
是故夕寐宵兴，搜奖忠烈，潜构崎岖，过于履虎，乘机奋发，义不图全。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、甯远将军刘道规、龙骧参军刘藩、振威将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈俟奋，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等并率部曲，保据石头。扬武将军诸葛长人收集义士，已据历阳。征虏参军庾赜之等潜相连结，以爲内应。同力协契，所在蜂起，即日斩僞徐州刺史安成王修、青州刺史弘。义衆既集，文武争先，咸谓不有一统，则事无以辑。裕辞不获命，遂总军要，庶上凭祖宗之灵，下罄义夫之节，翦馘逋逆，荡清京华。公侯诸君，或世树忠贞，或身荷爵宠，而并俛眉猾竖，无由自效，顾瞻周道，宁不吊乎！今日之举，良其会也。裕以虚薄，才非古人，受任于既颓之运，接势于已替之机，丹诚未宣，感慨愤激。望霄汉以永怀，眄山川以增伫，投檄之日，神驰贼庭。
三月戊午，遇吴甫之于江乘，帝躬执长刀，大呼，即斩甫之。进至罗落桥，遇皇甫敷，檀凭之战败，死之，衆退，帝进战弥厉，又斩敷首。初，帝建大谋，有工相者相帝与无忌等近当大贵，惟云凭之无相。至是，凭之战死，帝知其事必捷。
玄闻敷等没，使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西。己未，义军进至覆舟东，张疑兵，以油帔冠诸树，布满山谷。帝先驰之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。因风纵火，烟焰张天，谦等大败。玄始虽遣军，而走意已决，别遣领军殷仲文具舟石头，闻谦败，轻船南逸。
庚申，帝镇石头城，立留台百官，焚桓温主于宣阳门外，造晋新主于太庙。遣诸将追玄，命尚书王嘏率百官奉迎乘舆。司徒王谧与衆议推帝领扬州，帝固辞，乃以谧爲录尚书事、领扬州刺史，帝爲镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。初，晋陵人韦叟善相术，桓修令相帝当得州不，叟曰：“当得边州刺史。”退而私于帝曰：“君相贵不可言。”帝笑曰：”若中，当相用爲司马。”至是，叟诣帝曰：“成王不负桐叶之信，公亦应不忘司马之言。今不敢希镇军司马，愿得领军佐。”于是用焉。
时诸葛长人失期，爲刁逵执送，未至而玄败。玄经寻阳，江州刺史郭昶之爲具乘舆法物。初，荆州刺史王绥以江左冠族，又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚书左仆射愉有自疑志，并及诛。
四月戊子，奉武陵王遵爲大将军，承制，大赦，惟桓玄一祖后不免。桓玄之篡，王谧佐命，手解安帝玺绂。及义旗建，衆谓谧宜诛，惟帝素德谧，保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：“王驹无罪而诛，此是翦除胜己，兄既桓氏党附，求免得乎？”驹，愉小字也。谧惧，奔曲阿。帝笺白大将军迎还，复其位。
玄挟天子走江陵，又浮江东下，与刘毅、何无忌、刘道规等遇于峥嵘洲，衆军大破之。玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康産奉天子入南郡府。
初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩弟子修之时爲玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康産皆被杀。桓谦先匿沮川，亦聚衆应振。爲玄举哀，立丧庭。谦率衆官奉玺绶于安帝。刘毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。
十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三月甲午，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领兖州刺史。
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循爲广州刺史，以其党徐道覆爲始兴相。
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万疋。其馀封赏各有差。
三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。表解兖州。先是，帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。九月，帝以敬宣挫退，逊位，不许。十月，乃降爲中军将军，开府如故。
五年二月，僞燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳，留船，步军进琅邪，所过筑城留守。
超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。初谋是役，议者以爲贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰：“不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉。”及入岘，帝举手指天曰：“吾事济矣。”衆问其故，帝曰：“师既过险，士有必死之志，馀粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。”
六月，超留羸老守广固，使其广甯王贺刺卢及公孙五楼悉力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，爲龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。
大军分车四千两爲二翼，方轨徐行，车张幰，御者执肖，以骑爲游军，军令严肃。比及临朐，贼骑交至，帝命兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等陷其阵。日向昃，战犹酣，帝用参军胡藩策，袭克临朐，贼乃大奔。超遁还广固，获其玉玺、豹尾、辇等，送于都。丙子，克广固大城，超固其小城。乃设长围以守之，馆谷于青土，停江、淮转输。
七月，超尚书郎张纲乞师于姚兴，自长安反，泰山太守申宣执送之。纲有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：“汝不得张纲，何能爲也。”及至，升诸楼车以示之，城内莫不失色。超既求救不获，纲反见虏，乃求称藩，割大岘爲界，献马千匹，不听。时姚兴遣使，声言将涉淮左，帝谓曰：“尔报姚兴，我定青州，将过函谷，虏能自送，今其时矣。”录事参军刘穆之遽入曰：“此言不足威敌，容能怒彼。若鲜卑未拔，西羌又至，公何以待之？”帝乃笑曰：“此兵机也，非子所及。羌若能救，不有先声，是自强也。”
十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千馀人来援，帝夜潜遣军会之。明旦，恢衆五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。六年二月丁亥，屠广固，超踰城走，追获之，斩于建康市。杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。
初，帝之北也，徐道覆劝卢循乘虚而出，循不从，道覆乃至番禺说循曰：“今日之机，万不可失。若克京都，刘公虽还，无能爲也。”循从之。是月，寇南康、庐陵、豫章诸郡，郡守皆奔走。时帝将镇下邳，进兵河、洛，及征使至，即日班师。镇南将军何无忌与道覆战，败死于豫章，内外震骇，朝议欲奉乘舆北走。帝次山阳，闻败，卷甲与数十人造江上征问，知贼尚未至。
四月癸未，帝至都。刘毅自表南征，帝以贼新捷锋锐，须严军偕进，使刘藩止之，毅不从。五月壬午，卢循败毅于桑落洲。及审帝凯入，相视失色，欲还寻阳，平江陵，据二州以抗朝廷。道覆请乘胜遂下，争之旬日，乃从。
于时北师始还，伤痍未复，战士才数千，贼衆十余万，舳舻亘千里。孟昶、诸葛长人惧，欲拥天子过江，帝曰：“今兵士虽少，犹足一战，若其克济，臣主同休；如其不然，不复能草间求活，吾计决矣。”初，帝征慕容超，惟孟昶劝行，丙辰，昶乃表天子，引罪，仰药而死。
时议者欲分兵屯守诸津，帝曰：“贼衆我寡，分其兵则人测虚实，一处失利，则沮三军之心，若聚衆石头，则衆力不分。”戊午，帝移镇石城。乙丑，贼大至，帝曰：“贼若新亭直上，且将避之；若回泊蔡洲，成禽耳。”徐道覆欲自新亭焚舟而战，循多疑少决，每求万全，乃泊蔡洲以待军溃。帝登石头以望，见之，悦。庚辰，贼设伏于南岸，疑兵向白石。帝率刘毅、诸葛长人北拒焉，留参军徐赤特戍查浦，戒令勿战。帝既北，贼焚查浦而至张侯桥，赤特与战，大败，贼进屯丹阳郡。帝驰还石头，斩徐赤特。解甲久之，乃出阵于南塘。七月庚申，循自蔡洲退，将还归寻阳，帝遣辅国将军王仲德等追之。使建威将军孙处自海道袭番禺，戒之曰：“我十二月必破祅寇，卿亦足至番禺，先倾其巢窟也。”
十月，帝率舟师南伐，使刘毅监太尉留府。是月，徐道覆寇江陵，荆州刺史刘道规大破之，道覆走还湓口。十一月，孙处至番禺，克其城，卢循父嘏奔始兴，处抚其人以守。十二月己卯，大军次大雷。庚辰，贼方江而下，帝躬提幡鼓，命衆军齐力击之，军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。帝自于中流蹙之，因风水之势，贼舰悉薄西岸，岸上军先备火具焚之，大败。循还寻阳，遂走豫章，悉力栅左里。丙申，大军次左里，将战，帝麾之，麾竿折，幡沈于水，衆咸惧，帝笑曰：“昔覆舟之役亦如此，今胜必矣。”攻其栅，循单舸走，衆皆降。师旋，晋帝遣侍中黄门劳师于行所。
七年正月己未，振旅而归，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官并如故。固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠，尸丧未反者，遣主帅迎接，致还本土。
二月，卢循至番禺，爲孙处所破，收余衆南走。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
自晋中兴以来，朝纲弛紊，权门兼并，百姓流离，不得保其産业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。帝既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近禁止。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千馀人。帝诛亮，免会稽内史司马休之。
晋帝又申前诏，帝固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命，奉送黄钺。
交州刺史杜惠度斩卢循父子，函七首送都。先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明旧例，策试之。
荆州刺史刘道规疾患，求归，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史刘毅代之。毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。厚自矜许，朝士素望者并多归之，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及镇江陵，豫州旧府多割以自随，请僧施爲南蛮校尉。帝知毅终爲异端，心密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺史藩以爲副贰，帝僞许焉。九月，藩入朝，帝命收藩及谢混，并赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之爲平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长人监太尉留府事，加太尉司马丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发建邺，遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵，克之，毅及党与皆伏诛。
十一月，帝至江陵，分荆州十郡爲湘州，帝仍进督焉。以西阳太守朱龄石爲益州刺史，使伐蜀。晋帝进帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，诸葛长人贪淫骄横，帝每优容之。刘毅既诛，长人谓所亲曰：“昔年醢彭越，今年杀韩信，祸其至矣。”将谋作乱。帝克期至都，而每淹留不进。公卿以下，频日奉候于新亭，长人亦骤出。既而帝轻舟密至，已还东府矣。长人到门，引前，却人闲语，凡平生言所不尽者，皆与及之，长人甚悦。帝已密命左右丁旿自幔后出，于坐拉焉，死于床侧。舆尸付廷尉，并诛其弟黎人。旿骁勇有力，时人语曰，“勿跋扈，付丁旿”。
先是，山湖川泽皆爲豪强所夺，百姓薪采渔钓，皆责税直，至是禁断之。时人居未一，帝上表定制，于是依界土断，惟徐、兖、青三州居晋陵者不在断例。诸流寓郡县，多所并省。以帝领镇西将军、豫州刺史。帝固让太傅、扬州牧及班剑，奉还黄钺。
七月，朱龄石平蜀，斩谯纵，传首建邺。
九月，晋帝以帝平齐、定卢循功，封帝次子义真爲桂阳县公；并重申前命，授帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。将吏百僚敦劝，乃受羽葆、鼓吹、班剑，馀固辞。
十年，息人简役，筑东府城，起府舍。
帝以荆州刺史司马休之宗室之重，又得江、汉人心，疑其有异志；而休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令自爲其所。休之表废文思，并与帝书陈谢。
十一年正月，帝收休之子文宝、兄子文祖，并赐死，率衆西讨。复假黄钺，领荆州刺史。以中军将军道怜监留府事。休之上表自陈，并罪状帝。休之府录事参军韩延之有干用才，帝未至江陵，密书招之。延之报书曰：“承亲率戎马，远履西偏，阖境士庶，莫不惶骇。辱疏，知以谯王前事，良增叹息。司马平西体国忠贞，款怀待物，以公有匡复之勋，家国蒙赖，推德委诚，每事询仰。谯王往以微事见劾，犹自表逊位；况以大过而当默邪！来示云，‘处怀期物，自有由来’。今伐人之君，啖人以利，真可谓‘处怀期物’者矣。刘藩死于阊阖之门，诸葛毙于左右之手，甘言诧方伯，袭之以轻兵，遂使席上靡款怀之士，阃外无自信诸侯，以爲得算，良所耻也。吾虽鄙劣，尝闻道于君子，以平西之至德，宁可无授命之臣乎？假天长丧乱，九流浑浊，当与臧洪游于地下。不复多云。”帝视书叹息，以示将佐曰：“事人当如此。”
三月，军次江陵。初，雍州刺史鲁宗之负力好乱，且虑不爲帝容，常爲谶曰：“鱼登日，辅帝室。”与休之相结。至是，率其子竟陵太守轨会于江陵。帝济江，休之衆溃，与轨等奔襄阳，江陵平。加领南蛮校尉。将拜南蛮，遇四废日，佐史郑鲜之等白迁日，不许。下书开宽大之恩。四月，进军襄阳，休之等奔姚兴。晋帝复申前令，授太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，加前部羽葆、鼓吹，置左右长史、司马、从事中郎四人，封第三子义隆爲北彭城县公。八月甲子，帝至自江陵，奉还黄钺，固辞太傅、州牧、前部羽葆、鼓吹，其馀受命。
十二年正月，晋帝诏帝依旧辟士，加领平北将军、兖州刺史，增督南秦，凡二十二州。帝以平北文武寡少，不宜别置，于是罢平北府，以并大府。三月，加帝中外大都督。
初，帝平齐，仍有定关、洛意，遇卢循侵逼，故寝。及荆、雍平，乃谋外略。会姚兴死，子泓新立，兄弟相杀，关中扰乱。四月乙丑，帝表伐关、洛，乃戒严北讨，加领征西将军、司豫二州刺史。以世子爲徐、兖二州刺史。帝欲以义声怀远，奉琅邪王北伐。五月，庐江霍山崩，获六锺，献之天子。癸巳，加领北雍州刺史，前后部羽葆、鼓吹，增班剑爲四十人。八月丁巳，率大衆进发，以世子爲中军将军，监太尉留府事，尚书右仆射刘穆之爲左仆射，领监军、中军二府军司，入居东府，总摄内外。九月，帝至彭城，加领北徐州刺史。十月，衆军至洛，围金墉，降之。修复晋五陵，置守卫。
十二月壬申，晋帝加帝位相国、总百揆、扬州牧，封十郡爲宋公，备九锡之礼，加玺绂、远游冠、绿綟绶，位在诸侯王上。策曰：
朕以寡昧，仰缵洪基，夷羿乘衅，荡覆王室，越在南鄙，迁于九江。宗祀绝飨，人神无位，提挈群凶，寄命江浦，则我祖宗之烈，奄坠于地，七百之祚，翦焉既倾，若涉巨海，罔知攸济。天未绝晋，诞育英辅，振厥弛维，再造区宇，兴亡继绝，俾昏作明，元勋至德，朕实攸赖。
今将授公典策，其敬听朕命：乃者，桓玄肆僭，滔天泯夏，拔本塞源，颠蹶六位，庶僚俛眉，四方莫恤。公精贯朝日，气陵虹蜺，奋其灵武，大歼群慝，克复皇邑，奉歆神只。此公之大节始于勤王者也。授律群后，泝流长骛，薄伐峥嵘，献捷南郢，大憝折首，群逆毕夷，三光旋采，旧物反正。此又公之功也。出藩入辅，弘兹保弼，阜财利用，繁殖黎元，编户岁滋，疆宇日啓，导德明刑，四境有截。此又公之功也。鲜卑负衆，僭盗三齐，介恃遐阻，仍爲边害，公搜乘秣马，敻入远疆，冲橹四临，万雉俱溃，拓土三千，申威龙漠。此又公之功也。卢循祅凶，伺隙五岭，侵覆江、豫，矢及王城，国议迁都之规，家献徙卜之计，公乘辕南济，义形于色，运奇摅略，英谟不世，狡寇穷衄，丧旗宵遁，俾我畿甸，拯于将坠。此又公之功也。追奔逐北，扬旍江濆，偏旅浮海，指日遄至，番禺之功，俘级万数，左里之捷，鸟散鱼溃，元凶远窜，传首万里。此又公之功也。刘毅叛换，负衅西夏，陵上罔主，志肆奸暴，公御轨以刑，消之不日，罪人斯得，荆、衡甯晏。此又公之功也。谯纵怙乱，寇窃一隅，王化阻阂，三巴沦溺，公指命偏帅，授以良图，陵波凭湍，致届井络，僭竖伏鑕，梁、岷草偃。此又公之功也。马休、鲁宗，阻兵内侮，驱率二方，连旗称乱，公投袂星言，研其上略，江津之师，势踰风电，回旆沔川，实繁震慑，二叛奔迸，荆、雍来苏。此又公之功也。永嘉不竞，四夷擅华，五都倾荡，山陵幽辱，祖宗怀没世之愤，遗甿有匪风之思，公远齐阿衡纳隍之仁，近同小白灭亡之耻，鞠旅陈师，赫然大号，分命群帅，北徇司、兖，许、郑风靡，巩、洛载清，百年榛秽，一朝扫涤。此又公之功也。
公有康宇内之勋，重之以明德。爰初发迹，则奇谟冠古，电击强祅，则锋无前对，聿宁东畿，大造黔首。若乃草昧经纶，化融于岁计，扶危静乱，道固于苞桑。蠲削烦苛，较若画一，淳风美化，盈塞区宇。是以绝域献琛，遐夷纳赆，王略所宣，九服率从。虽文命之东渐西被，咎繇之迈于种德，何以尚兹。朕闻先王之宰世也，庸勋尊贤，建侯胙土，褒以宠章，崇其徽物，所以协辅皇室，永隆藩屏。故曲阜光啓，遂荒徐宅，营丘表海，四履有闻。其在襄王，亦赖匡霸，又命晋文，备物光赐。惟公道冠前烈，勋高振古，而殊典未饰，朕甚懵焉！今进授相国，以徐州之彭城沛兰陵下邳淮阳山阳广陵、兖州之高平鲁泰山十郡封公爲宋公，锡兹玄土，苴以白茅，爰定尔居，用建冢社。昔晋、郑啓藩，入作卿士，周、召保傅，出总二南，内外之任，公实兼之。今命使持节、兼太尉、尚书左仆射晋宁县五等男湛授相国印绶，宋公玺绂，使持节、兼司空、散骑常侍、尚书阳遂乡侯泰授宋公茅土，金虎符第一至第五左，竹使符第一至第十左。相国位无不总，礼绝朝班，居常之名，宜与事革。其以相国总百揆，去录尚书之号；上送所假节、侍中貂蝉、中外都督太傅太尉印绶、豫章公印策；进扬州刺史爲牧，领征西将军、司豫北徐雍四州刺史如故。
公纪纲礼度，万国是式，乘介蹈方，罔有迁志，是用锡公大路、戎路各一，玄牡二驷；公抑末敦本，务农重积，采蘩实殷，稼穑惟阜，是用锡公衮冕之服，赤舄副焉；公闲邪纳正，移风改俗，陶钧品物，如乐之和，是用锡公轩县之乐、六佾之舞；公宣美王化，导扬休风，华夷企踵，远人胥萃，是用锡公朱户以居；公官方任能，网罗幽滞，九臯辞野，髦士盈朝，是用锡公纳陛以登；公当轴处中，率下以义，式遏寇雠，涤除苛慝，是用锡公虎贲之士三百人；公明罚恤刑，庶狱详允，放命干纪，罔有攸纵，是用锡公鈇钺各一；公龙骧凤矫，咫尺八紘，括囊四海，折冲无外，是用锡公彤弓一、彤矢百，玈弓十、玈矢千；公温恭孝思，致虔禋祀，忠肃之志，仪刑四方，是用锡公秬鬯一卣，圭瓒副焉。宋国置丞相以下，一遵旧仪。钦哉，其祗服往命，茂对天休，简恤庶邦，敬敷显德，以终我高祖之嘉命！置宋国侍中、黄门侍郎、尚书左丞，即随大使奉迎。枹罕虏乞伏炽盘遣使谒帝，求效力讨姚泓，拜爲平西将军、河南公。
十三年正月，帝以舟师进讨，留彭城公义隆镇彭城。军次陈留城，经张良庙，下令以时修饰栋宇致荐焉。晋帝追赠帝祖爲太常，父爲特进、左光禄大夫，让不受。二月，冠军将军檀道济等军次潼关。三月庚辰，帝率大军入河。五月，帝至洛阳，谒晋五陵。七月，至陕，龙骧将军王镇恶舟师自河浮渭。八月，扶风太守沈田子大破姚泓军于蓝田，王镇恶克长安，禽姚泓。始义熙九年，岁、镇、荧惑、太白聚东井，至是而关中平。九月，帝至长安。长安丰稔，帑藏盈积，帝先收其彜器、浑仪、土圭、记里鼓、指南车及秦始皇玉玺送之都；其馀珍宝珠玉，悉以班赐将帅。迁姚宗于江南，送泓斩于建康市。谒汉长陵，大会文武于未央殿。
十月，晋帝诏进宋公爵爲王，加十郡益宋国，并前爲二十郡。其相国、扬州牧、领征西将军、司豫北徐雍四州刺史如故。帝欲息驾长安，经略赵、魏，十一月，前将军刘穆之卒，乃归。十二月庚子，发自长安，以桂阳公义真爲雍州刺史，镇长安，留腹心将佐以辅之。
十四年正月壬戌，帝至彭城，解严息甲。以辅国将军刘遵考爲并州刺史，领河东太守，镇蒲阪。帝解司州，领徐、冀二州刺史，固让进爵。时汉中成固县汉水崖际有异声如雷，俄顷岸崩，有铜锺十二，出自潜壤。巩县人宗曜于其田所获嘉禾，九穗同茎，帝以献，晋帝以归于我。帝冲让，乃止。六月丁亥，受相国宋公九锡之命，下命赦国内殊死以下。诏崇豫章太夫人爲宋公太妃，世子爲中军将军副贰，相国府百官悉依天朝之制。又诏宋国所封十郡之外，悉得除用。先是，安西中兵参军沈田子杀安西司马王镇恶，诸将杀安西长史王修，关中乱。十月，帝遣右将军朱龄石代安西将军桂阳公义真爲雍州刺史。义真还，爲赫连勃勃所追，大败，仅以身免，诸将帅及龄石并没。
十二月，晋安帝崩，大司马琅邪王即帝位。元熙元年正月，晋帝诏征帝入辅，又申前令，进公爵爲王，以徐州之海陵北东海北谯北梁、豫州之新蔡、兖州之北陈留、司州之陈郡汝南潁川荥阳十郡，增宋国。七月，乃受命。赦国内五岁刑以下，迁都寿阳。九月，解扬州。十二月，晋帝命帝冕十有二旒，建天子旌旗，出警入跸，乘金根车，驾六马，备五时副车，置旄头云罕，乐舞八佾，设锺虡宫县。进王太妃爲太后，王妃爲王后，世子爲太子，王子、王孙爵命之号，一如旧仪。二年正月，帝表让殊礼。竟陵郡江滨自开，出古铜礼器十余枚，帝献之晋帝，让不受，于是归诸瑞物，藏于相府。四月，诏遣敦劝，兼征帝入辅。六月壬戌，帝至都。甲寅，晋帝禅位于宋。有司草诏既成，请书之，天子即便操笔，谓左右曰：“桓玄之时，天命已改，重爲刘公所延，将二十载。今日之事，本所甘心。”甲子，遣使奉策曰：
咨尔宋王，夫玄古权舆，悠哉邈矣，其详靡得而闻。爰自书契，降逮三、五，莫不以上圣君四海，止戈定大业。然则帝王者，宰物之通器，君道者，天下之至公也。昔在上叶，深鉴兹道，是以天禄既终，唐、虞弗得传其嗣，符命来格，舜、禹不获全其谦。所以经纬三才，澄序彜化，作范振古，垂风万叶，莫尚于兹。自是厥后，历代弥劭。汉既嗣德于放勋，魏亦方轨于重华，谅以协谋乎人鬼，而以百姓爲心者也。
昔我祖宗钦明，辰居其极，而明晦代序，盈亏有期，翦商兆祸，非惟一世，曾是弗克，矧伊在今，天之所废，有自来矣。惟王体上圣之姿，包二仪之德，明齐日月，道合四时。乃者，社稷倾覆，王拯而存之，中原芜梗，又济而复之。自负固不宾，干纪放命，肆逆滔天，窃据万里，靡不润之以风雨，震之以雷霆。九伐之道既敷，八法之化自理，岂伊博施于人，济斯黔庶，固已义洽四海，道盛八荒者矣。至于上天垂象，四灵效征，图谶之文既明，人神之望已改，百工歌于朝，庶人颂乎野，亿兆抃踊，倾伫惟新。自非百姓乐推，天命攸集，岂伊在予所得独专。是用仰祗皇灵，俯顺群议，敬禅神器，授帝位于尔躬。大祚其穷，天禄永终。于戏！王其允执其中，敬遵典训，副率土之嘉愿，恢洪业于无穷，时膺休佑，以答三灵之眷望。又遣使持节、兼太保、散骑常侍、光禄大夫谢澹，兼太尉、尚书刘宣范奉玺书，归皇帝玺绶，受终之礼，一如唐虞、汉魏故事。帝奉表陈让，晋帝已逊于琅邪王第，表不获通。于是陈留王虔嗣等二百七十人及宋台群臣并上表劝进，犹不许。太史令骆达陈天文符应曰：“案晋义熙元年至元熙元年，太白昼见经天凡七，占曰：‘太白经天，人更主，异姓兴。’义熙七年，五虹见于东方，占曰：‘五虹见，天子黜，圣人出。’九年，镇星、岁星、太白、荧惑聚于东井。十三年，镇星入太微。占曰：‘镇星守太微，有立王,有徙王。’元熙元年冬，黑龙四登于天，易传曰：‘冬，龙见，天子亡社稷，大人受命。’冀州道人释法称告其弟子曰：‘嵩神言，江东有刘将军，汉家苗裔，当受天命，吾以璧三十二、镇金一饼与之，刘氏卜世之数也。’汉建武至建安末一百九十六年而禅魏，魏自黄初至咸熙末四十六年而禅晋，晋自泰始至今百五十六年，三代揖让，咸穷于六。又汉光武社于南阳，汉末而其树死，刘备有蜀，乃应之而兴；及晋季年，旧根始萌，至是而盛矣。”若此者有数十条。群臣又固请，乃从之。
永初元年夏六月丁卯，皇帝即位于南郊，设坛，柴燎告天曰：
皇帝臣裕敢用玄牡，昭告于皇皇后帝：
晋以卜世告终，历数有归，钦若景运，以命于裕。夫树君宰世，天下爲公，德充帝王，乐推攸集。越俶唐虞，降暨汉魏，靡不以上哲格文祖，元勋陟帝位，故能大拯黔首，垂训无穷。晋自东迁，四维不振，宰辅焉依，爲日已久。难棘隆安，祸成元兴，遂至帝主迁播，宗祀堙灭。裕虽地非齐、晋，衆无一旅，仰愤时难，俯悼横流，投袂一起，则皇祀克复。及危而能持，颠而能扶，奸宄具歼，僭僞亦灭，诚兴废有期，否终有数。至于大造晋室，拨乱济时，因藉时来，实尸其重。加以殊俗慕义，重译来庭，正朔所暨，咸服声教。至乃三灵垂象，山川告祥，人神协祉，岁月滋着。是以群公卿士，亿兆夷人，佥曰：“皇灵降鉴于上，晋朝款诚于下，天命不可以久淹，宸极不可以暂旷。”遂逼群议，恭兹大礼。猥以寡德，托于兆人之上，虽仰畏天威，略是小节，顾深永怀，祗惧若霣。敬简元日，升坛受禅，告类上帝，用酬万国之情，克隆天保，永祚于有宋。惟明灵是飨！礼毕，备法驾，幸建康宫，临太极前殿，大赦，改元。赐人爵二级。鳏寡孤独不能自存者，人谷五斛，逋租宿责勿收。其犯乡论清议，赃汙淫盗，一皆荡涤。长徒之身，特皆原遣。亡官失爵、禁锢夺劳，一依旧准。封晋帝爲零陵王，全食一郡，载天子旌旗，乘五时副车，行晋正朔，郊祀天地，礼乐制度，皆用晋典，上书不爲表，答表不称诏，宫于故秣陵。追尊皇考爲孝穆皇帝，妣爲穆皇后，尊王太后爲皇太后。诏曰：“夫微禹之感，叹深后昆，爱人怀树，犹或勿翦。虽在异代，义无废绝，降杀之仪，一依前典。可降始兴公爲县公，庐陵公爲柴桑县公，始安公爲荔浦县侯，长沙公爲醴陵县侯，康乐公即降爲县侯，奉王导、谢安、温峤、陶侃、谢玄之祀，其宣力义熙者，一仍本秩。”
庚午，以司空道怜爲太尉，封长沙王，立南郡公义庆爲临川王。又诏论战亡追赠及酬赏除复之科。乙亥，封皇子桂阳公义真爲庐陵王，彭城公义隆爲宜都王，义康爲彭城王。丁丑，使使巡行四方，旌贤举善，问人疾苦，狱讼亏滥、政刑乖愆、伤化扰俗、未允人听者，皆具以闻。戊寅，诏增百官奉。己卯，改晋泰始历爲永初历，社以子，腊以辰。
秋七月丁亥，原放劫贼馀口没在台府者，诸流徙之家，并听还本。又以市税繁苦，优量减降。从征关、洛，殒身不反者，赡赐其家。己丑，陈留王曹虔嗣薨。辛卯，复置五校三将官，增殿中将军员二十人，余在员外。戊戌，征西大将军、开府仪同三司杨盛进号车骑大将军。甲辰，镇西将军李歆进号征西大将军，平西将军乞伏炽盘进号安西大将军，征东将军高句丽王高琏进号征东大将军，镇东将军百济王扶馀映进号镇东大将军。置东宫冗从仆射、旅贲中郎将官。戊申，迁神主于太庙，车驾亲奉。壬子，诏改权制，率从宽简。
八月辛酉，诏旧郡县以北爲名者悉除之，寓立于南者，听以南爲号。戊辰，诏曰：“彭城桑梓，敦本斯隆，宜同丰、沛。其沛郡、下邳各复租布三十年。”辛未，追諡妃臧氏爲敬皇后，陵曰永宁。癸酉，立王太子义符爲皇太子。乙亥，赦见罪人。闰月壬午，置晋帝诸陵守卫，其名贤先哲，详加洒扫。丁酉，林邑国遣使朝贡。
九月壬子，置东宫殿中将军十人，员外二十人。壬申，置都官尚书。
是岁，魏明元皇帝泰常五年。西凉亡。
二年春正月辛酉，祀南郊，大赦。丙寅，断金银涂。以扬州刺史庐陵王义真爲司徒，以尚书仆射徐羡之爲尚书令、扬州刺史。己卯，禁丧事用铜钉。罢会稽郡府。
二月己丑，策试州郡秀、孝于延贤堂。倭国遣使朝贡。三月乙丑，初限荆州府置将不得过二千人，吏不得过一万人。州置将不得过五百人，吏不得过五千人。兵士不在此限。夏四月己卯，初禁淫祀，除诸房庙。其先贤以勋德立祠者，不在此例。戊申，听讼于华林园。
五月己酉，置东宫屯骑、步兵、翊军三校尉官。
秋七月己巳，地震。
九月己丑，零陵王殂，宋志也。车驾率百僚临于朝堂三日，如魏明帝服山阳公故事。使兼太尉持节护丧事，葬以晋礼。冬十月己亥，以凉州胡帅大沮渠蒙逊爲镇军大将军、开府仪同三司、凉州刺史。
十一月辛亥，葬晋恭皇帝于冲平陵，车驾率百官瞻送。三年春正月甲辰朔，诏刑罚无轻重悉原之。癸丑，以尚书令扬州刺史徐羡之爲司空、录尚书事，刺史如故。进江州刺史王弘卫将军、开府仪同三司。以太子詹事傅亮爲尚书仆射。二月丙戌，有星孛于虚、危。
三月，上不豫，太尉长沙王道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济并入侍医药。群臣请祈祷神只，上不许，惟使侍中谢方明以疾告庙而已。丁未，以庐陵王义真爲侍中、车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史。己未，上疾瘳，大赦。
夏四月乙亥，封仇池公杨盛爲武都郡王。
五月，上疾甚，召太子，戒之曰：“檀道济虽有干略，而无远志，非如兄韶有难御之气。徐羡之、傅亮当无异图。谢晦屡从征伐，颇识机变，若有异，必此人也。小却，可以会稽、江州处之。”又爲手诏：“朝廷不须复有别府，宰相带扬州，可置甲士千人。若大臣中任要，宜有爪牙，以备不祥人者，可以台见留队给之。有征讨，悉配以台见军队，行还复旧。后世若有幼主，朝事一委任宰相，母后不烦临朝。仗既不许入台殿门，要重人可详给班剑。”癸亥，上崩于西殿，时年六十。七月己酉，葬丹阳建康县蒋山初宁陵。群臣上諡曰武皇帝，庙号高祖。上清简寡欲，严整有法度，未尝视珠玉舆马之饰，后庭无纨绮丝竹之音。初，朝廷未备音乐，长史殷仲文以爲言，帝曰：“日不暇给，且所不解。”仲文曰：“屡听自然解之。”帝曰：“政以解则好之，故不习耳。”宁州尝献虎魄枕，光色甚丽，价盈百金。时将北伐，以虎魄疗金创，上大悦，命碎分赐诸将。平关中，得姚兴从女，有盛宠，以之废事，谢晦谏，即时遣出。财帛皆在外府，内无私藏。宋台建，有司奏东西堂施局脚床，金涂钉，上不许。使用直脚床，钉用铁。广州尝献入筒细布，一端八丈，帝恶其精丽劳人，即付有司弹太守，以布还之，并制岭南禁作此布。帝素有热病，并患金创，末年尤剧，坐卧常须冷物，后有人献石床，寝之，极以爲佳，乃叹曰：“木床且费，而况石邪。”即令毁之。制诸主出适，遣送不过二十万，无锦绣金玉。内外奉禁，莫不节俭。性尤简易，尝着连齿木屐，好出神武门内左右逍遥，从者不过十馀人。时徐羡之住西州，尝思羡之，便步出西掖门，羽仪络驿追随，已出西明门矣。诸子旦问起居，入合脱公服，止着裙帽，如家人之礼焉。
微时躬耕于丹徒，及受命，耨耜之具颇有存者，皆命藏之，以留于后。及文帝幸旧宫，见而问焉，左右以实对，文帝色惭。有近侍进曰：“大舜躬耕历山，伯禹亲事土木，陛下不睹列圣之遗物，何以知稼穑之艰难，何以知先帝之至德乎。”及孝武大明中，坏上所居阴室，于其处起玉烛殿，与群臣观之，床头有土障，壁上挂葛灯笼、麻绳拂，侍中袁顗盛称上俭素之德，孝武不答，独曰：“田舍公得此，已爲过矣。”故能光有天下，克成大业，盛矣哉。
少帝讳义符，小字车兵，武帝长子也。母曰张夫人，晋义熙二年，生帝于京口。时武帝年踰不惑，尚未有男，及帝生，甚悦。年十岁，拜豫章公世子。帝膂力绝人，善骑射，解音律。宋台建，拜宋世子。元熙元年，进爲宋太子。武帝受禅，立爲皇太子。
永初三年五月癸亥，武帝崩，是日太子即皇帝位，大赦，制服三年，尊皇太后曰太皇太后。
六月壬申，以尚书仆射傅亮爲中书监、尚书令，司空徐羡之、领军将军谢晦及亮辅政。戊子，太尉长沙王道怜薨。秋九月丁未，有司奏武皇帝配南郊，武敬皇后配北郊。冬十一月戊午，有星孛于营室。
十二月庚戌，魏军克滑台。
景平元年春正月己亥朔，大赦，改元，文武赐位二等。辛丑，祀南郊。魏军攻金墉城。癸卯，河南郡失守。乙卯，有星孛于东壁。
二月丁丑，太皇太后崩。镇军大将军大且渠蒙逊、河南鲜卑吐谷浑阿豺并遣使朝贡。庚辰，进蒙逊骠骑大将军，封河西王。以阿豺爲安西将军、沙州刺史，封浇河公。
三月壬寅，孝懿皇后祔葬于兴宁陵。是月，高丽国遣使朝贡。
夏闰四月己未，魏军克虎牢。
秋七月癸酉，尊所生张夫人爲皇太后。丁丑，赦五岁刑以下。
冬十月己未，有星孛于氐。
是岁，魏明元皇帝崩。
二年春二月癸巳朔，日有蚀之。废南豫州刺史庐陵王义真爲庶人，徙新安郡。乙巳，大风，天有云五色，占者以爲有兵。执政使使者诛皇弟义真于新安。高丽国遣使朝贡。时帝居处所爲多乖失。
夏五月乙酉，皇太后令暴帝过恶，废爲营阳王。一依汉昌邑、晋海西故事。奉迎镇西将军宜都王义隆入纂皇统。
始徐羡之、傅亮将废帝，讽王弘、檀道济求赴国讣，弘等来朝，使中书舍人邢安泰、潘盛爲内应。是旦，道济、谢晦领兵居前，羡之等随后，因东掖门开，入自云龙门，盛等先戒宿卫，莫有御者。时帝于华林园爲列肆，亲自酤卖，又开渎聚土，以象破冈埭，与左右引船唱呼，以爲欢乐。夕游天泉池，即龙舟而寝。其朝未兴，兵士进，杀二侍者于帝侧，伤帝指，扶出东合，就收玺绂。群臣拜辞送于东宫，遂幽于吴郡。是日，赦死罪以下。太后令奉还玺绂，檀道济入守朝堂。六月癸丑，徐羡之等使中书舍人邢安泰弑帝于金昌亭。帝有勇力，不即受制，突走出昌门，追以门关踣之致殒，时年十九。
论曰：晋自社稷南迁，王纲弛紊，朝权国命，递回台辅，君道虽存，主威久谢。桓温雄才盖世，勋高一时，移鼎之业已成，天人之望将改。自斯以后，帝道弥昏，道子开其祸端，元显成其衅末。桓玄乘时藉运，加以先资，革命受终，人无异望。宋武地非齐、晋，衆无一旅，曾不浃旬，夷凶翦暴，诛内清外，功格上下。若夫乐推所归，讴歌所集，校之魏、晋，可谓收其实矣。然武皇将涉知命，弱嗣方育，顾有慈顔，前无严训。少帝体易染之质，禀可下之姿，外物莫犯其心，所欲必从其志，嶮纵非学而能，危亡不期而集，其至颠沛，非不幸也。悲哉！
译文
宋本纪上
宋高祖武皇帝名叫刘裕，字德舆，小字寄奴，是彭城县绥舆里人，姓刘，乃汉朝楚元王刘交的二十一世孙。彭城曾是楚国的都城，所以他的先祖就在这里安家。晋朝皇室东迁后，刘氏家族移居到晋陵丹徒的京口里。他的祖父刘靖，曾任晋朝的东安太守；父亲刘翘，字显宗，担任过郡里的功曹。刘裕于晋哀帝兴宁元年癸亥年三月壬寅日夜间出生，出生时神光照亮整个房间，当晚还有甘露降落在他家祖坟的树上。等他长大成人，身形魁梧，胸怀大志，身高七尺六寸，体态不凡，不拘泥于小节，却因侍奉继母十分孝顺而闻名乡里。
刘裕曾游览京口的竹林寺，独自躺在讲堂前休息，当时有五彩的龙形云气出现在他上方，寺里的僧人看到后，惊慌地把这件事告诉了他，他却只是高兴地说：“师父别乱说。”他父亲的坟墓在丹徒的候山，这个地方就是秦朝史书上所说的曲阿、丹徒之间有天子气的地方。当时有个叫孔恭的人，擅长通过墓地占卜吉凶，刘裕曾和他一同经过父亲的墓地，故意骗他说：“这座坟墓怎么样？”孔恭回答：“这可不是普通的地方。”刘裕从此更加自负。他出行时，常常感觉有两条小龙附着在自己身边，在山野间砍柴捕鱼时，同伴们有时也能看到。等他显贵之后，那龙的形态就变得更大了。
刘裕早年家境贫寒，当时没多少人能看出他的非凡之处，只有琅邪人王谧格外敬重他。他曾经欠刁逵三万钱的社钱，过了很久都无力偿还，被刁逵抓了起来，王谧暗中用自己的钱替他还清了债务，他才得以脱身。后来他在新洲割荻草，遇到一条几丈长的大蛇，他搭箭射去，射中了大蛇。第二天他又来到新洲，听到草丛里有杵臼捣药的声音，走近一看，只见几个穿青衣的童子在榛树丛中捣药。他问童子们缘由，童子们回答：“我们的大王被刘寄奴射伤了，我们在捣药给他敷治。”刘裕说：“你们大王有神力，为什么不杀了我？”童子们答道：“刘寄奴是有帝王命的人，不会死，不能杀。”刘裕大声呵斥，童子们纷纷散去，他便收起捣好的药回来了。还有一次，他在邳县的旅店住宿，遇到一位僧人，僧人对他说：“江南地区将会发生战乱，能平定战乱的，大概就是你吧。”刘裕之前手上有伤，多年都没痊愈，僧人拿出一种黄色的药粉，留给了他，随后便突然不见了。刘裕用这种黄粉敷在伤口上，伤口一下就愈合了。他把剩下的黄粉和从童子那里得到的药都珍藏起来，后来每次遇到外伤，用这些药涂抹都很有效。
刘裕起初担任冠军将军孙无终的司马。晋朝隆安三年十一月，妖贼孙恩在会稽发动叛乱，朝廷派遣卫将军谢琰、前将军刘牢之前往征讨。刘牢之请求让刘裕参与府中军事，派他和几十人去侦察贼军动向，结果遇到几千名贼兵，刘裕当即率军与贼兵交战，他带去的人大多战死，但他挥舞长刀奋勇杀敌，杀伤了很多贼兵。刘牢之的儿子刘敬宣担心刘裕被贼兵围困，便率领轻骑兵前去寻找；不久后大批骑兵赶到，一同平定了山阴，孙恩逃到了海上。
隆安四年五月，孙恩再次攻入会稽，杀死了谢琰。十一月，刘牢之再次率军东征，派刘裕驻守句章。句章城小、兵力薄弱，刘裕每次作战都冲锋陷阵，贼兵被迫退回浃口。当时东征的各位将领，手下的士兵都肆意抢劫，百姓深受其苦，只有刘裕的军队从不侵扰百姓。
隆安五年春天，孙恩多次攻打句章，都被刘裕击败，孙恩再次逃入海中。三月，孙恩从海上向北进攻海盐，刘裕在旧海盐城修筑防御工事，贼兵每天都来攻城。城内兵力稀少，刘裕挑选敢死队员击退了贼兵。虽然接连取胜，但刘裕深知敌我兵力悬殊，于是一天夜里，他下令收起旗帜，故意示弱，等到贼兵放松警惕后，突然发起猛攻，大败贼军。孙恩知道无法攻克海盐城，便率军向沪渎进军，刘裕放弃海盐城率军追击。海盐县令鲍陋派儿子鲍嗣之率领一千名吴地士兵作为先锋，刘裕认为吴地士兵不熟悉作战，命令他们在后面跟进，鲍嗣之不听。当晚刘裕设下多处伏兵，又布置了很多旗帜战鼓。第二天交战时，伏兵突然杀出，贼兵败退，鲍嗣之追击贼兵，陷入重围战死。刘裕边战边退，手下士兵死伤殆尽，最终退到一个地方坚守，让身边的人脱下死人的衣服晾晒，装作从容不迫的样子。贼兵怀疑还有伏兵，便率军撤离了。六月，孙恩从海上率军抵达丹徒，刘裕日夜兼程，与贼兵同时赶到，奋勇出击，大败孙恩。孙恩率军到达建邺，得知朝廷早有防备，便逃往郁洲。八月，晋帝任命刘裕为下邳太守。刘裕又追击孙恩到郁洲和海盐，多次击败贼军。孙恩的军队从此陷入饥荒，只好逃往临海。
元兴元年，荆州刺史桓玄率军东下，骠骑将军司马元显派刘牢之率军抵御，刘裕再次参与刘牢之的军事行动。桓玄的军队赶到后，刘裕请求主动出击，刘牢之没有同意，反而派儿子刘敬宣前往桓玄营中求和。刘裕和东海人何无忌极力劝阻，刘牢之不听。桓玄攻克建邺后，任命刘牢之为会稽内史。刘牢之十分恐惧，召集刘裕到广陵起兵反抗桓玄，刘裕说：“人心已经背离你了，广陵又怎么能守得住呢？”刘牢之最终在新洲上吊自杀。何无忌问刘裕：“我该去哪里呢？”刘裕回答：“可以跟我回京口。桓玄如果能坚守臣节，我们就侍奉他；如果不能，我们就想办法对付他。”
桓玄的堂兄桓修以抚军将军的身份镇守丹徒，任命刘裕为中兵参军。孙恩战败后，害怕被擒，便在临海投水自杀，残余部众推举孙恩的妹夫卢循为首领。桓玄又派刘裕东征卢循。
元兴二年，卢循逃往永嘉，刘裕追击并击败了他。六月，朝廷加封刘裕为彭城内史。
十二月，桓玄篡夺皇位，把晋帝迁到寻阳。桓修入朝拜见桓玄，刘裕跟随他一同前往建邺。桓玄见到刘裕后，对司徒王谧说：“昨天见到刘裕，他的体态气质非同常人，真是人中豪杰。”每次宴饮聚会，桓玄都对刘裕赏赐丰厚。桓玄的妻子刘氏，是尚书令刘耽的女儿，聪慧且有识人之明，她见过刘裕后，对桓玄说：“刘裕走路如龙似虎，神态不凡，恐怕不会长久屈居人下，应该尽早除掉他。”桓玄说：“我正要平定中原，除了刘裕没人能胜任，等平定关、陇地区后，再商议这件事。”
不久后桓修返回京口，刘裕借口伤口复发，无法步行跟随，便与何无忌同船返回京口，暗中谋划恢复晋室的大计。他联合弟弟刘道规、沛国人刘毅、平昌人孟昶、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长人、太原人王元德、陇西人辛扈兴、东莞人童厚之等人，一同制定起义计划。当时桓修的弟弟桓弘担任青州刺史，镇守广陵，刘道规是桓弘的中兵参军，孟昶是青州主簿，刘裕便让刘毅前往孟昶那里，商议一同袭击桓弘。诸葛长人担任豫州刺史刁逵的左军府参军，计划占据历阳作为响应；王元德、童厚之则在建邺谋划攻打桓玄，约定好日期同时行动。
元兴三年二月乙卯日，刘裕借口打猎，与何无忌、魏咏之、檀凭之、刘毅的堂弟刘藩、檀凭之的侄子檀韶、檀祗、檀隆、檀道济、孟昶的族弟孟怀玉等人，聚集了二十七名起义骨干，愿意跟随他们的有一百多人。丙辰日，城门一开，何无忌等起义军将士身穿传达诏书的服饰，谎称有诏书在前引路，起义军一同冲入城内大喊，守城的官吏士兵惊慌溃散，当即斩杀桓修示众。刘裕哭得十分悲痛，对桓修的家属给予了丰厚的抚恤。孟昶劝说桓弘当天外出打猎，天还没亮，桓弘就打开城门让打猎的人出城，孟昶、刘道规、刘毅等人率领五六十名壮士，趁机冲入城中。当时桓弘正在喝粥，被当场斩杀，随后他们召集部众渡过长江。
起义军刚刚攻克京口，桓修的司马刁弘率领文武官吏前来救援，刘裕登上城楼对他们说：“郭江州已经在寻阳拥戴皇帝复位，我们都接到秘密诏书诛杀叛逆党羽，如今桓玄的首级很快就要悬挂在大航示众了。你们难道不是大晋的臣子吗？”刁弘等人相信了刘裕的话，率军撤退。刘毅赶到后，刘裕下令诛杀刁弘等人。
刘毅的哥哥刘迈之前留在建邺，起义计划发动前几天，刘裕派同谋周安穆前去通报，让他作为内应。刘迈十分害怕，周安穆担心事情泄露，急忙返回京口。当时桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈便乘船准备前往赴任。当天夜里，桓玄写信给刘迈：“北府的人心怎么样？你最近见到刘裕，他说了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了起义计划，第二天一早就把事情告诉了桓玄。桓玄大惊，封刘迈为重安侯，又因为他没有抓住周安穆而将他杀害，同时诛杀了王元德、辛扈兴、童厚之等人。随后桓玄派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷向北抵御起义军。
在此之前，刘裕曾拜访游击将军何澹之，何澹之的手下看到刘裕房间里充满光曜，告诉了何澹之，何澹之又告诉了桓玄，桓玄却没有放在心上。等到听说起义军起兵，桓玄才十分恐惧。有人说：“刘裕等人兵力薄弱，陛下何必如此担忧？”桓玄说：“刘裕堪称一代枭雄，刘毅家里连一石粮食都没有，却敢在赌博中一掷百万，何无忌是刘牢之的外甥，做事风格和他舅舅十分相似，他们一同举事，怎么会不成功呢？”当时大家推举刘裕为盟主，任命孟昶为长史，总领后方事务，檀凭之为司马，愿意跟随起义的百姓有一千多人。军队驻扎在竹里，向都城发布檄文：
成功与失败互为因果，世事不会永远太平，奸邪之人肆意作恶，或许会遇到圣明之人平定祸乱。自从我们大晋建立以来，多次遭遇厄运，隆安年间以后，皇室多灾多难，忠贞贤良之人被奸人残害，忠臣义士死于虎口。逆臣桓玄胆敢肆意妄为，在荆郢地区拥兵自重，在都城作恶施暴，上天没有忘记战乱之苦，桓玄的势力十分庞大，短短一年之间，就颠覆了晋朝的皇位。皇帝被迫流亡，居于不该居的地方，皇权受到侮辱，皇家宗庙被毁坏，即便是夏朝君主遭遇寒浞、浇的迫害，汉朝遭遇王莽、董卓的祸乱，也比不上如今的惨状。自从桓玄篡逆以来，多年遭受大旱，百姓无法生存，士人和百姓疲于赋税徭役，文武官员苦于修筑工事，家庭离散，父子分离，哪里只是《诗经·大东》中所说的百姓无衣无食的悲痛，《诗经·摽有梅》中所说的女子求嫁无门的哀怨呢！仰观天象，俯察人事，这样的世道如果还能存续，那还有什么世道会灭亡呢！凡是有良知的人，谁不愤慨不已。这就是我们之所以痛心疾首、日夜难安的原因。
因此我们日夜操劳，寻访并奖赏忠烈之士，在艰难险阻中暗中谋划，比踩在老虎身上还要危险，抓住时机奋起反抗，为了大义不顾自身安危。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧参军刘藩、振威将军檀凭之等人，忠诚刚烈，情谊深厚，精诚感天，手持兵器等待起兵，立志为国捐躯。益州刺史毛璩，远在万里之外却与我们同心协力，平定荆楚地区。江州刺史郭昶之迎接皇帝，在寻阳建立行宫。镇北参军王元德等人率领部众，坚守石头城。扬武将军诸葛长人召集义士，已经占据历阳。征虏参军庾赜之等人暗中相互联结，作为内应。各方力量同心协力，起义军纷纷崛起，当天就斩杀了伪徐州刺史安成王桓修、青州刺史桓弘。起义军聚集之后，文武官员争相建功，都认为没有统一的指挥，事情就无法成功。我刘裕推辞不得，于是总领军事要务，希望上靠祖宗的神灵，下靠义士的气节，消灭叛逆，肃清京城。各位公侯贵族，有的世代忠贞，有的身受皇恩，却都被迫屈服于奸邪小人之下，无法为国效力，回望大道，难道不令人悲痛吗！如今正是起兵建功的好时机。我刘裕才能浅薄，比不上古人，在国家衰败之际接受重任，在朝代更替之时承接局势，忠诚之心尚未完全展现，心中感慨激昂。仰望天空寄托深远的情怀，眺望山川更添期盼之情，发布檄文之日，心神早已驰往贼寇的巢穴。
三月戊午日，刘裕的军队在江乘遭遇吴甫之，刘裕亲自手持长刀，大声呐喊，当即斩杀吴甫之。军队进军到罗落桥，遇到皇甫敷，檀凭之战败身亡，士兵们败退，刘裕却越战越勇，又斩杀了皇甫敷。起初，刘裕谋划起义时，有个相面的人说刘裕和何无忌等人近期会大贵，只说檀凭之没有富贵之相。如今檀凭之战死，刘裕知道起义大事必定能够成功。
桓玄听说吴甫之、皇甫敷战死，派桓谦驻扎在东陵口，卞范之驻扎在覆舟山以西。己未日，起义军进军到覆舟山以东，布置疑兵，把油布披在树上，布满山谷。刘裕率先率军冲锋，将士们都殊死作战，以一当百，喊杀声震动天地。借着风势放火，浓烟烈焰冲天，桓谦等人的军队大败。桓玄虽然派出了军队，但早已做好了逃跑的准备，另外派遣领军殷仲文在石头城准备船只，听到桓谦战败的消息后，乘坐轻船向南逃窜。
庚申日，刘裕镇守石头城，设立留守朝廷的百官，在宣阳门外焚烧了桓温的神主牌位，在太庙为晋朝新建了神主。派遣各位将领追击桓玄，命令尚书王嘏率领百官迎接皇帝返回都城。司徒王谧与众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞，于是任命王谧为录尚书事、兼任扬州刺史，刘裕担任镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。起初，晋陵人韦叟擅长相术，桓修让他给刘裕看相，问他能否当上州官，韦叟说：“会当上边州刺史。”私下里却对刘裕说：“你的面相贵不可言。”刘裕笑着说：“如果真如你所说，我会任用你为司马。”到这时，韦叟前来拜见刘裕说：“周成王不违背桐叶封弟的承诺，你也应该不忘任命我为司马的话。如今我不敢奢望担任镇军司马，希望能成为领军府的属官。”刘裕于是任用了他。
当时诸葛长人没有按时赶到，被刁逵抓获押送前往建邺，还没到建邺，桓玄就战败了。桓玄途经寻阳时，江州刺史郭昶之为他准备了皇帝的车驾和相关器物。起初，荆州刺史王绥凭借江东名门望族的身份，又是桓氏的外甥，一直很轻视刘裕，到这时，他和父亲尚书左仆射王愉因心存疑虑，被一同诛杀。
四月戊子日，拥戴武陵王司马遵为大将军，秉承皇帝旨意处理政务，大赦天下，只有桓玄一族不被赦免。桓玄篡逆时，王谧是辅佐他的人，还亲手解开了安帝的玉玺绶带。等到起义军举起义旗，众人都认为王谧应该被诛杀，只有刘裕向来感激王谧的恩德，保护了他。刘毅曾在朝会时，询问王谧玉玺绶带的下落，王谧更加恐惧。等到王愉父子被诛杀，王谧的堂弟王谌对他说：“王驹没有罪却被诛杀，这是在铲除比自己强的人，哥哥你既然是桓氏的党羽，怎么能免于祸患呢？”王谧十分害怕，逃到了曲阿。刘裕写信给大将军司马遵，请求把王谧接回来，恢复他的官职。
桓玄挟持天子逃到江陵，又从江陵率军东下，与刘毅、何无忌、刘道规等人在峥嵘洲遭遇，各路军队大败桓玄。桓玄的党羽殷仲文护送晋朝的两位皇后返回建邺。桓玄又挟持天子到达江陵，随后逃往南郡，南郡太守王腾之、荆州别驾王康产把天子迎入南郡府衙。
起初，益州刺史毛璩派遣堂孙毛佑之与参军费恬护送弟弟的灵柩前往下游，毛璩的侄子毛修之当时担任桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄进入蜀地，到枚回洲时，费恬与毛佑之迎面射箭，益州督护冯迁斩杀桓玄，把他的首级传送到建邺。桓玄的侄子桓振逃到华容的涌中，召集叛逆党羽，袭击江陵城，王腾之、王康产都被杀害。桓谦之前藏匿在沮川，也聚集部众响应桓振，为桓玄举办丧事，设立灵堂。桓谦率领文武官员把玉玺绶带奉还给安帝。刘毅、何无忌进军与桓振交战，在灵溪战败。
十月，刘裕兼任青州刺史，可以率领一百名披甲卫士进入宫殿。
义熙元年正月，刘毅等人进军到江津，击败桓谦、桓振，江陵平定。三月甲午日，晋帝从江陵返回建邺。庚子日，晋帝下诏晋升刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事、录尚书事。刘裕坚决推辞，返回丹徒镇守。九月乙巳日，加封刘裕兼任兖州刺史。
卢循从海上率军攻占广州，抓获广州刺史吴隐之，随即自称广州刺史，任命他的党羽徐道覆为始兴相。
义熙二年三月，晋帝下诏让刘裕督管交、广二州。十月，论功行赏，因刘裕匡复晋室的功劳，封他为豫章郡公，食邑一万户，赏赐绢三万匹，其他官员的封赏各有差别。
义熙三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧去世。
义熙四年正月，晋帝征召刘裕入朝辅佐，授予他侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，仍然保留他徐、兖二州刺史的职位。刘裕上表请求解除兖州刺史的职务。在此之前，刘裕派遣冠军将军刘敬宣讨伐蜀地的叛贼谯纵，没有战功而返回。九月，刘裕因为刘敬宣战败，请求辞职，晋帝没有同意。十月，刘裕被降为中军将军，仍然保留开府仪同三司的职位。
义熙五年二月，伪燕主慕容超率军大肆劫掠淮北地区。三月，刘裕上表请求北伐，任命丹阳尹孟昶监管中军留府事务。刘裕率领军队从淮河进入泗水，五月，到达下邳，留下船只，率领步兵进军琅邪，沿途修筑城池留守。
慕容超的大将公孙五楼请求截断大岘山的通道，坚壁清野等待刘裕的军队，慕容超没有听从。起初谋划北伐时，议事的人认为如果贼兵严守大岘山，军队没有物资补给，就无法返回。刘裕说：“不对。鲜卑人天性贪婪，目光短浅，既希望能取胜，又爱惜粮食，一定会引诱我们深入，而且他们轻视作战。军队一旦进入大岘山，我们就没有什么可担心的了。”等到军队进入大岘山，刘裕抬手向天说：“我们的大事成功了。”众人问他原因，刘裕说：“军队已经越过险要之地，将士们有必死的决心，田野里还有剩余的粮食，军队没有匮乏的担忧，胜利是必然的。”
六月，慕容超留下老弱士兵守卫广固，派遣他的广宁王贺刺卢和公孙五楼全力据守临朐。距离临朐城四十里有一条巨蔑水，慕容超命令公孙五楼迅速占据那里。公孙五楼赶到时，巨蔑水已经被龙骧将军孟龙符占据，公孙五楼只好撤退。
刘裕的大军把四千辆战车分为两翼，并排缓慢前进，战车上张开帷幔，车夫手持盾牌，派骑兵作为游击部队，军令十分严肃。军队到达临朐时，贼兵的骑兵纷纷赶来，刘裕命令兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等人冲锋陷阵。太阳快要落山时，战斗仍然十分激烈，刘裕采用参军胡藩的计策，突袭并攻克临朐，贼兵大败而逃。慕容超逃回广固，刘裕的军队缴获了他的玉玺、豹尾、辇车等物品，送到都城。丙子日，攻克广固的外城，慕容超坚守内城。刘裕于是设置长长的包围圈围困他，军队在青州就地取粮，停止了长江、淮河的物资转运。
七月，慕容超的尚书郎张纲前往姚兴那里求救，从长安返回时，被泰山太守申宣抓获并送到刘裕军中。张纲很有巧思，在此之前，刘裕修筑攻城器械，广固城上的人说：“你们没有张纲，怎么能造出攻城器械呢？”等到张纲被抓获，刘裕让他登上楼车向城内展示，城内的人见状无不惊慌失色。慕容超求救不成，张纲反而被擒，于是请求向刘裕称臣，割大岘山为界，献上一千匹马，刘裕没有同意。当时姚兴派遣使者前来，声称将要率军渡过淮河向东进军，刘裕对使者说：“你回去告诉姚兴，我平定青州之后，将要率军越过函谷关，如果他想送死，现在正是时候。”录事参军刘穆之急忙进帐说：“这句话不足以威慑敌人，反而可能激怒他们。如果鲜卑还没有被攻克，西羌又率军赶来，你该如何应对？”刘裕笑着说：“这是用兵的谋略，不是你能明白的。西羌如果真能前来救援，不会事先声张，这样虚张声势，只是自我逞强罢了。”
十月，张纲修筑的攻城器械完工，设有飞楼、悬梯、木幔、板屋，外面蒙上牛皮，弓箭无法穿透。刘毅派遣上党太守赵恢率领一千多人前来增援，刘裕连夜暗中派兵与赵恢会合。第二天一早，赵恢的五千军队从大路进军，之后每当有晋朝使者将要到达，都这样虚张声势。义熙六年二月丁亥日，刘裕的军队攻破广固城，进行屠城，慕容超翻墙逃跑，被追兵抓获，在建康市斩首。刘裕的军队杀死了慕容超的王公以下官员，俘虏一万多人，缴获两千匹马。
起初，刘裕北伐时，徐道覆劝说卢循趁机出兵，卢循没有听从，徐道覆于是前往番禺劝说卢循：“如今的时机，千万不能错过。如果攻克京都，刘裕即使返回，也无能为力了。”卢循听从了徐道覆的建议。当月，卢循率军进犯南康、庐陵、豫章等郡，各郡的太守都纷纷逃跑。当时刘裕正要镇守下邳，进军黄河、洛水流域，收到征讨卢循的使者传来的消息后，当天就率军班师回朝。镇南将军何无忌与徐道覆交战，在豫章战败身亡，朝廷内外震动惊骇，大臣们商议想要护送皇帝向北逃跑。刘裕的军队驻扎在山阳，听到何无忌战败的消息后，率领几十名随从赶到长江边询问情况，得知贼兵还没有到达都城。
四月癸未日，刘裕回到都城。刘毅主动上表请求南征卢循，刘裕认为贼兵刚刚取胜，士气正盛，必须整顿军队一同进军，派刘藩前去阻止刘毅，刘毅不听。五月壬午日，卢循在桑落洲击败刘毅。等到卢循得知刘裕已经率军返回都城，十分惊慌，想要退回寻阳，平定江陵，占据这两个州来对抗朝廷。徐道覆请求乘胜继续进军，双方争论了十天，卢循才同意。
当时北伐的军队刚刚返回，将士们疲惫不堪，受伤的人还没有恢复，能作战的士兵只有几千人，而贼兵有十几万人，战船绵延千里。孟昶、诸葛长人十分害怕，想要挟持皇帝渡过长江，刘裕说：“现在士兵虽然很少，但仍然足以一战，如果能够取胜，君臣就能共享太平；如果失败，我也不能在草丛中苟且偷生，我的计策已经决定了。”起初，刘裕征讨慕容超，只有孟昶极力劝说他前往，丙辰日，孟昶向皇帝上表，主动承担罪责，服毒自杀。
当时议事的人想要分兵驻守各个渡口，刘裕说：“贼兵人多，我们人少，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实，一处战败，就会动摇三军的士气，不如聚集兵力驻守石头城，集中力量。”戊午日，刘裕移师镇守石头城。乙丑日，贼兵大规模赶到，刘裕说：“贼兵如果从新亭直接进攻，我们就暂时避让；如果他们退回蔡洲停泊，就一定能擒获他们。”徐道覆想要从新亭焚烧战船发动进攻，卢循生性多疑，犹豫不决，总是追求万全之策，于是率军停泊在蔡洲等待刘裕的军队溃败。刘裕登上石头城眺望，看到贼兵停泊在蔡洲，十分高兴。庚辰日，贼兵在南岸设下伏兵，派疑兵向白石进军。刘裕率领刘毅、诸葛长人向北抵御，留下参军徐赤特驻守查浦，告诫他不要出战。刘裕率军向北出发后，贼兵焚烧查浦，进军到张侯桥，徐赤特率军与贼兵交战，大败，贼兵进军驻扎在丹阳郡。刘裕急忙率军返回石头城，斩杀徐赤特。休整了很长一段时间后，刘裕才率军在南塘列阵。七月庚申日，卢循从蔡洲撤退，准备返回寻阳，刘裕派遣辅国将军王仲德等人追击。派建威将军孙处从海路袭击番禺，告诫他说：“我十二月一定能击败贼寇，你也应该能赶到番禺，先捣毁他们的巢穴。”
十月，刘裕率领水军南征，任命刘毅监管太尉留府事务。当月，徐道覆进犯江陵，荆州刺史刘道规大败徐道覆，徐道覆逃回湓口。十一月，孙处率军到达番禺，攻克番禺城，卢循的父亲卢嘏逃往始兴，孙处安抚当地百姓并驻守番禺。十二月己卯日，刘裕的大军驻扎在大雷。庚辰日，贼兵沿着长江顺流而下，刘裕亲自手持幡鼓，命令各路军队全力进攻，军中配备了很多万钧神弩，所到之处无不摧毁敌军战船。刘裕亲自在江中心指挥军队逼近贼兵，借着风势和水流的力量，贼兵的战船都靠近西岸，岸上的军队早已准备好火攻器具，焚烧贼船，大败贼兵。卢循返回寻阳，随后逃往豫章，全力在左里设置栅栏防御。丙申日，刘裕的大军驻扎在左里，准备交战时，刘裕挥舞军旗，旗杆突然折断，旗帜沉入水中，将士们都十分害怕，刘裕笑着说：“当年赤壁之战也出现过这种情况，如今一定能取胜。”于是下令进攻栅栏，卢循独自乘船逃跑，部众全部投降。军队凯旋，晋帝派遣侍中、黄门侍郎到军中慰问。
义熙七年正月己未日，刘裕整顿军队返回都城，朝廷改授他为大将军、扬州牧，赐给二十名持剑卫士，原来的官职保持不变。刘裕坚决推辞。凡是南北征伐中战死的将士，都逐一上报给予丧葬抚恤，尸体没有运回的，派遣主帅前往迎接，送回故乡。
二月，卢循到达番禺，被孙处击败，收集残余部众向南逃跑。刘藩、孟怀玉在始兴斩杀徐道覆。
自从晋朝东迁以来，朝廷的纲纪松弛紊乱，豪门大族兼并土地，百姓流离失所，无法保住自己的产业。桓玄想要加以整顿改革，最终没有成功。刘裕担任辅政大臣后，大力整顿法度，豪强大族都收敛了气焰，远近各地都遵守禁令。到这时，会稽余姚人虞亮又藏匿了一千多名亡命之徒，刘裕诛杀虞亮，罢免了会稽内史司马休之。
晋帝再次重申之前的诏书，任命刘裕为大将军、扬州牧，刘裕仍然坚决推辞。于是朝廷改授他为太尉、中书监，刘裕才接受任命，奉还了黄钺。
交州刺史杜惠度斩杀卢循父子，把七颗首级装在木匣中送到都城。在此之前，各州郡派遣的秀才、孝廉大多名不副实，刘裕于是上表申明旧例，对他们进行策试。
荆州刺史刘道规患病，请求返回都城，义熙八年四月，朝廷改授他为豫州刺史，任命豫州刺史刘毅接替他担任荆州刺史。刘毅既有雄才大略，又有远大志向，与刘裕一同兴复晋室，自认为在京城、广陵的功劳足以与刘裕抗衡，虽然表面上把大权推让给刘裕，但内心并不服气。他十分自负，朝中素有声望的官员大多归附他，他与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施关系密切。等到刘毅镇守江陵，把豫州原来的很多属官都带走了，还请求任命郗僧施为南蛮校尉。刘裕知道刘毅最终会成为叛乱分子，暗中谋划除掉他。刘毅到了西边后，声称病重，上表请求任命堂弟兖州刺史刘藩为副手，刘裕假装同意。九月，刘藩入朝，刘裕下令逮捕刘藩和谢混，一同赐死。刘裕亲自上表请求讨伐刘毅，又被授予黄钺，率领各路军队西征。任命前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史刘道怜镇守丹徒，豫州刺史诸葛长人监管太尉留府事务，加封太尉司马丹阳尹刘穆之为建威将军，配给充足的兵力。壬午日，刘裕从建邺出发，派遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩提前袭击江陵，攻克江陵城，刘毅及其党羽全部被诛杀。
十一月，刘裕到达江陵，把荆州的十个郡划分为湘州，刘裕仍然督管这些地区。任命西阳太守朱龄石为益州刺史，派他讨伐蜀地。晋帝晋升刘裕为太傅、扬州牧，赐给羽葆、鼓吹，二十名持剑卫士。
义熙九年二月乙丑日，刘裕从江陵返回都城。起初，诸葛长人贪婪淫乱，骄横跋扈，刘裕一直对他宽容迁就。刘毅被诛杀后，诸葛长人对亲信说：“当年汉高祖杀了彭越，今年又杀了韩信，灾祸就要轮到我了。”于是谋划发动叛乱。刘裕约定日期返回都城，却多次拖延行程。公卿以下的官员，连日在新亭等候迎接，诸葛长人也多次前往。不久后，刘裕乘坐轻船秘密到达都城，已经回到东府了。诸葛长人登门拜访，刘裕请他上前，屏退左右单独交谈，把平生没有说尽的话都聊了一遍，诸葛长人十分高兴。刘裕早已暗中命令手下丁旿从帐幔后出来，在座位上拉住诸葛长人，将他杀死在床榻旁边。把诸葛长人的尸体抬到廷尉府，同时诛杀了他的弟弟诸葛黎人。丁旿勇猛有力，当时的人都说：“不要跋扈，否则就交给丁旿处置。”
在此之前，山川湖泽都被豪强大族所侵占，百姓砍柴捕鱼，都要缴纳赋税，到这时，刘裕下令禁止这种行为。当时百姓的居住地还不统一，刘裕上表制定制度，于是按照地域进行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人不在土断之列。很多流亡寄居的郡县，大多被合并撤销。任命刘裕兼任镇西将军、豫州刺史。刘裕坚决推辞太傅、扬州牧的职位和持剑卫士，奉还了黄钺。
七月，朱龄石平定蜀地，斩杀谯纵，把他的首级传送到建邺。
九月，晋帝因为刘裕平定齐地、击败卢循的功劳，封刘裕的次子刘义真为桂阳县公；并重申之前的任命，授予刘裕太傅、扬州牧，赐给羽葆、鼓吹，二十名持剑卫士。文武官员都劝说刘裕接受，刘裕最终接受了羽葆、鼓吹和持剑卫士，其余的职位坚决推辞。
义熙十年，刘裕让百姓休养生息，减轻徭役，修筑东府城，建造府衙官舍。
刘裕认为荆州刺史司马休之是皇室重臣，又深得江、汉地区百姓的民心，怀疑他有谋反的意图；而司马休之的儿子谯王刘义真在都城，招集游侠之士，刘裕把刘义真抓起来送回司马休之那里，让他自行处置。司马休之上表请求废黜刘义真的爵位，并写信向刘裕谢罪。
义熙十一年正月，刘裕逮捕司马休之的儿子司马文宝、哥哥的儿子司马文祖，一同赐死，亲自率领军队西征。再次被授予黄钺，兼任荆州刺史。任命中军将军刘道怜监管留府事务。司马休之上表为自己辩解，并列举刘裕的罪状。司马休之府中的录事参军韩延之很有才干，刘裕还没到达江陵，就暗中写信招降他。韩延之回信说：“承蒙你亲自率领军队，远道来到西边，整个荆州的官民，无不惶恐惊骇。收到你的书信，得知是因为谯王之前的事情，实在令人叹息。司马平西（司马休之）忧国忧民，忠贞不二，待人诚恳，因为你有匡复晋室的功劳，国家和百姓都依赖你，所以他推重你的德行，诚心相待，凡事都向你咨询请教。谯王之前因为小事被弹劾，尚且主动上表辞职；更何况犯了大错，怎么会沉默不语呢！你的来信说‘处事待人，各有缘由’。如今你讨伐别人的君主，用利益引诱他人，这才真是‘处事待人’的方式啊。刘藩死在皇宫门前，诸葛长人死于你的左右之手，你用甜言蜜语欺骗地方长官，然后用轻装部队袭击他们，最终使得席间没有诚心相待的士人，朝廷之外没有信任朝廷的诸侯，你却认为这是妙计，实在令人羞耻。我虽然鄙陋无能，但也曾听闻君子之道，凭借司马平西的高尚品德，怎么会没有为他效命的臣子呢？如果上天长久让战乱持续，天下浑浊不堪，我宁愿与臧洪一同赴死，也不会屈服于你。不再多说。”刘裕看完信后叹息不已，拿给将领们看，说：“侍奉主人就应该这样。”
三月，刘裕的军队驻扎在江陵。起初，雍州刺史鲁宗之依仗自己的力量，喜欢制造战乱，而且担心刘裕不能容纳他，常常编造谶语说：“鱼登日，辅帝室。”他与司马休之相互勾结。到这时，鲁宗之率领儿子竟陵太守鲁轨在江陵与司马休之会合。刘裕率军渡过长江，司马休之的军队溃败，司马休之与鲁轨等人逃往襄阳，江陵平定。刘裕加封兼任南蛮校尉。将要举行南蛮校尉的授职仪式时，遇到四废日，佐史郑鲜之等人劝说改日举行，刘裕没有同意。下令施行宽大的恩惠。四月，刘裕进军襄阳，司马休之等人逃往姚兴那里。晋帝再次重申之前的命令，授予刘裕太傅、扬州牧，允许他剑履上殿，入朝时不用小步快走，朝拜时不用直呼其名，赐给前部羽葆、鼓吹，设置左右长史、司马、从事中郎四人，封刘裕的第三子刘义隆为北彭城县公。八月甲子日，刘裕从江陵返回都城，奉还黄钺，坚决推辞太傅、州牧的职位和前部羽葆、鼓吹，接受了其余的任命。
义熙十二年正月，晋帝下诏让刘裕按照旧例自行征召官员，加封他兼任平北将军、兖州刺史，增加督管南秦州，总共督管二十二个州。刘裕认为平北将军府的文武官员太少，不宜单独设置，于是撤销平北府，将其并入太尉府。三月，加封刘裕为中外大都督。
起初，刘裕平定齐地后，就有平定关、洛地区的想法，后来遇到卢循进犯，只好搁置。等到荆、雍二州平定后，刘裕才谋划对外征战。恰逢姚兴去世，他的儿子姚泓刚刚即位，兄弟之间相互残杀，关中地区陷入混乱。四月乙丑日，刘裕上表请求讨伐关、洛地区，于是下令戒严，准备北伐，加封他兼任征西将军、司豫二州刺史。任命世子刘义符为徐、兖二州刺史。刘裕想要以正义的名声安抚远方的百姓，尊奉琅邪王司马德文北伐。五月，庐江霍山发生山崩，出土了六口钟，献给了天子。癸巳日，加封刘裕兼任北雍州刺史，赐给前后部羽葆、鼓吹，把持剑卫士增加到四十人。八月丁巳日，刘裕率领大军出发，任命世子刘义符为中军将军，监管太尉留府事务，尚书右仆射刘穆之为左仆射，兼任监军、中军二府的军司，进入东府居住，总领内外事务。九月，刘裕到达彭城，加封兼任北徐州刺史。十月，各路军队到达洛阳，包围金墉城，金墉城守军投降。修复晋朝的五座皇陵，设置守卫。
十二月壬申日，晋帝晋升刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十个郡为宋公，赐给九锡之礼，赐给玉玺绶带、远游冠、绿綟绶，地位在诸侯王之上。策书说：
我因寡德愚昧，继承皇位，奸贼趁机作乱，颠覆王室，我被迫流亡到南方，迁徙到九江。宗庙祭祀断绝，人神没有归宿，奸贼当道，我在江浦苟延残喘，我们祖宗的功业，几乎覆灭，晋朝七百年的国运，已经摇摇欲坠，就像在大海中航行，不知道该如何渡过难关。上天没有断绝晋朝的国运，诞生了你这样的英明辅臣，你整顿松弛的纲纪，重建天下，使濒临灭亡的晋朝得以延续，使昏乱的世道变得清明，你的巨大功勋和高尚品德，是我所依赖的。
如今将要授予你典策，你要恭敬地听从我的命令：过去，桓玄肆意篡逆，罪恶滔天，颠覆晋朝，扰乱朝纲，百官被迫屈服，四方百姓无人体恤。你忠心耿耿，气冲云霄，奋起武力，大败奸贼，收复京城，供奉神灵。这是你为王室效力的重大功绩。你率领各路将领，率军远征，讨伐峥嵘洲的贼寇，在南郢献上捷报，诛杀首恶，铲除所有叛逆，日月星辰重放光芒，国家恢复旧貌。这又是你的功劳。你出镇地方，入朝辅政，大力辅佐王室，增加财富，便利百姓，使人口逐年增多，疆域不断扩大，倡导德行，严明刑罚，四方边境安定。这又是你的功劳。鲜卑人凭借人多势众，侵占三齐地区，依仗偏远的地势，不断侵扰边境，你整顿军队，深入远方边境，四面围攻，攻克城池，开拓疆土三千里，在北方草原彰显威名。这又是你的功劳。卢循妖言惑众，在五岭地区伺机作乱，侵犯江、豫二州，战火逼近都城，朝廷商议迁都，百姓提议迁徙，你率军南下，大义凛然，运用奇谋大略，非凡的才智无人能及，奸贼走投无路，连夜逃窜，使我们的京城免于沦陷。这又是你的功劳。你率军追击逃敌，在长江边耀武扬威，分兵从海路进军，按时抵达番禺，取得番禺大捷，斩杀俘获数以万计的贼兵，左里之战，贼兵溃不成军，首恶分子逃往远方，首级被传送到万里之外。这又是你的功劳。刘毅叛乱，在西夏地区负隅顽抗，欺君罔上，肆意作恶，你依法惩治，很快就消灭了他，罪人被擒，荆、衡地区恢复安宁。这又是你的功劳。谯纵趁机作乱，占据蜀地一隅，王化受阻，三巴地区沦陷，你任命将领，授予妙计，率军渡江，抵达井络地区，诛杀叛逆，梁、岷地区望风归降。这又是你的功劳。司马休之、鲁宗之拥兵作乱，侵扰内地，率领两州军队，联合叛乱，你迅速出兵，制定妙计，江津的军队，势如风电，回师沔川，震慑叛乱分子，两个叛逆逃跑，荆、雍地区的百姓得以安居乐业。这又是你的功劳。永嘉年间以来，晋朝国力衰弱，四夷侵占中原，五都沦陷，皇陵受辱，祖宗心怀永世的愤恨，百姓怀有思念故国的忧愁，你远学阿衡关爱百姓的仁德，近学齐桓公灭亡仇敌的耻辱，整顿军队，大声宣告北伐，派遣将领，向北攻占司、兖二州，许、郑地区望风归降，巩、洛地区得以肃清，百年的战乱荒芜，一朝得以清除。这又是你的功劳。
你有安定天下的功勋，又有高尚的品德。你起初发迹时，谋略就超越古人，迅速击败强大的贼寇，锋芒无人能敌，安定东境，造福百姓。你在乱世中治理国家，教化百姓，使国家根基稳固。你废除繁琐苛刻的政令，使法令统一，淳朴的风气和美好的教化，遍布天下。因此远方的国家前来朝贡，异族前来归附，你的政令所到之处，天下都顺从。即便是大禹治水使教化遍及四方，咎繇注重德行，也比不上你。我听说古代帝王治理天下，奖赏功勋，尊崇贤才，分封诸侯，赏赐礼器，以此辅佐王室，使藩属永远强盛。因此曲阜得以开拓，鲁国得以发展，营丘濒临大海，齐国的疆域闻名天下。周襄王时，依靠晋文公匡扶霸业，赐给他丰厚的礼器。你的道德超越前代先贤，功勋震惊古今，却没有得到相应的奖赏，我深感不安！如今晋升你为相国，把徐州的彭城、沛、兰陵、下邳、淮阳、山阳、广陵，兖州的高平、鲁、泰山十个郡封给你，封你为宋公，赐给你黑色的土地，用白茅包裹，确定你的封国，建立宗庙社稷。过去晋、郑两国作为藩属，入朝担任卿士，周公、召公作为保傅，出镇二南地区，内外重任，你都担当起来。如今命令使持节、兼太尉、尚书左仆射晋宁县五等男湛授予你相国印绶、宋公玺绂，使持节、兼司空、散骑常侍、尚书阳遂乡侯泰授予你宋公茅土，金虎符第一至第五左，竹使符第一至第十左。相国地位尊崇，总领百官，礼仪超越朝廷百官，日常的名称，应该根据事情的变化而改变。任命你以相国的身份总领百揆，取消录尚书的称号；献上所授予的节、侍中貂蝉、中外都督太傅太尉印绶、豫章公印策；晋升扬州刺史为扬州牧，仍然保留你征西将军、司豫北徐雍四州刺史的职位。
你整顿纲纪礼仪，成为天下的典范，坚守正道，没有改变志向，因此赐给你大路、戎路各一辆，黑色的公马八匹；你重视农业，积累粮食，庄稼丰收，因此赐给你衮冕之服，红色的鞋子作为配套；你摒弃邪恶，接纳正义，移风易俗，使万物和谐，因此赐给你轩县之乐、六佾之舞；你宣扬帝王的教化，倡导美好的风气，华夏和异族都仰慕你，远方的人前来归附，因此赐给你朱户居住；你任用贤能，搜罗隐居的人才，使有才能的人充满朝廷，因此赐给你纳陛以便登殿；你位居中枢，以义率领下属，遏制寇仇，清除苛政，因此赐给你三百名虎贲卫士；你严明刑罚，体恤百姓，案件审理公正，对违抗命令、触犯纲纪的人，绝不放纵，因此赐给你鈇钺各一把；你英姿飒爽，威震天下，囊括四海，抵御外敌，因此赐给你彤弓一把、彤矢一百支，玈弓十把、玈矢一千支；你孝顺恭敬，虔诚祭祀，忠诚严肃的志向，成为四方的典范，因此赐给你秬鬯一卣，圭瓒作为配套。宋国设置丞相以下官员，全部依照旧有的礼仪。恭敬地接受任命，好好地回应上天的恩赐，体恤各个封国，恭敬地宣扬你的美德，以完成我高祖的美好使命！设置宋国的侍中、黄门侍郎、尚书左丞，跟随大使一同奉迎你。枹罕的虏人乞伏炽盘派遣使者拜见你，请求效力讨伐姚泓，任命他为平西将军、河南公。
义熙十三年正月，刘裕率领水军继续进军讨伐，留下彭城公刘义隆镇守彭城。军队驻扎在陈留城时，经过张良庙，刘裕下令按时修缮庙宇，并派人前往祭祀。晋帝追赠刘裕的祖父为太常，父亲为特进、左光禄大夫，刘裕推辞没有接受。二月，冠军将军檀道济等人的军队驻扎在潼关。三月庚辰日，刘裕率领大军进入黄河。五月，刘裕抵达洛阳，拜谒晋朝的五座皇陵。七月，军队到达陕县，龙骧将军王镇恶率领水军从黄河驶入渭水。八月，扶风太守沈田子在蓝田大败姚泓的军队，王镇恶攻克长安，擒获姚泓。早在义熙九年，岁星、镇星、荧惑星、太白星就聚集在东井星宿附近，到这时关中地区终于平定。九月，刘裕抵达长安。长安粮食丰收，府库充盈，刘裕先下令收集当地的礼器、浑仪、土圭、记里鼓、指南车以及秦始皇的玉玺，派人送往都城；其余的珍宝珠玉，全部赏赐给各位将帅。将姚氏宗族迁到江南，把姚泓押送到建康市斩首。刘裕还拜谒了汉长陵，在未央殿大规模宴请文武官员。
十月，晋帝下诏晋升刘裕的宋公爵位为王，增加十郡作为宋国的封地，加上之前的封地共二十郡。刘裕仍然担任相国、扬州牧、领征西将军、司豫北徐雍四州刺史。刘裕本想留在长安，谋划治理赵、魏地区，十一月，前将军刘穆之去世，他只好率军返回。十二月庚子日，刘裕从长安出发，任命桂阳公刘义真为雍州刺史，镇守长安，留下心腹将领辅佐他。
义熙十四年正月壬戌日，刘裕抵达彭城，解除戒严，让士兵休整。任命辅国将军刘遵考为并州刺史，兼任河东太守，镇守蒲阪。刘裕辞去司州刺史一职，兼任徐、冀二州刺史，坚决推辞晋升爵位。当时汉中成固县的汉水岸边传来如雷般的异响，不久后河岸崩塌，从地下挖出十二口铜钟。巩县人宗曜在自己的田里收获了一株九穗同茎的嘉禾，刘裕把它献给晋帝，晋帝又把嘉禾赏赐给了他，刘裕谦逊推辞，才没有接受。六月丁亥日，刘裕接受相国、宋公的九锡之命，下令赦免宋国内死罪以下的囚犯。下诏尊崇豫章太夫人为宋公太妃，世子刘义符为中军将军副职，相国府的百官设置全部依照朝廷制度。又下诏规定，除了宋国所封的十郡之外，刘裕有权任命其他地区的官员。在此之前，安西中兵参军沈田子杀死安西司马王镇恶，各位将领又杀死安西长史王修，关中地区陷入混乱。十月，刘裕派遣右将军朱龄石接替安西将军桂阳公刘义真担任雍州刺史。刘义真返回途中，被赫连勃勃率军追击，大败，仅自身逃脱，各位将帅和朱龄石全部阵亡。
十二月，晋安帝去世，大司马琅邪王司马德文即位。元熙元年正月，晋帝下诏征召刘裕入朝辅佐，又重申之前的命令，晋升刘裕的爵位为王，把徐州的海陵、北东海、北谯、北梁，豫州的新蔡，兖州的北陈留，司州的陈郡、汝南、颍川、荥阳十郡划归宋国，扩大宋国的封地。七月，刘裕才接受任命。赦免宋国内五岁刑以下的囚犯，把都城迁到寿阳。九月，辞去扬州刺史一职。十二月，晋帝下令允许刘裕使用十二旒的皇冠，建立天子的旌旗，出入时实行警戒清道，乘坐金根车，用六匹马牵引，配备五时副车，设置旄头、云罕等仪仗，乐舞采用八佾之舞，设置钟虡宫县等礼乐设施。晋升王太妃为太后，王妃为王后，世子为太子，王子、王孙的爵位封号，全部依照旧有礼仪。元熙二年正月，刘裕上表推辞这些特殊礼遇。竟陵郡的长江岸边自行裂开，露出十多件古代铜礼器，刘裕把它们献给晋帝，晋帝推辞不接受，于是刘裕把这些祥瑞之物收藏在相国府。四月，晋帝下诏派遣使者敦促刘裕入朝，同时征召他辅佐朝政。六月壬戌日，刘裕抵达都城。甲寅日，晋帝禅位于刘裕。有关部门起草好禅位诏书后，请求晋帝书写，晋帝当即拿起笔，对身边的人说：“桓玄叛乱时，天命已经改变，全靠刘公延续晋朝国运，将近二十年。如今禅位之事，我本就心甘情愿。”甲子日，晋帝派遣使者奉送禅位策书，策书说：
告知宋王：远古开创之世，遥远难寻，详细情况已无从知晓。自从有文字记载以来，直到三皇五帝时期，没有哪位圣贤不是以大道统治天下，停止战乱，奠定大业。帝王是统治万物的公共之主，君道是天下最公正的准则。古代的圣王深刻领悟这一道理，因此当天命终结时，唐尧、虞舜没有把天下传给自己的子孙；当祥瑞征兆出现时，虞舜、夏禹也没有固守谦让之节。他们之所以这样做，是为了治理天、地、人三才，整顿社会秩序，为后世树立典范，留下千古传颂的风尚，没有比这更重要的了。从此以后，历代帝王的德行更加光明。汉朝继承唐尧的德业，魏国追随虞舜的足迹，他们都是顺应人神的意愿，以百姓的利益为根本。
过去我们的祖宗英明睿智，居于帝王之位，但光明与晦暗交替，兴盛与衰败有定数。从谋划消灭商朝以来，灾祸就已埋下伏笔，并非一代之过，前代君主未能平定祸乱，何况到了如今，上天要废除晋朝，自有其缘由。宋王你具备上圣的资质，拥有天地般的德行，英明如同日月，道义契合四时。当国家将要倾覆时，你拯救了它；当中原荒芜破败时，你恢复了它。对于那些顽固不化、违抗天命、肆意作乱、割据一方的势力，你无不以雷霆之势加以讨伐。你推行九伐之法，整顿八法之治，不仅广泛救济百姓，更是让道义遍布四海，德行传遍八方。上天呈现祥瑞征兆，四灵显现吉兆，图谶中的预言已经明确，人神的期望已经改变，百官在朝廷歌颂你的功德，百姓在民间赞颂你的仁政，亿万民众欢欣鼓舞，期盼新朝的到来。如果不是百姓自愿拥戴，天命所归，我怎么敢独自决定禅位之事。因此我恭敬地顺应上天的旨意，听从群臣的建议，将皇位禅让给你。晋朝的国运已经终结，上天赐予的福禄永远终止。啊！宋王你要坚守中正之道，恭敬地遵循古代典训，不辜负天下百姓的殷切期望，将大业发扬光大，永远传承下去，顺应上天的庇佑，回应天、地、人三灵的眷顾。同时派遣使持节、兼太保、散骑常侍、光禄大夫谢澹，兼太尉、尚书刘宣范奉送玺书，献上皇帝的玉玺绶带，禅位的礼仪，完全依照唐尧、虞舜、汉、魏的旧例。刘裕上表推辞禅位，此时晋帝已经退居到琅邪王府第，表章没有送达。于是陈留王曹虔嗣等二百七十人和宋台的群臣一同上表劝进，刘裕仍然没有同意。太史令骆达陈述天文符应说：“从晋义熙元年到元熙元年，太白星白天横穿天空共七次，占卜说：‘太白经天，更换君主，异姓兴起。’义熙七年，东方出现五条彩虹，占卜说：‘五虹显现，天子被废，圣人出世。’义熙九年，镇星、岁星、太白星、荧惑星聚集在东井星宿。义熙十三年，镇星进入太微星宿，占卜说：‘镇星驻守太微，有新王即位，有旧王迁徙。’元熙元年冬天，黑龙四次出现在天空，《易传》说：‘冬天出现龙，天子失去社稷，有伟人接受天命。’冀州的僧人释法称告诉弟子说：‘嵩山之神说，江东有位刘将军，是汉朝皇室的后裔，将要接受天命，我把三十二块玉璧、一块镇金送给了他，这是刘氏统治天下的年数。’汉朝从建武年间到建安末年，历经一百九十六年禅位于魏；魏国从黄初年间到咸熙末年，历经四十六年禅位于晋；晋朝从泰始年间到如今，历经一百五十六年，三代禅让，都在第六代终结。另外，汉光武帝在南阳建立社稷，汉朝末年社树枯死，刘备在蜀地建立蜀汉，社树重新发芽；到晋朝末年，社树的老根开始萌发，如今已经枝繁叶茂。”类似这样的天文符应有数十条。群臣再次坚决请求刘裕即位，他才答应。
永初元年夏六月丁卯日，刘裕在南郊即位称帝，设置祭坛，举行柴燎仪式，祭告上天说：
皇帝臣刘裕，敢用黑色的公牛作为祭品，恭敬地昭告皇天后土：
晋朝的统治已经终结，天命归于我刘裕。设立君主统治天下，本是天下为公之事，只有德行完备的人才能成为帝王，才能得到百姓的拥戴。从唐尧、虞舜，到汉、魏时期，没有哪位圣贤不是凭借高尚的德行和巨大的功勋登上皇位，因此能够拯救百姓，留下无穷的教化。晋朝自从东迁以来，纲纪败坏，依赖辅政大臣支撑局面，已经很久了。隆安年间遭遇战乱，元兴年间灾祸加剧，最终导致皇帝流亡，宗庙祭祀断绝。我刘裕虽然没有齐、晋那样的广阔土地，没有强大的军队，但怀着对时局的愤慨，怜悯百姓的苦难，毅然起兵，恢复了晋朝的宗庙祭祀。在国家危难时能够坚守，在王朝倾覆时能够扶持，铲除了奸邪之徒，消灭了僭伪政权，这实在是因为兴衰有定数，否极泰来。我为晋朝立下巨大功勋，拨乱反正，顺应时势，承担起重任。加上偏远地区的异族仰慕道义，派使者前来朝贡，凡是接受晋朝正朔的地区，都服从我的教化。上天呈现祥瑞，山川显现吉兆，人神同心，祥瑞之事日益增多。因此文武百官、亿万百姓都说：“上天降下明察，晋朝表达诚意，天命不能长久拖延，皇位不能暂时空缺。”于是我迫于群臣的请求，恭敬地举行即位大礼。我以微薄的德行，登上万民之上的皇位，虽然敬畏上天的威严，对一些小节有所忽略，但内心深处始终惶恐不安。恭敬地选择吉日，登上祭坛接受禅位，祭告上天，报答天下百姓的厚爱，希望能够永远保住宋朝的国运。恳请神明接受我的祭祀！仪式结束后，刘裕乘坐法驾前往建康宫，亲临太极前殿，大赦天下，改元永初。赐给百姓爵位二级。对鳏寡孤独无法维持生计的人，每人赐谷五斛，免除拖欠的租税和债务。那些因触犯乡论清议、贪污盗窃等罪行被定罪的人，全部赦免，清除罪名，给予改过自新的机会。长期流放的囚犯，特别赦免放回。被罢官夺爵、禁锢不得为官的人，全部按照旧例恢复待遇。封晋帝为零陵王，享有一郡的封地，允许使用天子的旌旗，乘坐五时副车，实行晋朝的历法，祭祀天地的礼仪和礼乐制度，全部沿用晋朝的规定，上书时不用称表，回复时不用称诏，在旧秣陵建立宫殿居住。追尊父亲为孝穆皇帝，母亲为穆皇后，尊奉王太后为皇太后。下诏说：“当年大禹治水的功绩，让后代子孙深深感念；人们怀念爱护自己的人，尚且不砍伐他们亲手栽种的树木。即使是不同的朝代，道义上也不应断绝祭祀，祭祀的礼仪等级，完全依照旧例。可将始兴公降为县公，庐陵公降为柴桑县公，始安公降为荔浦县侯，长沙公降为醴陵县侯，康乐公降为县侯，让他们分别供奉王导、谢安、温峤、陶侃、谢玄的祭祀。那些在义熙年间为朝廷效力的人，全部保持原来的官职品级。”
庚午日，任命司空刘道怜为太尉，封为长沙王，立南郡公刘义庆为临川王。又下诏制定战死将士的追赠和奖赏条例。乙亥日，封皇子桂阳公刘义真为庐陵王，彭城公刘义隆为宜都王，刘义康为彭城王。丁丑日，派遣使者巡视四方，表彰贤能，举荐善良之人，慰问百姓的疾苦，对监狱诉讼不公、政令刑罚不当、损害教化扰乱风俗、百姓不满的事情，全部上报朝廷。戊寅日，下诏增加百官的俸禄。己卯日，将晋朝的泰始历改为永初历，规定以子月为社日，辰月为腊日。
秋七月丁亥日，赦免被关押在台府中的劫贼残余党羽，允许流亡迁徙的人家返回故乡。又因为市场赋税繁重，适当减免。对跟随征伐关、洛地区而牺牲的将士家属，给予抚恤赏赐。己丑日，陈留王曹虔嗣去世。辛卯日，恢复五校三将的官职，增加殿中将军名额二十人，其余作为员外官。戊戌日，晋升征西大将军、开府仪同三司杨盛为车骑大将军。甲辰日，晋升镇西将军李歆为征西大将军，平西将军乞伏炽盘为安西大将军，征东将军高句丽王高琏为征东大将军，镇东将军百济王扶馀映为镇东大将军。设置东宫冗从仆射、旅贲中郎将官职。戊申日，将祖先的神主迁到太庙，刘裕亲自奉送。壬子日，下诏改革临时制度，一切从宽从简。
八月辛酉日，下诏废除所有以“北”为名的旧郡县，在南方侨居设立的郡县，允许以“南”为名。戊辰日，下诏说：“彭城是我的故乡，重视根本应当隆重，应当像丰县、沛县那样受到优待。沛郡、下邳郡各自免除三十年的租布。”辛未日，追谥妃子臧氏为敬皇后，陵墓名为永宁陵。癸酉日，立王太子刘义符为皇太子。乙亥日，赦免正在服刑的囚犯。闰月壬午日，设置晋帝各座皇陵的守卫，对名贤先哲的陵墓，详细加以洒扫。丁酉日，林邑国派遣使者前来朝贡。
九月壬子日，设置东宫殿中将军十人，员外二十人。壬申日，设置都官尚书一职。
这一年，是北魏明元皇帝泰常五年，西凉灭亡。
永初二年春正月辛酉日，刘裕在南郊祭祀，大赦天下。丙寅日，禁止使用金银装饰器物。任命扬州刺史庐陵王刘义真为司徒，尚书仆射徐羡之为尚书令、扬州刺史。己卯日，禁止在丧事活动中使用铜钉。撤销会稽郡府。
二月己丑日，在延贤堂对各州郡举荐的秀才、孝廉进行策试。倭国派遣使者前来朝贡。三月乙丑日，首次规定荆州府设置将领不得超过二千人，官吏不得超过一万人；各州设置将领不得超过五百人，官吏不得超过五千人；士兵不在此限制之内。夏四月己卯日，首次禁止不合礼制的祭祀，废除各种私人祠堂。那些因功勋德行建立的先贤祠堂，不在此例。戊申日，刘裕在华林园审理诉讼案件。
五月己酉日，设置东宫屯骑、步兵、翊军三校尉官职。
秋七月己巳日，发生地震。
九月己丑日，零陵王司马德文去世，这是宋朝的记载。刘裕率领百官在朝堂哀悼三天，依照魏明帝为山阳公服丧的旧例。派遣兼太尉持节护送丧事，用晋朝的礼仪安葬。冬十月己亥日，任命凉州胡人头领大沮渠蒙逊为镇军大将军、开府仪同三司、凉州刺史。
十一月辛亥日，将晋恭皇帝安葬在冲平陵，刘裕率领百官前往送葬。永初三年春正月甲辰朔日，下诏赦免所有罪犯，无论刑罚轻重。癸丑日，任命尚书令、扬州刺史徐羡之为司空、录尚书事，仍然兼任扬州刺史。晋升江州刺史王弘为卫将军、开府仪同三司。任命太子詹事傅亮为尚书仆射。二月丙戌日，有彗星出现在虚、危星宿附近。
三月，刘裕生病，太尉长沙王刘道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济一同入宫侍奉医药。群臣请求祈祷神明，刘裕没有同意，只派侍中谢方明将病情告知宗庙。丁未日，任命庐陵王刘义真为侍中、车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史。己未日，刘裕的病情好转，大赦天下。
夏四月乙亥日，封仇池公杨盛为武都郡王。
五月，刘裕的病情加重，召见太子刘义符，告诫他说：“檀道济虽然有才干谋略，但没有远大的志向，不像他的哥哥檀韶有难以驾驭的气势。徐羡之、傅亮应该不会有谋反的图谋。谢晦多次跟随我征伐，很懂得随机应变，如果将来有人谋反，一定是他。如果他谋反，可以把他安置在会稽、江州任职。”又亲手写下诏书：“朝廷不需要再设立其他府署，宰相兼任扬州刺史，可以设置一千名卫兵。如果大臣中担任重要职务的人，需要有亲信随从防备不测，可以从台府的留守部队中调配。有征伐之事时，全部调配台府的军队，战事结束后归还。后代如果有年幼的君主，朝廷政事全部委托给宰相，太后不必临朝听政。兵器不许带入台殿门，重要官员可以酌情配备持剑卫士。”癸亥日，刘裕在西殿去世，时年六十岁。七月己酉日，安葬在丹阳建康县蒋山的初宁陵。群臣上谥号为武皇帝，庙号高祖。刘裕生活节俭，清心寡欲，严肃而有法度，从不看重珠玉车马等珍宝，后宫中没有奢华的丝织品和靡靡之音。起初，朝廷没有完备的音乐，长史殷仲文建议设置，刘裕说：“每天都忙不过来，而且我也不懂音乐。”殷仲文说：“多听自然就懂了。”刘裕说：“正是因为懂了就会喜欢，所以我才不学。”宁州曾经献上一个虎魄枕，光彩艳丽，价值百金。当时刘裕将要北伐，虎魄可以治疗外伤，他非常高兴，下令把虎魄枕打碎，分给各位将领。平定关中后，得到姚兴的堂妹，对她十分宠爱，因此荒废了政事，谢晦劝谏后，他立即把姚兴的堂妹遣送出去。财物布帛都存放在外府，内宫没有私人收藏。宋台建立后，有关部门上奏请求在东西堂设置局脚床，用金涂钉装饰，刘裕没有同意，下令使用直脚床，用铁钉。广州曾经献上筒装细布，一端有八丈长，刘裕厌恶它过于精美，耗费民力，当即交给有关部门弹劾广州太守，把细布退还，并下令岭南禁止制作这种布。刘裕一直患有热病，加上常年征战留下的外伤，晚年病情更加严重，坐卧常常需要凉爽的物品，后来有人献上一张石床，他睡在上面感觉非常舒适，于是感叹说：“木床已经很耗费了，更何况石床呢。”当即下令把石床毁掉。规定公主出嫁，陪嫁财物不超过二十万，不准有锦绣金玉等贵重物品。朝廷内外都遵守禁令，没有人不崇尚节俭。刘裕性格十分随和，曾经穿着连齿木屐，喜欢出宫到神武门附近散步，随从不过十几人。当时徐羡之住在西州，刘裕曾经想念他，就步行走出西掖门，仪仗队随后赶来时，他已经走出西明门了。儿子们早上前来问候起居，进入内室后脱下官服，只穿裙帽，如同普通人家的父子礼仪。
刘裕微贱时曾在丹徒亲自耕种，即位后，那些农具还有很多保存下来，他下令全部收藏，留给后代。等到文帝驾临旧宫，看到这些农具询问情况，身边的人如实回答，文帝面露惭愧之色。有近侍进言说：“大舜在历山亲自耕种，大禹亲自治理水土，陛下不看到列位圣贤的遗物，怎么能知道耕种的艰难，怎么能知道先帝的高尚品德呢。”到孝武大明年间，拆毁刘裕生前居住的阴室，在那里建造玉烛殿，孝武和群臣一同前往观看，看到床头有土障，墙上挂着葛灯笼、麻绳拂尘，侍中袁顗极力称赞刘裕的节俭美德，孝武没有回答，只说：“一个乡下佬能有这些，已经过分了。”刘裕因此能够拥有天下，成就大业，实在是太伟大了！
少帝刘义符，小字车兵，是武帝刘裕的长子。母亲是张夫人，晋义熙二年，在京口生下刘义符。当时武帝已经年过四十，还没有儿子，刘义符的出生让他非常高兴。十岁时，被封为豫章公世子。刘义符力气过人，擅长骑射，通晓音律。宋台建立后，被封为宋世子。元熙元年，晋升为宋太子。武帝接受禅位后，立他为皇太子。
永初三年五月癸亥日，武帝去世，当天太子刘义符即位称帝，大赦天下，为武帝服丧三年，尊奉皇太后为太皇太后。
六月壬申日，任命尚书仆射傅亮为中书监、尚书令，司空徐羡之、领军将军谢晦和傅亮共同辅政。戊子日，太尉长沙王刘道怜去世。秋九月丁未日，有关部门上奏请求让武皇帝配祭南郊，武敬皇后配祭北郊。冬十一月戊午日，有彗星出现在营室星宿附近。
十二月庚戌日，北魏军队攻克滑台。
景平元年春正月己亥朔日，大赦天下，改元景平，文武官员赐位二等。辛丑日，在南郊祭祀。北魏军队攻打金墉城。癸卯日，河南郡失守。乙卯日，有彗星出现在东壁星宿附近。
二月丁丑日，太皇太后去世。镇军大将军大沮渠蒙逊、河南鲜卑吐谷浑阿豺都派遣使者前来朝贡。庚辰日，晋升大沮渠蒙逊为骠骑大将军，封为河西王。任命阿豺为安西将军、沙州刺史，封为浇河公。
三月壬寅日，孝懿皇后祔葬于兴宁陵。这个月，高丽国派遣使者前来朝贡。
夏闰四月己未日，北魏军队攻克虎牢。
秋七月癸酉日，尊奉生母张夫人为皇太后。丁丑日，赦免五岁刑以下的囚犯。
冬十月己未日，有彗星出现在氐星宿附近。
这一年，北魏明元皇帝去世。
景平二年春二月癸巳朔日，发生日食。废黜南豫州刺史庐陵王刘义真为庶人，迁徙到新安郡。乙巳日，刮起大风，天空出现五色云彩，占卜的人认为这是将有战乱的征兆。执政大臣派遣使者在新安郡诛杀皇弟刘义真。高丽国派遣使者前来朝贡。当时少帝的所作所为多有过失。
夏五月乙酉日，皇太后下令揭露少帝的过错，废黜他为营阳王，完全依照汉昌邑王、晋海西公的旧例。奉迎镇西将军宜都王刘义隆入宫继承皇位。
起初，徐羡之、傅亮准备废黜少帝，暗示王弘、檀道济前来奔丧，王弘等人到达都城后，任命中书舍人邢安泰、潘盛为内应。当天早上，檀道济、谢晦率领军队在前，徐羡之等人随后，趁着东掖门打开，从云龙门进入宫中，潘盛等人事先告诫宿卫士兵，没有人抵抗。当时少帝在华林园设置集市，亲自卖东西，又开掘沟渠，堆积泥土，模仿破冈埭的样子，和身边的人拉着船唱歌呼喊，以此为乐。晚上游览天泉池，在龙舟上睡觉。第二天早上还没有起床，士兵就进入宫中，杀死少帝身边的两个侍从，划伤了少帝的手指，把他扶出东阁，收缴了玉玺绶带。群臣跪拜辞别，把他送往东宫，随后幽禁在吴郡。当天，赦免死罪以下的囚犯。皇太后下令奉还玉玺绶带，檀道济入宫守卫朝堂。六月癸丑日，徐羡之等人派遣中书舍人邢安泰在金昌亭弑杀少帝。少帝有勇力，没有立即被制服，突围逃出昌门，追兵用城门门闩把他击倒，导致他死亡，时年十九岁。
评论说：晋朝自从南迁以来，纲纪松弛紊乱，朝廷大权交替掌握在辅政大臣手中，君主的名分虽然存在，但权威早已丧失。桓温雄才盖世，功勋卓著，篡夺皇位的基业已经奠定，天下百姓的期望将要改变。从此以后，帝王之道更加昏暗，司马道子开启祸端，司马元显加剧灾祸。桓玄趁机崛起，凭借先辈的根基，篡夺皇位，当时人们并没有异议。宋武帝刘裕没有齐、晋那样的雄厚实力，没有强大的军队，却在不到十天的时间里，铲除奸凶，平定暴乱，对内诛杀叛逆，对外肃清敌寇，功勋卓著，震撼上下。至于百姓自愿拥戴，歌颂赞扬，相比魏、晋时期，可以说是名实相符。然而宋武帝即将步入晚年时，年幼的子嗣才刚刚成长，他虽然心怀慈爱，却没有对子嗣进行严格的教诲。少帝本性容易受到不良影响，资质平庸，外界的善恶不能影响他的内心，欲望必定得到满足，阴险放纵的品性与生俱来，危亡的结局也就不可避免，他落到颠沛流离的境地，并非不幸。实在令人悲哀啊！
宋高祖武皇帝名叫刘裕，字德舆，小字寄奴，是彭城县绥舆里人，姓刘，乃汉朝楚元王刘交的二十一世孙。彭城曾是楚国的都城，所以他的先祖就在这里安家。晋朝皇室东迁后，刘氏家族移居到晋陵丹徒的京口里。他的祖父刘靖，曾任晋朝的东安太守；父亲刘翘，字显宗，担任过郡里的功曹。刘裕于晋哀帝兴宁元年癸亥年三月壬寅日夜间出生，出生时神光照亮整个房间，当晚还有甘露降落在他家祖坟的树上。等他长大成人，身形魁梧，胸怀大志，身高七尺六寸，体态不凡，不拘泥于小节，却因侍奉继母十分孝顺而闻名乡里。
刘裕曾游览京口的竹林寺，独自躺在讲堂前休息，当时有五彩的龙形云气出现在他上方，寺里的僧人看到后，惊慌地把这件事告诉了他，他却只是高兴地说：“师父别乱说。”他父亲的坟墓在丹徒的候山，这个地方就是秦朝史书上所说的曲阿、丹徒之间有天子气的地方。当时有个叫孔恭的人，擅长通过墓地占卜吉凶，刘裕曾和他一同经过父亲的墓地，故意骗他说：“这座坟墓怎么样？”孔恭回答：“这可不是普通的地方。”刘裕从此更加自负。他出行时，常常感觉有两条小龙附着在自己身边，在山野间砍柴捕鱼时，同伴们有时也能看到。等他显贵之后，那龙的形态就变得更大了。
刘裕早年家境贫寒，当时没多少人能看出他的非凡之处，只有琅邪人王谧格外敬重他。他曾经欠刁逵三万钱的社钱，过了很久都无力偿还，被刁逵抓了起来，王谧暗中用自己的钱替他还清了债务，他才得以脱身。后来他在新洲割荻草，遇到一条几丈长的大蛇，他搭箭射去，射中了大蛇。第二天他又来到新洲，听到草丛里有杵臼捣药的声音，走近一看，只见几个穿青衣的童子在榛树丛中捣药。他问童子们缘由，童子们回答：“我们的大王被刘寄奴射伤了，我们在捣药给他敷治。”刘裕说：“你们大王有神力，为什么不杀了我？”童子们答道：“刘寄奴是有帝王命的人，不会死，不能杀。”刘裕大声呵斥，童子们纷纷散去，他便收起捣好的药回来了。还有一次，他在邳县的旅店住宿，遇到一位僧人，僧人对他说：“江南地区将会发生战乱，能平定战乱的，大概就是你吧。”刘裕之前手上有伤，多年都没痊愈，僧人拿出一种黄色的药粉，留给了他，随后便突然不见了。刘裕用这种黄粉敷在伤口上，伤口一下就愈合了。他把剩下的黄粉和从童子那里得到的药都珍藏起来，后来每次遇到外伤，用这些药涂抹都很有效。
刘裕起初担任冠军将军孙无终的司马。晋朝隆安三年十一月，妖贼孙恩在会稽发动叛乱，朝廷派遣卫将军谢琰、前将军刘牢之前往征讨。刘牢之请求让刘裕参与府中军事，派他和几十人去侦察贼军动向，结果遇到几千名贼兵，刘裕当即率军与贼兵交战，他带去的人大多战死，但他挥舞长刀奋勇杀敌，杀伤了很多贼兵。刘牢之的儿子刘敬宣担心刘裕被贼兵围困，便率领轻骑兵前去寻找；不久后大批骑兵赶到，一同平定了山阴，孙恩逃到了海上。
隆安四年五月，孙恩再次攻入会稽，杀死了谢琰。十一月，刘牢之再次率军东征，派刘裕驻守句章。句章城小、兵力薄弱，刘裕每次作战都冲锋陷阵，贼兵被迫退回浃口。当时东征的各位将领，手下的士兵都肆意抢劫，百姓深受其苦，只有刘裕的军队从不侵扰百姓。
隆安五年春天，孙恩多次攻打句章，都被刘裕击败，孙恩再次逃入海中。三月，孙恩从海上向北进攻海盐，刘裕在旧海盐城修筑防御工事，贼兵每天都来攻城。城内兵力稀少，刘裕挑选敢死队员击退了贼兵。虽然接连取胜，但刘裕深知敌我兵力悬殊，于是一天夜里，他下令收起旗帜，故意示弱，等到贼兵放松警惕后，突然发起猛攻，大败贼军。孙恩知道无法攻克海盐城，便率军向沪渎进军，刘裕放弃海盐城率军追击。海盐县令鲍陋派儿子鲍嗣之率领一千名吴地士兵作为先锋，刘裕认为吴地士兵不熟悉作战，命令他们在后面跟进，鲍嗣之不听。当晚刘裕设下多处伏兵，又布置了很多旗帜战鼓。第二天交战时，伏兵突然杀出，贼兵败退，鲍嗣之追击贼兵，陷入重围战死。刘裕边战边退，手下士兵死伤殆尽，最终退到一个地方坚守，让身边的人脱下死人的衣服晾晒，装作从容不迫的样子。贼兵怀疑还有伏兵，便率军撤离了。六月，孙恩从海上率军抵达丹徒，刘裕日夜兼程，与贼兵同时赶到，奋勇出击，大败孙恩。孙恩率军到达建邺，得知朝廷早有防备，便逃往郁洲。八月，晋帝任命刘裕为下邳太守。刘裕又追击孙恩到郁洲和海盐，多次击败贼军。孙恩的军队从此陷入饥荒，只好逃往临海。
元兴元年，荆州刺史桓玄率军东下，骠骑将军司马元显派刘牢之率军抵御，刘裕再次参与刘牢之的军事行动。桓玄的军队赶到后，刘裕请求主动出击，刘牢之没有同意，反而派儿子刘敬宣前往桓玄营中求和。刘裕和东海人何无忌极力劝阻，刘牢之不听。桓玄攻克建邺后，任命刘牢之为会稽内史。刘牢之十分恐惧，召集刘裕到广陵起兵反抗桓玄，刘裕说：“人心已经背离你了，广陵又怎么能守得住呢？”刘牢之最终在新洲上吊自杀。何无忌问刘裕：“我该去哪里呢？”刘裕回答：“可以跟我回京口。桓玄如果能坚守臣节，我们就侍奉他；如果不能，我们就想办法对付他。”
桓玄的堂兄桓修以抚军将军的身份镇守丹徒，任命刘裕为中兵参军。孙恩战败后，害怕被擒，便在临海投水自杀，残余部众推举孙恩的妹夫卢循为首领。桓玄又派刘裕东征卢循。
元兴二年，卢循逃往永嘉，刘裕追击并击败了他。六月，朝廷加封刘裕为彭城内史。
十二月，桓玄篡夺皇位，把晋帝迁到寻阳。桓修入朝拜见桓玄，刘裕跟随他一同前往建邺。桓玄见到刘裕后，对司徒王谧说：“昨天见到刘裕，他的体态气质非同常人，真是人中豪杰。”每次宴饮聚会，桓玄都对刘裕赏赐丰厚。桓玄的妻子刘氏，是尚书令刘耽的女儿，聪慧且有识人之明，她见过刘裕后，对桓玄说：“刘裕走路如龙似虎，神态不凡，恐怕不会长久屈居人下，应该尽早除掉他。”桓玄说：“我正要平定中原，除了刘裕没人能胜任，等平定关、陇地区后，再商议这件事。”
不久后桓修返回京口，刘裕借口伤口复发，无法步行跟随，便与何无忌同船返回京口，暗中谋划恢复晋室的大计。他联合弟弟刘道规、沛国人刘毅、平昌人孟昶、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长人、太原人王元德、陇西人辛扈兴、东莞人童厚之等人，一同制定起义计划。当时桓修的弟弟桓弘担任青州刺史，镇守广陵，刘道规是桓弘的中兵参军，孟昶是青州主簿，刘裕便让刘毅前往孟昶那里，商议一同袭击桓弘。诸葛长人担任豫州刺史刁逵的左军府参军，计划占据历阳作为响应；王元德、童厚之则在建邺谋划攻打桓玄，约定好日期同时行动。
元兴三年二月乙卯日，刘裕借口打猎，与何无忌、魏咏之、檀凭之、刘毅的堂弟刘藩、檀凭之的侄子檀韶、檀祗、檀隆、檀道济、孟昶的族弟孟怀玉等人，聚集了二十七名起义骨干，愿意跟随他们的有一百多人。丙辰日，城门一开，何无忌等起义军将士身穿传达诏书的服饰，谎称有诏书在前引路，起义军一同冲入城内大喊，守城的官吏士兵惊慌溃散，当即斩杀桓修示众。刘裕哭得十分悲痛，对桓修的家属给予了丰厚的抚恤。孟昶劝说桓弘当天外出打猎，天还没亮，桓弘就打开城门让打猎的人出城，孟昶、刘道规、刘毅等人率领五六十名壮士，趁机冲入城中。当时桓弘正在喝粥，被当场斩杀，随后他们召集部众渡过长江。
起义军刚刚攻克京口，桓修的司马刁弘率领文武官吏前来救援，刘裕登上城楼对他们说：“郭江州已经在寻阳拥戴皇帝复位，我们都接到秘密诏书诛杀叛逆党羽，如今桓玄的首级很快就要悬挂在大航示众了。你们难道不是大晋的臣子吗？”刁弘等人相信了刘裕的话，率军撤退。刘毅赶到后，刘裕下令诛杀刁弘等人。
刘毅的哥哥刘迈之前留在建邺，起义计划发动前几天，刘裕派同谋周安穆前去通报，让他作为内应。刘迈十分害怕，周安穆担心事情泄露，急忙返回京口。当时桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈便乘船准备前往赴任。当天夜里，桓玄写信给刘迈：“北府的人心怎么样？你最近见到刘裕，他说了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了起义计划，第二天一早就把事情告诉了桓玄。桓玄大惊，封刘迈为重安侯，又因为他没有抓住周安穆而将他杀害，同时诛杀了王元德、辛扈兴、童厚之等人。随后桓玄派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷向北抵御起义军。
在此之前，刘裕曾拜访游击将军何澹之，何澹之的手下看到刘裕房间里充满光曜，告诉了何澹之，何澹之又告诉了桓玄，桓玄却没有放在心上。等到听说起义军起兵，桓玄才十分恐惧。有人说：“刘裕等人兵力薄弱，陛下何必如此担忧？”桓玄说：“刘裕堪称一代枭雄，刘毅家里连一石粮食都没有，却敢在赌博中一掷百万，何无忌是刘牢之的外甥，做事风格和他舅舅十分相似，他们一同举事，怎么会不成功呢？”当时大家推举刘裕为盟主，任命孟昶为长史，总领后方事务，檀凭之为司马，愿意跟随起义的百姓有一千多人。军队驻扎在竹里，向都城发布檄文：
成功与失败互为因果，世事不会永远太平，奸邪之人肆意作恶，或许会遇到圣明之人平定祸乱。自从我们大晋建立以来，多次遭遇厄运，隆安年间以后，皇室多灾多难，忠贞贤良之人被奸人残害，忠臣义士死于虎口。逆臣桓玄胆敢肆意妄为，在荆郢地区拥兵自重，在都城作恶施暴，上天没有忘记战乱之苦，桓玄的势力十分庞大，短短一年之间，就颠覆了晋朝的皇位。皇帝被迫流亡，居于不该居的地方，皇权受到侮辱，皇家宗庙被毁坏，即便是夏朝君主遭遇寒浞、浇的迫害，汉朝遭遇王莽、董卓的祸乱，也比不上如今的惨状。自从桓玄篡逆以来，多年遭受大旱，百姓无法生存，士人和百姓疲于赋税徭役，文武官员苦于修筑工事，家庭离散，父子分离，哪里只是《诗经·大东》中所说的百姓无衣无食的悲痛，《诗经·摽有梅》中所说的女子求嫁无门的哀怨呢！仰观天象，俯察人事，这样的世道如果还能存续，那还有什么世道会灭亡呢！凡是有良知的人，谁不愤慨不已。这就是我们之所以痛心疾首、日夜难安的原因。
因此我们日夜操劳，寻访并奖赏忠烈之士，在艰难险阻中暗中谋划，比踩在老虎身上还要危险，抓住时机奋起反抗，为了大义不顾自身安危。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧参军刘藩、振威将军檀凭之等人，忠诚刚烈，情谊深厚，精诚感天，手持兵器等待起兵，立志为国捐躯。益州刺史毛璩，远在万里之外却与我们同心协力，平定荆楚地区。江州刺史郭昶之迎接皇帝，在寻阳建立行宫。镇北参军王元德等人率领部众，坚守石头城。扬武将军诸葛长人召集义士，已经占据历阳。征虏参军庾赜之等人暗中相互联结，作为内应。各方力量同心协力，起义军纷纷崛起，当天就斩杀了伪徐州刺史安成王桓修、青州刺史桓弘。起义军聚集之后，文武官员争相建功，都认为没有统一的指挥，事情就无法成功。我刘裕推辞不得，于是总领军事要务，希望上靠祖宗的神灵，下靠义士的气节，消灭叛逆，肃清京城。各位公侯贵族，有的世代忠贞，有的身受皇恩，却都被迫屈服于奸邪小人之下，无法为国效力，回望大道，难道不令人悲痛吗！如今正是起兵建功的好时机。我刘裕才能浅薄，比不上古人，在国家衰败之际接受重任，在朝代更替之时承接局势，忠诚之心尚未完全展现，心中感慨激昂。仰望天空寄托深远的情怀，眺望山川更添期盼之情，发布檄文之日，心神早已驰往贼寇的巢穴。
三月戊午日，刘裕的军队在江乘遭遇吴甫之，刘裕亲自手持长刀，大声呐喊，当即斩杀吴甫之。军队进军到罗落桥，遇到皇甫敷，檀凭之战败身亡，士兵们败退，刘裕却越战越勇，又斩杀了皇甫敷。起初，刘裕谋划起义时，有个相面的人说刘裕和何无忌等人近期会大贵，只说檀凭之没有富贵之相。如今檀凭之战死，刘裕知道起义大事必定能够成功。
桓玄听说吴甫之、皇甫敷战死，派桓谦驻扎在东陵口，卞范之驻扎在覆舟山以西。己未日，起义军进军到覆舟山以东，布置疑兵，把油布披在树上，布满山谷。刘裕率先率军冲锋，将士们都殊死作战，以一当百，喊杀声震动天地。借着风势放火，浓烟烈焰冲天，桓谦等人的军队大败。桓玄虽然派出了军队，但早已做好了逃跑的准备，另外派遣领军殷仲文在石头城准备船只，听到桓谦战败的消息后，乘坐轻船向南逃窜。
庚申日，刘裕镇守石头城，设立留守朝廷的百官，在宣阳门外焚烧了桓温的神主牌位，在太庙为晋朝新建了神主。派遣各位将领追击桓玄，命令尚书王嘏率领百官迎接皇帝返回都城。司徒王谧与众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞，于是任命王谧为录尚书事、兼任扬州刺史，刘裕担任镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。起初，晋陵人韦叟擅长相术，桓修让他给刘裕看相，问他能否当上州官，韦叟说：“会当上边州刺史。”私下里却对刘裕说：“你的面相贵不可言。”刘裕笑着说：“如果真如你所说，我会任用你为司马。”到这时，韦叟前来拜见刘裕说：“周成王不违背桐叶封弟的承诺，你也应该不忘任命我为司马的话。如今我不敢奢望担任镇军司马，希望能成为领军府的属官。”刘裕于是任用了他。
当时诸葛长人没有按时赶到，被刁逵抓获押送前往建邺，还没到建邺，桓玄就战败了。桓玄途经寻阳时，江州刺史郭昶之为他准备了皇帝的车驾和相关器物。起初，荆州刺史王绥凭借江东名门望族的身份，又是桓氏的外甥，一直很轻视刘裕，到这时，他和父亲尚书左仆射王愉因心存疑虑，被一同诛杀。
四月戊子日，拥戴武陵王司马遵为大将军，秉承皇帝旨意处理政务，大赦天下，只有桓玄一族不被赦免。桓玄篡逆时，王谧是辅佐他的人，还亲手解开了安帝的玉玺绶带。等到起义军举起义旗，众人都认为王谧应该被诛杀，只有刘裕向来感激王谧的恩德，保护了他。刘毅曾在朝会时，询问王谧玉玺绶带的下落，王谧更加恐惧。等到王愉父子被诛杀，王谧的堂弟王谌对他说：“王驹没有罪却被诛杀，这是在铲除比自己强的人，哥哥你既然是桓氏的党羽，怎么能免于祸患呢？”王谧十分害怕，逃到了曲阿。刘裕写信给大将军司马遵，请求把王谧接回来，恢复他的官职。
桓玄挟持天子逃到江陵，又从江陵率军东下，与刘毅、何无忌、刘道规等人在峥嵘洲遭遇，各路军队大败桓玄。桓玄的党羽殷仲文护送晋朝的两位皇后返回建邺。桓玄又挟持天子到达江陵，随后逃往南郡，南郡太守王腾之、荆州别驾王康产把天子迎入南郡府衙。
起初，益州刺史毛璩派遣堂孙毛佑之与参军费恬护送弟弟的灵柩前往下游，毛璩的侄子毛修之当时担任桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄进入蜀地，到枚回洲时，费恬与毛佑之迎面射箭，益州督护冯迁斩杀桓玄，把他的首级传送到建邺。桓玄的侄子桓振逃到华容的涌中，召集叛逆党羽，袭击江陵城，王腾之、王康产都被杀害。桓谦之前藏匿在沮川，也聚集部众响应桓振，为桓玄举办丧事，设立灵堂。桓谦率领文武官员把玉玺绶带奉还给安帝。刘毅、何无忌进军与桓振交战，在灵溪战败。
十月，刘裕兼任青州刺史，可以率领一百名披甲卫士进入宫殿。
义熙元年正月，刘毅等人进军到江津，击败桓谦、桓振，江陵平定。三月甲午日，晋帝从江陵返回建邺。庚子日，晋帝下诏晋升刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事、录尚书事。刘裕坚决推辞，返回丹徒镇守。九月乙巳日，加封刘裕兼任兖州刺史。
卢循从海上率军攻占广州，抓获广州刺史吴隐之，随即自称广州刺史，任命他的党羽徐道覆为始兴相。
义熙二年三月，晋帝下诏让刘裕督管交、广二州。十月，论功行赏，因刘裕匡复晋室的功劳，封他为豫章郡公，食邑一万户，赏赐绢三万匹，其他官员的封赏各有差别。
义熙三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧去世。
义熙四年正月，晋帝征召刘裕入朝辅佐，授予他侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，仍然保留他徐、兖二州刺史的职位。刘裕上表请求解除兖州刺史的职务。在此之前，刘裕派遣冠军将军刘敬宣讨伐蜀地的叛贼谯纵，没有战功而返回。九月，刘裕因为刘敬宣战败，请求辞职，晋帝没有同意。十月，刘裕被降为中军将军，仍然保留开府仪同三司的职位。
义熙五年二月，伪燕主慕容超率军大肆劫掠淮北地区。三月，刘裕上表请求北伐，任命丹阳尹孟昶监管中军留府事务。刘裕率领军队从淮河进入泗水，五月，到达下邳，留下船只，率领步兵进军琅邪，沿途修筑城池留守。
慕容超的大将公孙五楼请求截断大岘山的通道，坚壁清野等待刘裕的军队，慕容超没有听从。起初谋划北伐时，议事的人认为如果贼兵严守大岘山，军队没有物资补给，就无法返回。刘裕说：“不对。鲜卑人天性贪婪，目光短浅，既希望能取胜，又爱惜粮食，一定会引诱我们深入，而且他们轻视作战。军队一旦进入大岘山，我们就没有什么可担心的了。”等到军队进入大岘山，刘裕抬手向天说：“我们的大事成功了。”众人问他原因，刘裕说：“军队已经越过险要之地，将士们有必死的决心，田野里还有剩余的粮食，军队没有匮乏的担忧，胜利是必然的。”
六月，慕容超留下老弱士兵守卫广固，派遣他的广宁王贺刺卢和公孙五楼全力据守临朐。距离临朐城四十里有一条巨蔑水，慕容超命令公孙五楼迅速占据那里。公孙五楼赶到时，巨蔑水已经被龙骧将军孟龙符占据，公孙五楼只好撤退。
刘裕的大军把四千辆战车分为两翼，并排缓慢前进，战车上张开帷幔，车夫手持盾牌，派骑兵作为游击部队，军令十分严肃。军队到达临朐时，贼兵的骑兵纷纷赶来，刘裕命令兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等人冲锋陷阵。太阳快要落山时，战斗仍然十分激烈，刘裕采用参军胡藩的计策，突袭并攻克临朐，贼兵大败而逃。慕容超逃回广固，刘裕的军队缴获了他的玉玺、豹尾、辇车等物品，送到都城。丙子日，攻克广固的外城，慕容超坚守内城。刘裕于是设置长长的包围圈围困他，军队在青州就地取粮，停止了长江、淮河的物资转运。
七月，慕容超的尚书郎张纲前往姚兴那里求救，从长安返回时，被泰山太守申宣抓获并送到刘裕军中。张纲很有巧思，在此之前，刘裕修筑攻城器械，广固城上的人说：“你们没有张纲，怎么能造出攻城器械呢？”等到张纲被抓获，刘裕让他登上楼车向城内展示，城内的人见状无不惊慌失色。慕容超求救不成，张纲反而被擒，于是请求向刘裕称臣，割大岘山为界，献上一千匹马，刘裕没有同意。当时姚兴派遣使者前来，声称将要率军渡过淮河向东进军，刘裕对使者说：“你回去告诉姚兴，我平定青州之后，将要率军越过函谷关，如果他想送死，现在正是时候。”录事参军刘穆之急忙进帐说：“这句话不足以威慑敌人，反而可能激怒他们。如果鲜卑还没有被攻克，西羌又率军赶来，你该如何应对？”刘裕笑着说：“这是用兵的谋略，不是你能明白的。西羌如果真能前来救援，不会事先声张，这样虚张声势，只是自我逞强罢了。”
十月，张纲修筑的攻城器械完工，设有飞楼、悬梯、木幔、板屋，外面蒙上牛皮，弓箭无法穿透。刘毅派遣上党太守赵恢率领一千多人前来增援，刘裕连夜暗中派兵与赵恢会合。第二天一早，赵恢的五千军队从大路进军，之后每当有晋朝使者将要到达，都这样虚张声势。义熙六年二月丁亥日，刘裕的军队攻破广固城，进行屠城，慕容超翻墙逃跑，被追兵抓获，在建康市斩首。刘裕的军队杀死了慕容超的王公以下官员，俘虏一万多人，缴获两千匹马。
起初，刘裕北伐时，徐道覆劝说卢循趁机出兵，卢循没有听从，徐道覆于是前往番禺劝说卢循：“如今的时机，千万不能错过。如果攻克京都，刘裕即使返回，也无能为力了。”卢循听从了徐道覆的建议。当月，卢循率军进犯南康、庐陵、豫章等郡，各郡的太守都纷纷逃跑。当时刘裕正要镇守下邳，进军黄河、洛水流域，收到征讨卢循的使者传来的消息后，当天就率军班师回朝。镇南将军何无忌与徐道覆交战，在豫章战败身亡，朝廷内外震动惊骇，大臣们商议想要护送皇帝向北逃跑。刘裕的军队驻扎在山阳，听到何无忌战败的消息后，率领几十名随从赶到长江边询问情况，得知贼兵还没有到达都城。
四月癸未日，刘裕回到都城。刘毅主动上表请求南征卢循，刘裕认为贼兵刚刚取胜，士气正盛，必须整顿军队一同进军，派刘藩前去阻止刘毅，刘毅不听。五月壬午日，卢循在桑落洲击败刘毅。等到卢循得知刘裕已经率军返回都城，十分惊慌，想要退回寻阳，平定江陵，占据这两个州来对抗朝廷。徐道覆请求乘胜继续进军，双方争论了十天，卢循才同意。
当时北伐的军队刚刚返回，将士们疲惫不堪，受伤的人还没有恢复，能作战的士兵只有几千人，而贼兵有十几万人，战船绵延千里。孟昶、诸葛长人十分害怕，想要挟持皇帝渡过长江，刘裕说：“现在士兵虽然很少，但仍然足以一战，如果能够取胜，君臣就能共享太平；如果失败，我也不能在草丛中苟且偷生，我的计策已经决定了。”起初，刘裕征讨慕容超，只有孟昶极力劝说他前往，丙辰日，孟昶向皇帝上表，主动承担罪责，服毒自杀。
当时议事的人想要分兵驻守各个渡口，刘裕说：“贼兵人多，我们人少，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实，一处战败，就会动摇三军的士气，不如聚集兵力驻守石头城，集中力量。”戊午日，刘裕移师镇守石头城。乙丑日，贼兵大规模赶到，刘裕说：“贼兵如果从新亭直接进攻，我们就暂时避让；如果他们退回蔡洲停泊，就一定能擒获他们。”徐道覆想要从新亭焚烧战船发动进攻，卢循生性多疑，犹豫不决，总是追求万全之策，于是率军停泊在蔡洲等待刘裕的军队溃败。刘裕登上石头城眺望，看到贼兵停泊在蔡洲，十分高兴。庚辰日，贼兵在南岸设下伏兵，派疑兵向白石进军。刘裕率领刘毅、诸葛长人向北抵御，留下参军徐赤特驻守查浦，告诫他不要出战。刘裕率军向北出发后，贼兵焚烧查浦，进军到张侯桥，徐赤特率军与贼兵交战，大败，贼兵进军驻扎在丹阳郡。刘裕急忙率军返回石头城，斩杀徐赤特。休整了很长一段时间后，刘裕才率军在南塘列阵。七月庚申日，卢循从蔡洲撤退，准备返回寻阳，刘裕派遣辅国将军王仲德等人追击。派建威将军孙处从海路袭击番禺，告诫他说：“我十二月一定能击败贼寇，你也应该能赶到番禺，先捣毁他们的巢穴。”
十月，刘裕率领水军南征，任命刘毅监管太尉留府事务。当月，徐道覆进犯江陵，荆州刺史刘道规大败徐道覆，徐道覆逃回湓口。十一月，孙处率军到达番禺，攻克番禺城，卢循的父亲卢嘏逃往始兴，孙处安抚当地百姓并驻守番禺。十二月己卯日，刘裕的大军驻扎在大雷。庚辰日，贼兵沿着长江顺流而下，刘裕亲自手持幡鼓，命令各路军队全力进攻，军中配备了很多万钧神弩，所到之处无不摧毁敌军战船。刘裕亲自在江中心指挥军队逼近贼兵，借着风势和水流的力量，贼兵的战船都靠近西岸，岸上的军队早已准备好火攻器具，焚烧贼船，大败贼兵。卢循返回寻阳，随后逃往豫章，全力在左里设置栅栏防御。丙申日，刘裕的大军驻扎在左里，准备交战时，刘裕挥舞军旗，旗杆突然折断，旗帜沉入水中，将士们都十分害怕，刘裕笑着说：“当年赤壁之战也出现过这种情况，如今一定能取胜。”于是下令进攻栅栏，卢循独自乘船逃跑，部众全部投降。军队凯旋，晋帝派遣侍中、黄门侍郎到军中慰问。
义熙七年正月己未日，刘裕整顿军队返回都城，朝廷改授他为大将军、扬州牧，赐给二十名持剑卫士，原来的官职保持不变。刘裕坚决推辞。凡是南北征伐中战死的将士，都逐一上报给予丧葬抚恤，尸体没有运回的，派遣主帅前往迎接，送回故乡。
二月，卢循到达番禺，被孙处击败，收集残余部众向南逃跑。刘藩、孟怀玉在始兴斩杀徐道覆。
自从晋朝东迁以来，朝廷的纲纪松弛紊乱，豪门大族兼并土地，百姓流离失所，无法保住自己的产业。桓玄想要加以整顿改革，最终没有成功。刘裕担任辅政大臣后，大力整顿法度，豪强大族都收敛了气焰，远近各地都遵守禁令。到这时，会稽余姚人虞亮又藏匿了一千多名亡命之徒，刘裕诛杀虞亮，罢免了会稽内史司马休之。
晋帝再次重申之前的诏书，任命刘裕为大将军、扬州牧，刘裕仍然坚决推辞。于是朝廷改授他为太尉、中书监，刘裕才接受任命，奉还了黄钺。
交州刺史杜惠度斩杀卢循父子，把七颗首级装在木匣中送到都城。在此之前，各州郡派遣的秀才、孝廉大多名不副实，刘裕于是上表申明旧例，对他们进行策试。
荆州刺史刘道规患病，请求返回都城，义熙八年四月，朝廷改授他为豫州刺史，任命豫州刺史刘毅接替他担任荆州刺史。刘毅既有雄才大略，又有远大志向，与刘裕一同兴复晋室，自认为在京城、广陵的功劳足以与刘裕抗衡，虽然表面上把大权推让给刘裕，但内心并不服气。他十分自负，朝中素有声望的官员大多归附他，他与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施关系密切。等到刘毅镇守江陵，把豫州原来的很多属官都带走了，还请求任命郗僧施为南蛮校尉。刘裕知道刘毅最终会成为叛乱分子，暗中谋划除掉他。刘毅到了西边后，声称病重，上表请求任命堂弟兖州刺史刘藩为副手，刘裕假装同意。九月，刘藩入朝，刘裕下令逮捕刘藩和谢混，一同赐死。刘裕亲自上表请求讨伐刘毅，又被授予黄钺，率领各路军队西征。任命前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史刘道怜镇守丹徒，豫州刺史诸葛长人监管太尉留府事务，加封太尉司马丹阳尹刘穆之为建威将军，配给充足的兵力。壬午日，刘裕从建邺出发，派遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩提前袭击江陵，攻克江陵城，刘毅及其党羽全部被诛杀。
十一月，刘裕到达江陵，把荆州的十个郡划分为湘州，刘裕仍然督管这些地区。任命西阳太守朱龄石为益州刺史，派他讨伐蜀地。晋帝晋升刘裕为太傅、扬州牧，赐给羽葆、鼓吹，二十名持剑卫士。
义熙九年二月乙丑日，刘裕从江陵返回都城。起初，诸葛长人贪婪淫乱，骄横跋扈，刘裕一直对他宽容迁就。刘毅被诛杀后，诸葛长人对亲信说：“当年汉高祖杀了彭越，今年又杀了韩信，灾祸就要轮到我了。”于是谋划发动叛乱。刘裕约定日期返回都城，却多次拖延行程。公卿以下的官员，连日在新亭等候迎接，诸葛长人也多次前往。不久后，刘裕乘坐轻船秘密到达都城，已经回到东府了。诸葛长人登门拜访，刘裕请他上前，屏退左右单独交谈，把平生没有说尽的话都聊了一遍，诸葛长人十分高兴。刘裕早已暗中命令手下丁旿从帐幔后出来，在座位上拉住诸葛长人，将他杀死在床榻旁边。把诸葛长人的尸体抬到廷尉府，同时诛杀了他的弟弟诸葛黎人。丁旿勇猛有力，当时的人都说：“不要跋扈，否则就交给丁旿处置。”
在此之前，山川湖泽都被豪强大族所侵占，百姓砍柴捕鱼，都要缴纳赋税，到这时，刘裕下令禁止这种行为。当时百姓的居住地还不统一，刘裕上表制定制度，于是按照地域进行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人不在土断之列。很多流亡寄居的郡县，大多被合并撤销。任命刘裕兼任镇西将军、豫州刺史。刘裕坚决推辞太傅、扬州牧的职位和持剑卫士，奉还了黄钺。
七月，朱龄石平定蜀地，斩杀谯纵，把他的首级传送到建邺。
九月，晋帝因为刘裕平定齐地、击败卢循的功劳，封刘裕的次子刘义真为桂阳县公；并重申之前的任命，授予刘裕太傅、扬州牧，赐给羽葆、鼓吹，二十名持剑卫士。文武官员都劝说刘裕接受，刘裕最终接受了羽葆、鼓吹和持剑卫士，其余的职位坚决推辞。
义熙十年，刘裕让百姓休养生息，减轻徭役，修筑东府城，建造府衙官舍。
刘裕认为荆州刺史司马休之是皇室重臣，又深得江、汉地区百姓的民心，怀疑他有谋反的意图；而司马休之的儿子谯王刘义真在都城，招集游侠之士，刘裕把刘义真抓起来送回司马休之那里，让他自行处置。司马休之上表请求废黜刘义真的爵位，并写信向刘裕谢罪。
义熙十一年正月，刘裕逮捕司马休之的儿子司马文宝、哥哥的儿子司马文祖，一同赐死，亲自率领军队西征。再次被授予黄钺，兼任荆州刺史。任命中军将军刘道怜监管留府事务。司马休之上表为自己辩解，并列举刘裕的罪状。司马休之府中的录事参军韩延之很有才干，刘裕还没到达江陵，就暗中写信招降他。韩延之回信说：“承蒙你亲自率领军队，远道来到西边，整个荆州的官民，无不惶恐惊骇。收到你的书信，得知是因为谯王之前的事情，实在令人叹息。司马平西（司马休之）忧国忧民，忠贞不二，待人诚恳，因为你有匡复晋室的功劳，国家和百姓都依赖你，所以他推重你的德行，诚心相待，凡事都向你咨询请教。谯王之前因为小事被弹劾，尚且主动上表辞职；更何况犯了大错，怎么会沉默不语呢！你的来信说‘处事待人，各有缘由’。如今你讨伐别人的君主，用利益引诱他人，这才真是‘处事待人’的方式啊。刘藩死在皇宫门前，诸葛长人死于你的左右之手，你用甜言蜜语欺骗地方长官，然后用轻装部队袭击他们，最终使得席间没有诚心相待的士人，朝廷之外没有信任朝廷的诸侯，你却认为这是妙计，实在令人羞耻。我虽然鄙陋无能，但也曾听闻君子之道，凭借司马平西的高尚品德，怎么会没有为他效命的臣子呢？如果上天长久让战乱持续，天下浑浊不堪，我宁愿与臧洪一同赴死，也不会屈服于你。不再多说。”刘裕看完信后叹息不已，拿给将领们看，说：“侍奉主人就应该这样。”
三月，刘裕的军队驻扎在江陵。起初，雍州刺史鲁宗之依仗自己的力量，喜欢制造战乱，而且担心刘裕不能容纳他，常常编造谶语说：“鱼登日，辅帝室。”他与司马休之相互勾结。到这时，鲁宗之率领儿子竟陵太守鲁轨在江陵与司马休之会合。刘裕率军渡过长江，司马休之的军队溃败，司马休之与鲁轨等人逃往襄阳，江陵平定。刘裕加封兼任南蛮校尉。将要举行南蛮校尉的授职仪式时，遇到四废日，佐史郑鲜之等人劝说改日举行，刘裕没有同意。下令施行宽大的恩惠。四月，刘裕进军襄阳，司马休之等人逃往姚兴那里。晋帝再次重申之前的命令，授予刘裕太傅、扬州牧，允许他剑履上殿，入朝时不用小步快走，朝拜时不用直呼其名，赐给前部羽葆、鼓吹，设置左右长史、司马、从事中郎四人，封刘裕的第三子刘义隆为北彭城县公。八月甲子日，刘裕从江陵返回都城，奉还黄钺，坚决推辞太傅、州牧的职位和前部羽葆、鼓吹，接受了其余的任命。
义熙十二年正月，晋帝下诏让刘裕按照旧例自行征召官员，加封他兼任平北将军、兖州刺史，增加督管南秦州，总共督管二十二个州。刘裕认为平北将军府的文武官员太少，不宜单独设置，于是撤销平北府，将其并入太尉府。三月，加封刘裕为中外大都督。
起初，刘裕平定齐地后，就有平定关、洛地区的想法，后来遇到卢循进犯，只好搁置。等到荆、雍二州平定后，刘裕才谋划对外征战。恰逢姚兴去世，他的儿子姚泓刚刚即位，兄弟之间相互残杀，关中地区陷入混乱。四月乙丑日，刘裕上表请求讨伐关、洛地区，于是下令戒严，准备北伐，加封他兼任征西将军、司豫二州刺史。任命世子刘义符为徐、兖二州刺史。刘裕想要以正义的名声安抚远方的百姓，尊奉琅邪王司马德文北伐。五月，庐江霍山发生山崩，出土了六口钟，献给了天子。癸巳日，加封刘裕兼任北雍州刺史，赐给前后部羽葆、鼓吹，把持剑卫士增加到四十人。八月丁巳日，刘裕率领大军出发，任命世子刘义符为中军将军，监管太尉留府事务，尚书右仆射刘穆之为左仆射，兼任监军、中军二府的军司，进入东府居住，总领内外事务。九月，刘裕到达彭城，加封兼任北徐州刺史。十月，各路军队到达洛阳，包围金墉城，金墉城守军投降。修复晋朝的五座皇陵，设置守卫。
十二月壬申日，晋帝晋升刘裕为相国、总百揆、扬州牧，封十个郡为宋公，赐给九锡之礼，赐给玉玺绶带、远游冠、绿綟绶，地位在诸侯王之上。策书说：
我因寡德愚昧，继承皇位，奸贼趁机作乱，颠覆王室，我被迫流亡到南方，迁徙到九江。宗庙祭祀断绝，人神没有归宿，奸贼当道，我在江浦苟延残喘，我们祖宗的功业，几乎覆灭，晋朝七百年的国运，已经摇摇欲坠，就像在大海中航行，不知道该如何渡过难关。上天没有断绝晋朝的国运，诞生了你这样的英明辅臣，你整顿松弛的纲纪，重建天下，使濒临灭亡的晋朝得以延续，使昏乱的世道变得清明，你的巨大功勋和高尚品德，是我所依赖的。
如今将要授予你典策，你要恭敬地听从我的命令：过去，桓玄肆意篡逆，罪恶滔天，颠覆晋朝，扰乱朝纲，百官被迫屈服，四方百姓无人体恤。你忠心耿耿，气冲云霄，奋起武力，大败奸贼，收复京城，供奉神灵。这是你为王室效力的重大功绩。你率领各路将领，率军远征，讨伐峥嵘洲的贼寇，在南郢献上捷报，诛杀首恶，铲除所有叛逆，日月星辰重放光芒，国家恢复旧貌。这又是你的功劳。你出镇地方，入朝辅政，大力辅佐王室，增加财富，便利百姓，使人口逐年增多，疆域不断扩大，倡导德行，严明刑罚，四方边境安定。这又是你的功劳。鲜卑人凭借人多势众，侵占三齐地区，依仗偏远的地势，不断侵扰边境，你整顿军队，深入远方边境，四面围攻，攻克城池，开拓疆土三千里，在北方草原彰显威名。这又是你的功劳。卢循妖言惑众，在五岭地区伺机作乱，侵犯江、豫二州，战火逼近都城，朝廷商议迁都，百姓提议迁徙，你率军南下，大义凛然，运用奇谋大略，非凡的才智无人能及，奸贼走投无路，连夜逃窜，使我们的京城免于沦陷。这又是你的功劳。你率军追击逃敌，在长江边耀武扬威，分兵从海路进军，按时抵达番禺，取得番禺大捷，斩杀俘获数以万计的贼兵，左里之战，贼兵溃不成军，首恶分子逃往远方，首级被传送到万里之外。这又是你的功劳。刘毅叛乱，在西夏地区负隅顽抗，欺君罔上，肆意作恶，你依法惩治，很快就消灭了他，罪人被擒，荆、衡地区恢复安宁。这又是你的功劳。谯纵趁机作乱，占据蜀地一隅，王化受阻，三巴地区沦陷，你任命将领，授予妙计，率军渡江，抵达井络地区，诛杀叛逆，梁、岷地区望风归降。这又是你的功劳。司马休之、鲁宗之拥兵作乱，侵扰内地，率领两州军队，联合叛乱，你迅速出兵，制定妙计，江津的军队，势如风电，回师沔川，震慑叛乱分子，两个叛逆逃跑，荆、雍地区的百姓得以安居乐业。这又是你的功劳。永嘉年间以来，晋朝国力衰弱，四夷侵占中原，五都沦陷，皇陵受辱，祖宗心怀永世的愤恨，百姓怀有思念故国的忧愁，你远学阿衡关爱百姓的仁德，近学齐桓公灭亡仇敌的耻辱，整顿军队，大声宣告北伐，派遣将领，向北攻占司、兖二州，许、郑地区望风归降，巩、洛地区得以肃清，百年的战乱荒芜，一朝得以清除。这又是你的功劳。
你有安定天下的功勋，又有高尚的品德。你起初发迹时，谋略就超越古人，迅速击败强大的贼寇，锋芒无人能敌，安定东境，造福百姓。你在乱世中治理国家，教化百姓，使国家根基稳固。你废除繁琐苛刻的政令，使法令统一，淳朴的风气和美好的教化，遍布天下。因此远方的国家前来朝贡，异族前来归附，你的政令所到之处，天下都顺从。即便是大禹治水使教化遍及四方，咎繇注重德行，也比不上你。我听说古代帝王治理天下，奖赏功勋，尊崇贤才，分封诸侯，赏赐礼器，以此辅佐王室，使藩属永远强盛。因此曲阜得以开拓，鲁国得以发展，营丘濒临大海，齐国的疆域闻名天下。周襄王时，依靠晋文公匡扶霸业，赐给他丰厚的礼器。你的道德超越前代先贤，功勋震惊古今，却没有得到相应的奖赏，我深感不安！如今晋升你为相国，把徐州的彭城、沛、兰陵、下邳、淮阳、山阳、广陵，兖州的高平、鲁、泰山十个郡封给你，封你为宋公，赐给你黑色的土地，用白茅包裹，确定你的封国，建立宗庙社稷。过去晋、郑两国作为藩属，入朝担任卿士，周公、召公作为保傅，出镇二南地区，内外重任，你都担当起来。如今命令使持节、兼太尉、尚书左仆射晋宁县五等男湛授予你相国印绶、宋公玺绂，使持节、兼司空、散骑常侍、尚书阳遂乡侯泰授予你宋公茅土，金虎符第一至第五左，竹使符第一至第十左。相国地位尊崇，总领百官，礼仪超越朝廷百官，日常的名称，应该根据事情的变化而改变。任命你以相国的身份总领百揆，取消录尚书的称号；献上所授予的节、侍中貂蝉、中外都督太傅太尉印绶、豫章公印策；晋升扬州刺史为扬州牧，仍然保留你征西将军、司豫北徐雍四州刺史的职位。
你整顿纲纪礼仪，成为天下的典范，坚守正道，没有改变志向，因此赐给你大路、戎路各一辆，黑色的公马八匹；你重视农业，积累粮食，庄稼丰收，因此赐给你衮冕之服，红色的鞋子作为配套；你摒弃邪恶，接纳正义，移风易俗，使万物和谐，因此赐给你轩县之乐、六佾之舞；你宣扬帝王的教化，倡导美好的风气，华夏和异族都仰慕你，远方的人前来归附，因此赐给你朱户居住；你任用贤能，搜罗隐居的人才，使有才能的人充满朝廷，因此赐给你纳陛以便登殿；你位居中枢，以义率领下属，遏制寇仇，清除苛政，因此赐给你三百名虎贲卫士；你严明刑罚，体恤百姓，案件审理公正，对违抗命令、触犯纲纪的人，绝不放纵，因此赐给你鈇钺各一把；你英姿飒爽，威震天下，囊括四海，抵御外敌，因此赐给你彤弓一把、彤矢一百支，玈弓十把、玈矢一千支；你孝顺恭敬，虔诚祭祀，忠诚严肃的志向，成为四方的典范，因此赐给你秬鬯一卣，圭瓒作为配套。宋国设置丞相以下官员，全部依照旧有的礼仪。恭敬地接受任命，好好地回应上天的恩赐，体恤各个封国，恭敬地宣扬你的美德，以完成我高祖的美好使命！设置宋国的侍中、黄门侍郎、尚书左丞，跟随大使一同奉迎你。枹罕的虏人乞伏炽盘派遣使者拜见你，请求效力讨伐姚泓，任命他为平西将军、河南公。
义熙十三年正月，刘裕率领水军继续进军讨伐，留下彭城公刘义隆镇守彭城。军队驻扎在陈留城时，经过张良庙，刘裕下令按时修缮庙宇，并派人前往祭祀。晋帝追赠刘裕的祖父为太常，父亲为特进、左光禄大夫，刘裕推辞没有接受。二月，冠军将军檀道济等人的军队驻扎在潼关。三月庚辰日，刘裕率领大军进入黄河。五月，刘裕抵达洛阳，拜谒晋朝的五座皇陵。七月，军队到达陕县，龙骧将军王镇恶率领水军从黄河驶入渭水。八月，扶风太守沈田子在蓝田大败姚泓的军队，王镇恶攻克长安，擒获姚泓。早在义熙九年，岁星、镇星、荧惑星、太白星就聚集在东井星宿附近，到这时关中地区终于平定。九月，刘裕抵达长安。长安粮食丰收，府库充盈，刘裕先下令收集当地的礼器、浑仪、土圭、记里鼓、指南车以及秦始皇的玉玺，派人送往都城；其余的珍宝珠玉，全部赏赐给各位将帅。将姚氏宗族迁到江南，把姚泓押送到建康市斩首。刘裕还拜谒了汉长陵，在未央殿大规模宴请文武官员。
十月，晋帝下诏晋升刘裕的宋公爵位为王，增加十郡作为宋国的封地，加上之前的封地共二十郡。刘裕仍然担任相国、扬州牧、领征西将军、司豫北徐雍四州刺史。刘裕本想留在长安，谋划治理赵、魏地区，十一月，前将军刘穆之去世，他只好率军返回。十二月庚子日，刘裕从长安出发，任命桂阳公刘义真为雍州刺史，镇守长安，留下心腹将领辅佐他。
义熙十四年正月壬戌日，刘裕抵达彭城，解除戒严，让士兵休整。任命辅国将军刘遵考为并州刺史，兼任河东太守，镇守蒲阪。刘裕辞去司州刺史一职，兼任徐、冀二州刺史，坚决推辞晋升爵位。当时汉中成固县的汉水岸边传来如雷般的异响，不久后河岸崩塌，从地下挖出十二口铜钟。巩县人宗曜在自己的田里收获了一株九穗同茎的嘉禾，刘裕把它献给晋帝，晋帝又把嘉禾赏赐给了他，刘裕谦逊推辞，才没有接受。六月丁亥日，刘裕接受相国、宋公的九锡之命，下令赦免宋国内死罪以下的囚犯。下诏尊崇豫章太夫人为宋公太妃，世子刘义符为中军将军副职，相国府的百官设置全部依照朝廷制度。又下诏规定，除了宋国所封的十郡之外，刘裕有权任命其他地区的官员。在此之前，安西中兵参军沈田子杀死安西司马王镇恶，各位将领又杀死安西长史王修，关中地区陷入混乱。十月，刘裕派遣右将军朱龄石接替安西将军桂阳公刘义真担任雍州刺史。刘义真返回途中，被赫连勃勃率军追击，大败，仅自身逃脱，各位将帅和朱龄石全部阵亡。
十二月，晋安帝去世，大司马琅邪王司马德文即位。元熙元年正月，晋帝下诏征召刘裕入朝辅佐，又重申之前的命令，晋升刘裕的爵位为王，把徐州的海陵、北东海、北谯、北梁，豫州的新蔡，兖州的北陈留，司州的陈郡、汝南、颍川、荥阳十郡划归宋国，扩大宋国的封地。七月，刘裕才接受任命。赦免宋国内五岁刑以下的囚犯，把都城迁到寿阳。九月，辞去扬州刺史一职。十二月，晋帝下令允许刘裕使用十二旒的皇冠，建立天子的旌旗，出入时实行警戒清道，乘坐金根车，用六匹马牵引，配备五时副车，设置旄头、云罕等仪仗，乐舞采用八佾之舞，设置钟虡宫县等礼乐设施。晋升王太妃为太后，王妃为王后，世子为太子，王子、王孙的爵位封号，全部依照旧有礼仪。元熙二年正月，刘裕上表推辞这些特殊礼遇。竟陵郡的长江岸边自行裂开，露出十多件古代铜礼器，刘裕把它们献给晋帝，晋帝推辞不接受，于是刘裕把这些祥瑞之物收藏在相国府。四月，晋帝下诏派遣使者敦促刘裕入朝，同时征召他辅佐朝政。六月壬戌日，刘裕抵达都城。甲寅日，晋帝禅位于刘裕。有关部门起草好禅位诏书后，请求晋帝书写，晋帝当即拿起笔，对身边的人说：“桓玄叛乱时，天命已经改变，全靠刘公延续晋朝国运，将近二十年。如今禅位之事，我本就心甘情愿。”甲子日，晋帝派遣使者奉送禅位策书，策书说：
告知宋王：远古开创之世，遥远难寻，详细情况已无从知晓。自从有文字记载以来，直到三皇五帝时期，没有哪位圣贤不是以大道统治天下，停止战乱，奠定大业。帝王是统治万物的公共之主，君道是天下最公正的准则。古代的圣王深刻领悟这一道理，因此当天命终结时，唐尧、虞舜没有把天下传给自己的子孙；当祥瑞征兆出现时，虞舜、夏禹也没有固守谦让之节。他们之所以这样做，是为了治理天、地、人三才，整顿社会秩序，为后世树立典范，留下千古传颂的风尚，没有比这更重要的了。从此以后，历代帝王的德行更加光明。汉朝继承唐尧的德业，魏国追随虞舜的足迹，他们都是顺应人神的意愿，以百姓的利益为根本。
过去我们的祖宗英明睿智，居于帝王之位，但光明与晦暗交替，兴盛与衰败有定数。从谋划消灭商朝以来，灾祸就已埋下伏笔，并非一代之过，前代君主未能平定祸乱，何况到了如今，上天要废除晋朝，自有其缘由。宋王你具备上圣的资质，拥有天地般的德行，英明如同日月，道义契合四时。当国家将要倾覆时，你拯救了它；当中原荒芜破败时，你恢复了它。对于那些顽固不化、违抗天命、肆意作乱、割据一方的势力，你无不以雷霆之势加以讨伐。你推行九伐之法，整顿八法之治，不仅广泛救济百姓，更是让道义遍布四海，德行传遍八方。上天呈现祥瑞征兆，四灵显现吉兆，图谶中的预言已经明确，人神的期望已经改变，百官在朝廷歌颂你的功德，百姓在民间赞颂你的仁政，亿万民众欢欣鼓舞，期盼新朝的到来。如果不是百姓自愿拥戴，天命所归，我怎么敢独自决定禅位之事。因此我恭敬地顺应上天的旨意，听从群臣的建议，将皇位禅让给你。晋朝的国运已经终结，上天赐予的福禄永远终止。啊！宋王你要坚守中正之道，恭敬地遵循古代典训，不辜负天下百姓的殷切期望，将大业发扬光大，永远传承下去，顺应上天的庇佑，回应天、地、人三灵的眷顾。同时派遣使持节、兼太保、散骑常侍、光禄大夫谢澹，兼太尉、尚书刘宣范奉送玺书，献上皇帝的玉玺绶带，禅位的礼仪，完全依照唐尧、虞舜、汉、魏的旧例。刘裕上表推辞禅位，此时晋帝已经退居到琅邪王府第，表章没有送达。于是陈留王曹虔嗣等二百七十人和宋台的群臣一同上表劝进，刘裕仍然没有同意。太史令骆达陈述天文符应说：“从晋义熙元年到元熙元年，太白星白天横穿天空共七次，占卜说：‘太白经天，更换君主，异姓兴起。’义熙七年，东方出现五条彩虹，占卜说：‘五虹显现，天子被废，圣人出世。’义熙九年，镇星、岁星、太白星、荧惑星聚集在东井星宿。义熙十三年，镇星进入太微星宿，占卜说：‘镇星驻守太微，有新王即位，有旧王迁徙。’元熙元年冬天，黑龙四次出现在天空，《易传》说：‘冬天出现龙，天子失去社稷，有伟人接受天命。’冀州的僧人释法称告诉弟子说：‘嵩山之神说，江东有位刘将军，是汉朝皇室的后裔，将要接受天命，我把三十二块玉璧、一块镇金送给了他，这是刘氏统治天下的年数。’汉朝从建武年间到建安末年，历经一百九十六年禅位于魏；魏国从黄初年间到咸熙末年，历经四十六年禅位于晋；晋朝从泰始年间到如今，历经一百五十六年，三代禅让，都在第六代终结。另外，汉光武帝在南阳建立社稷，汉朝末年社树枯死，刘备在蜀地建立蜀汉，社树重新发芽；到晋朝末年，社树的老根开始萌发，如今已经枝繁叶茂。”类似这样的天文符应有数十条。群臣再次坚决请求刘裕即位，他才答应。
永初元年夏六月丁卯日，刘裕在南郊即位称帝，设置祭坛，举行柴燎仪式，祭告上天说：
皇帝臣刘裕，敢用黑色的公牛作为祭品，恭敬地昭告皇天后土：
晋朝的统治已经终结，天命归于我刘裕。设立君主统治天下，本是天下为公之事，只有德行完备的人才能成为帝王，才能得到百姓的拥戴。从唐尧、虞舜，到汉、魏时期，没有哪位圣贤不是凭借高尚的德行和巨大的功勋登上皇位，因此能够拯救百姓，留下无穷的教化。晋朝自从东迁以来，纲纪败坏，依赖辅政大臣支撑局面，已经很久了。隆安年间遭遇战乱，元兴年间灾祸加剧，最终导致皇帝流亡，宗庙祭祀断绝。我刘裕虽然没有齐、晋那样的广阔土地，没有强大的军队，但怀着对时局的愤慨，怜悯百姓的苦难，毅然起兵，恢复了晋朝的宗庙祭祀。在国家危难时能够坚守，在王朝倾覆时能够扶持，铲除了奸邪之徒，消灭了僭伪政权，这实在是因为兴衰有定数，否极泰来。我为晋朝立下巨大功勋，拨乱反正，顺应时势，承担起重任。加上偏远地区的异族仰慕道义，派使者前来朝贡，凡是接受晋朝正朔的地区，都服从我的教化。上天呈现祥瑞，山川显现吉兆，人神同心，祥瑞之事日益增多。因此文武百官、亿万百姓都说：“上天降下明察，晋朝表达诚意，天命不能长久拖延，皇位不能暂时空缺。”于是我迫于群臣的请求，恭敬地举行即位大礼。我以微薄的德行，登上万民之上的皇位，虽然敬畏上天的威严，对一些小节有所忽略，但内心深处始终惶恐不安。恭敬地选择吉日，登上祭坛接受禅位，祭告上天，报答天下百姓的厚爱，希望能够永远保住宋朝的国运。恳请神明接受我的祭祀！仪式结束后，刘裕乘坐法驾前往建康宫，亲临太极前殿，大赦天下，改元永初。赐给百姓爵位二级。对鳏寡孤独无法维持生计的人，每人赐谷五斛，免除拖欠的租税和债务。那些因触犯乡论清议、贪污盗窃等罪行被定罪的人，全部赦免，清除罪名，给予改过自新的机会。长期流放的囚犯，特别赦免放回。被罢官夺爵、禁锢不得为官的人，全部按照旧例恢复待遇。封晋帝为零陵王，享有一郡的封地，允许使用天子的旌旗，乘坐五时副车，实行晋朝的历法，祭祀天地的礼仪和礼乐制度，全部沿用晋朝的规定，上书时不用称表，回复时不用称诏，在旧秣陵建立宫殿居住。追尊父亲为孝穆皇帝，母亲为穆皇后，尊奉王太后为皇太后。下诏说：“当年大禹治水的功绩，让后代子孙深深感念；人们怀念爱护自己的人，尚且不砍伐他们亲手栽种的树木。即使是不同的朝代，道义上也不应断绝祭祀，祭祀的礼仪等级，完全依照旧例。可将始兴公降为县公，庐陵公降为柴桑县公，始安公降为荔浦县侯，长沙公降为醴陵县侯，康乐公降为县侯，让他们分别供奉王导、谢安、温峤、陶侃、谢玄的祭祀。那些在义熙年间为朝廷效力的人，全部保持原来的官职品级。”
庚午日，任命司空刘道怜为太尉，封为长沙王，立南郡公刘义庆为临川王。又下诏制定战死将士的追赠和奖赏条例。乙亥日，封皇子桂阳公刘义真为庐陵王，彭城公刘义隆为宜都王，刘义康为彭城王。丁丑日，派遣使者巡视四方，表彰贤能，举荐善良之人，慰问百姓的疾苦，对监狱诉讼不公、政令刑罚不当、损害教化扰乱风俗、百姓不满的事情，全部上报朝廷。戊寅日，下诏增加百官的俸禄。己卯日，将晋朝的泰始历改为永初历，规定以子月为社日，辰月为腊日。
秋七月丁亥日，赦免被关押在台府中的劫贼残余党羽，允许流亡迁徙的人家返回故乡。又因为市场赋税繁重，适当减免。对跟随征伐关、洛地区而牺牲的将士家属，给予抚恤赏赐。己丑日，陈留王曹虔嗣去世。辛卯日，恢复五校三将的官职，增加殿中将军名额二十人，其余作为员外官。戊戌日，晋升征西大将军、开府仪同三司杨盛为车骑大将军。甲辰日，晋升镇西将军李歆为征西大将军，平西将军乞伏炽盘为安西大将军，征东将军高句丽王高琏为征东大将军，镇东将军百济王扶馀映为镇东大将军。设置东宫冗从仆射、旅贲中郎将官职。戊申日，将祖先的神主迁到太庙，刘裕亲自奉送。壬子日，下诏改革临时制度，一切从宽从简。
八月辛酉日，下诏废除所有以“北”为名的旧郡县，在南方侨居设立的郡县，允许以“南”为名。戊辰日，下诏说：“彭城是我的故乡，重视根本应当隆重，应当像丰县、沛县那样受到优待。沛郡、下邳郡各自免除三十年的租布。”辛未日，追谥妃子臧氏为敬皇后，陵墓名为永宁陵。癸酉日，立王太子刘义符为皇太子。乙亥日，赦免正在服刑的囚犯。闰月壬午日，设置晋帝各座皇陵的守卫，对名贤先哲的陵墓，详细加以洒扫。丁酉日，林邑国派遣使者前来朝贡。
九月壬子日，设置东宫殿中将军十人，员外二十人。壬申日，设置都官尚书一职。
这一年，是北魏明元皇帝泰常五年，西凉灭亡。
永初二年春正月辛酉日，刘裕在南郊祭祀，大赦天下。丙寅日，禁止使用金银装饰器物。任命扬州刺史庐陵王刘义真为司徒，尚书仆射徐羡之为尚书令、扬州刺史。己卯日，禁止在丧事活动中使用铜钉。撤销会稽郡府。
二月己丑日，在延贤堂对各州郡举荐的秀才、孝廉进行策试。倭国派遣使者前来朝贡。三月乙丑日，首次规定荆州府设置将领不得超过二千人，官吏不得超过一万人；各州设置将领不得超过五百人，官吏不得超过五千人；士兵不在此限制之内。夏四月己卯日，首次禁止不合礼制的祭祀，废除各种私人祠堂。那些因功勋德行建立的先贤祠堂，不在此例。戊申日，刘裕在华林园审理诉讼案件。
五月己酉日，设置东宫屯骑、步兵、翊军三校尉官职。
秋七月己巳日，发生地震。
九月己丑日，零陵王司马德文去世，这是宋朝的记载。刘裕率领百官在朝堂哀悼三天，依照魏明帝为山阳公服丧的旧例。派遣兼太尉持节护送丧事，用晋朝的礼仪安葬。冬十月己亥日，任命凉州胡人头领大沮渠蒙逊为镇军大将军、开府仪同三司、凉州刺史。
十一月辛亥日，将晋恭皇帝安葬在冲平陵，刘裕率领百官前往送葬。永初三年春正月甲辰朔日，下诏赦免所有罪犯，无论刑罚轻重。癸丑日，任命尚书令、扬州刺史徐羡之为司空、录尚书事，仍然兼任扬州刺史。晋升江州刺史王弘为卫将军、开府仪同三司。任命太子詹事傅亮为尚书仆射。二月丙戌日，有彗星出现在虚、危星宿附近。
三月，刘裕生病，太尉长沙王刘道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济一同入宫侍奉医药。群臣请求祈祷神明，刘裕没有同意，只派侍中谢方明将病情告知宗庙。丁未日，任命庐陵王刘义真为侍中、车骑将军、开府仪同三司、南豫州刺史。己未日，刘裕的病情好转，大赦天下。
夏四月乙亥日，封仇池公杨盛为武都郡王。
五月，刘裕的病情加重，召见太子刘义符，告诫他说：“檀道济虽然有才干谋略，但没有远大的志向，不像他的哥哥檀韶有难以驾驭的气势。徐羡之、傅亮应该不会有谋反的图谋。谢晦多次跟随我征伐，很懂得随机应变，如果将来有人谋反，一定是他。如果他谋反，可以把他安置在会稽、江州任职。”又亲手写下诏书：“朝廷不需要再设立其他府署，宰相兼任扬州刺史，可以设置一千名卫兵。如果大臣中担任重要职务的人，需要有亲信随从防备不测，可以从台府的留守部队中调配。有征伐之事时，全部调配台府的军队，战事结束后归还。后代如果有年幼的君主，朝廷政事全部委托给宰相，太后不必临朝听政。兵器不许带入台殿门，重要官员可以酌情配备持剑卫士。”癸亥日，刘裕在西殿去世，时年六十岁。七月己酉日，安葬在丹阳建康县蒋山的初宁陵。群臣上谥号为武皇帝，庙号高祖。刘裕生活节俭，清心寡欲，严肃而有法度，从不看重珠玉车马等珍宝，后宫中没有奢华的丝织品和靡靡之音。起初，朝廷没有完备的音乐，长史殷仲文建议设置，刘裕说：“每天都忙不过来，而且我也不懂音乐。”殷仲文说：“多听自然就懂了。”刘裕说：“正是因为懂了就会喜欢，所以我才不学。”宁州曾经献上一个虎魄枕，光彩艳丽，价值百金。当时刘裕将要北伐，虎魄可以治疗外伤，他非常高兴，下令把虎魄枕打碎，分给各位将领。平定关中后，得到姚兴的堂妹，对她十分宠爱，因此荒废了政事，谢晦劝谏后，他立即把姚兴的堂妹遣送出去。财物布帛都存放在外府，内宫没有私人收藏。宋台建立后，有关部门上奏请求在东西堂设置局脚床，用金涂钉装饰，刘裕没有同意，下令使用直脚床，用铁钉。广州曾经献上筒装细布，一端有八丈长，刘裕厌恶它过于精美，耗费民力，当即交给有关部门弹劾广州太守，把细布退还，并下令岭南禁止制作这种布。刘裕一直患有热病，加上常年征战留下的外伤，晚年病情更加严重，坐卧常常需要凉爽的物品，后来有人献上一张石床，他睡在上面感觉非常舒适，于是感叹说：“木床已经很耗费了，更何况石床呢。”当即下令把石床毁掉。规定公主出嫁，陪嫁财物不超过二十万，不准有锦绣金玉等贵重物品。朝廷内外都遵守禁令，没有人不崇尚节俭。刘裕性格十分随和，曾经穿着连齿木屐，喜欢出宫到神武门附近散步，随从不过十几人。当时徐羡之住在西州，刘裕曾经想念他，就步行走出西掖门，仪仗队随后赶来时，他已经走出西明门了。儿子们早上前来问候起居，进入内室后脱下官服，只穿裙帽，如同普通人家的父子礼仪。
刘裕微贱时曾在丹徒亲自耕种，即位后，那些农具还有很多保存下来，他下令全部收藏，留给后代。等到文帝驾临旧宫，看到这些农具询问情况，身边的人如实回答，文帝面露惭愧之色。有近侍进言说：“大舜在历山亲自耕种，大禹亲自治理水土，陛下不看到列位圣贤的遗物，怎么能知道耕种的艰难，怎么能知道先帝的高尚品德呢。”到孝武大明年间，拆毁刘裕生前居住的阴室，在那里建造玉烛殿，孝武和群臣一同前往观看，看到床头有土障，墙上挂着葛灯笼、麻绳拂尘，侍中袁顗极力称赞刘裕的节俭美德，孝武没有回答，只说：“一个乡下佬能有这些，已经过分了。”刘裕因此能够拥有天下，成就大业，实在是太伟大了！
少帝刘义符，小字车兵，是武帝刘裕的长子。母亲是张夫人，晋义熙二年，在京口生下刘义符。当时武帝已经年过四十，还没有儿子，刘义符的出生让他非常高兴。十岁时，被封为豫章公世子。刘义符力气过人，擅长骑射，通晓音律。宋台建立后，被封为宋世子。元熙元年，晋升为宋太子。武帝接受禅位后，立他为皇太子。
永初三年五月癸亥日，武帝去世，当天太子刘义符即位称帝，大赦天下，为武帝服丧三年，尊奉皇太后为太皇太后。
六月壬申日，任命尚书仆射傅亮为中书监、尚书令，司空徐羡之、领军将军谢晦和傅亮共同辅政。戊子日，太尉长沙王刘道怜去世。秋九月丁未日，有关部门上奏请求让武皇帝配祭南郊，武敬皇后配祭北郊。冬十一月戊午日，有彗星出现在营室星宿附近。
十二月庚戌日，北魏军队攻克滑台。
景平元年春正月己亥朔日，大赦天下，改元景平，文武官员赐位二等。辛丑日，在南郊祭祀。北魏军队攻打金墉城。癸卯日，河南郡失守。乙卯日，有彗星出现在东壁星宿附近。
二月丁丑日，太皇太后去世。镇军大将军大沮渠蒙逊、河南鲜卑吐谷浑阿豺都派遣使者前来朝贡。庚辰日，晋升大沮渠蒙逊为骠骑大将军，封为河西王。任命阿豺为安西将军、沙州刺史，封为浇河公。
三月壬寅日，孝懿皇后祔葬于兴宁陵。这个月，高丽国派遣使者前来朝贡。
夏闰四月己未日，北魏军队攻克虎牢。
秋七月癸酉日，尊奉生母张夫人为皇太后。丁丑日，赦免五岁刑以下的囚犯。
冬十月己未日，有彗星出现在氐星宿附近。
这一年，北魏明元皇帝去世。
景平二年春二月癸巳朔日，发生日食。废黜南豫州刺史庐陵王刘义真为庶人，迁徙到新安郡。乙巳日，刮起大风，天空出现五色云彩，占卜的人认为这是将有战乱的征兆。执政大臣派遣使者在新安郡诛杀皇弟刘义真。高丽国派遣使者前来朝贡。当时少帝的所作所为多有过失。
夏五月乙酉日，皇太后下令揭露少帝的过错，废黜他为营阳王，完全依照汉昌邑王、晋海西公的旧例。奉迎镇西将军宜都王刘义隆入宫继承皇位。
起初，徐羡之、傅亮准备废黜少帝，暗示王弘、檀道济前来奔丧，王弘等人到达都城后，任命中书舍人邢安泰、潘盛为内应。当天早上，檀道济、谢晦率领军队在前，徐羡之等人随后，趁着东掖门打开，从云龙门进入宫中，潘盛等人事先告诫宿卫士兵，没有人抵抗。当时少帝在华林园设置集市，亲自卖东西，又开掘沟渠，堆积泥土，模仿破冈埭的样子，和身边的人拉着船唱歌呼喊，以此为乐。晚上游览天泉池，在龙舟上睡觉。第二天早上还没有起床，士兵就进入宫中，杀死少帝身边的两个侍从，划伤了少帝的手指，把他扶出东阁，收缴了玉玺绶带。群臣跪拜辞别，把他送往东宫，随后幽禁在吴郡。当天，赦免死罪以下的囚犯。皇太后下令奉还玉玺绶带，檀道济入宫守卫朝堂。六月癸丑日，徐羡之等人派遣中书舍人邢安泰在金昌亭弑杀少帝。少帝有勇力，没有立即被制服，突围逃出昌门，追兵用城门门闩把他击倒，导致他死亡，时年十九岁。
评论说：晋朝自从南迁以来，纲纪松弛紊乱，朝廷大权交替掌握在辅政大臣手中，君主的名分虽然存在，但权威早已丧失。桓温雄才盖世，功勋卓著，篡夺皇位的基业已经奠定，天下百姓的期望将要改变。从此以后，帝王之道更加昏暗，司马道子开启祸端，司马元显加剧灾祸。桓玄趁机崛起，凭借先辈的根基，篡夺皇位，当时人们并没有异议。宋武帝刘裕没有齐、晋那样的雄厚实力，没有强大的军队，却在不到十天的时间里，铲除奸凶，平定暴乱，对内诛杀叛逆，对外肃清敌寇，功勋卓著，震撼上下。至于百姓自愿拥戴，歌颂赞扬，相比魏、晋时期，可以说是名实相符。然而宋武帝即将步入晚年时，年幼的子嗣才刚刚成长，他虽然心怀慈爱，却没有对子嗣进行严格的教诲。少帝本性容易受到不良影响，资质平庸，外界的善恶不能影响他的内心，欲望必定得到满足，阴险放纵的品性与生俱来，危亡的结局也就不可避免，他落到颠沛流离的境地，并非不幸。实在令人悲哀啊！