明代以后，城市的商业演出场所瓦舍勾栏衰落下来，木偶戏就失去了它在城市中固定的落脚之地，不得不退位为城乡市集上走街串巷聚众围观的杂耍表演。又因为戏曲艺术的极大繁荣，导致它由一种与戏曲分庭抗礼的表演艺术进一步退缩为食戏曲余唾的小道杂艺。生存条件的恶劣化，使木偶艺术丧失了往日的辉煌，但却促使它由城市向乡村发展，逐渐开辟出新的局面。

明代民间在操办丧葬的时候，仍然习用木偶戏来冲丧。《金瓶梅词话》里有一些描写。例如第六十五、六十六回写西门庆为二房李瓶儿治丧：首七，亲友女眷祭奠，有地吊锣鼓、鬼判舞队演出；三七，亲友女眷与丧主吴月娘伴宿，在灵前看木偶戏；四七发引，同样演出地吊锣鼓。第八十回写西门庆死：二七，街坊伙计主管等二十余人“叫了一起偶戏，在大卷棚内摆设酒席伴宿，提演的是《孙荣孙华杀狗劝夫》戏文。堂客都在灵旁厅内，围着帷屏，放下帘来，摆放桌旁，朝外观看”。明·谢肇淛《长溪琐语》也记载了一则民居人家演出木偶戏的轶事：“大金所一民妇怀孕弥月，家中偶抹傀儡，演《五显传奇》。”从这些描写可以得知，木偶戏于唐宋时期从“丧家乐”走向了商业化的日常勾栏演出，明代以后又回到人家的红白喜事祭奠演出的位置，走了一个大循环。

清代全国流行的木偶样式主要有三种：杖头木偶、布袋木偶和提线木偶。杖头木偶由演员手举杖竿操纵，分布在黑龙江、辽宁、陕西、河南、湖北、江苏、四川、湖南、广东、广西以及北京、上海等地。由操纵方式又可分为两类，一类是演员藏身幕后，只让木偶和观众见面，这是通常的办法；另一类是演员和木偶同时上台，演员和木偶一起和观众发生感情交流，海南岛的临高一带称之为“鬼仔戏”。这种木偶演出形式和日本的文乐（人形净琉璃）接近。布袋木偶是一种最为简单的木偶，仅由木偶头和布袋样的衣服组成，演出时演员用一只手的手指和手掌操纵，俗称“掌中戏”，道具简陋易挪移，一担即可挑起。清·李斗《扬州画舫录》卷十一谈到在扬州演出的布袋木偶：“（凤阳人）围布作房，支以一木，以五指运三寸傀儡，金鼓喧阗，词白则用叫颡子，均一人为之，谓之肩担戏。”所谓“叫颡子”，就是宋代的“叫子”，模仿人的声音来伴奏和说唱。布袋木偶分布在河北、河南、湖北、四川、湖南等地。其中也有比较复杂的，例如福建晋江布袋木偶，制作精细，雕刻精美，有的偶头眼睛、嘴巴可以活动，还有手脚，操纵也困难得多。提线木偶是用线悬吊操纵的木偶，在陕西、福建、浙江、江苏、广东、湖南等地都有它的踪影。

木偶戏最初兴盛于唐朝，唐朝的都城长安（今西安）应该是它的中心，因此后来陕西、山西以及川北一带都受到其直接承传影响，形成一个系统。西北的木偶有提线和杖头两种，例如陕西合阳提线木偶、山西“肘偶”（杖头木偶）等。川北木偶里的“大木脑壳”最为著名，是今天所见到的木偶里面个头最大的，其偶头和身体与真人相接近，属于杖头木偶，艺人用粗竹竿擎起表演。演出时和真人同台，由幼童站在成人肩上担任主角，木偶演配角，清代称作“阴阳班”，部分保留了宋代肉傀儡“以小儿后生辈为之”（宋·灌圃耐得翁《都城纪胜》“瓦舍众伎”条）的传统。道光时曾出现一个雕造名手杨代，其作品流传到现代。川北又有“二木偶”和“京木偶”，前者是“大木脑壳”的缩小，因为“大木脑壳”体型过大，不易携带保存，因此产生了较小的“二木偶”。

南宋时期木偶戏的活动中心是杭州，因此浙江木偶可能是从南宋时期传习下来的，提线、杖头、布袋几种形式俱全。而江浙、福建一带的木偶戏大概都受到其影响。福建近代以提线木偶和布袋木偶著称，泉州的提线木偶、晋江的布袋木偶为其佼佼者，而漳州和泉州近代都产生了著名的木偶制作艺人，漳州有徐松年，泉州有江加走。由于福建泉州一带在宋代与印度海上交通频繁，许地山认为福建泉州傀儡戏的渊源，可能与印度的拟傀儡有关。至少福建傀儡有可能受到印度傀儡艺术的影响。江苏有提线木偶和杖头木偶两种，其提线木偶用口吹叫子模仿人声唱戏，可能是清代从山东传入，第一代艺人为兴化县的徐小六子、姚麻子、焦老二、焦老三等；第二代有徐宋官、姚芬子、焦宝宽、焦宝德、申子清等。湖南是木偶和皮影的大省，近代统计仍有木偶戏箱近百副，皮影戏箱两百余副，从业人员七八百人。

北方几省流行的扁担戏是形式最为简陋的木偶戏，只由一人肩挑戏具四处赶场，演出时的表演扮奏唱念等也都由一人承担，北京人称之为“苟利子”，清·敦礼臣《燕京岁时记》说：“苟利子，即傀儡子，乃一人在布帷子中，头顶小台，演唱《打虎》、《跑马》诸杂剧。”清·无名氏《一岁货声》云：“耍傀儡子，一人挑担鸣锣，前囊后笼。耍时以肩杖支起前囊，上有木雕小台阁，下垂蓝布，人笼皆在其中。笼内作偶人鸣锣衔哨，连耍带唱。有八大出之名：《香山还愿》、《铡美案》、《高老庄》、《五鬼捉刘氏》、《武大郎乍尸》、《卖豆腐》、《王小儿打虎》、《李翠莲》。”这和《扬州画舫录》里所说的安徽凤阳“肩担戏”形式接近。

北京在清代有提线木偶、杖头木偶以及一种“推偶”的演出。清·黄竹堂《日下新讴》中有一首咏北京傀儡戏的诗曰：“傀儡排场有数般，居然优孟具衣冠。丝牵板托竿头戳，弄影还从纸上看。”自注说：“傀儡之戏不一，有从上以长丝牵引者为提偶，有以板托平移者为推偶，有置于竿首自下持之运动者为戳偶。”“推偶”又称“托偶”，清·敦礼臣《燕京岁时记》说：“托偶即傀儡子，又名大宫戏。”木偶戏被称为宫戏是因为清代前期被征入内廷供奉，当其盛时，也有四大名班之说，其中金鳞班一直演到民国初年。近人柴桑《京师偶记》说：“乾道同光之间，盛行于时……今则渐归淘汰。硕果仅存者，曰金鳞班，悬牌于护国寺等街口，营业亦萧瑟……”宫戏演出常有当时的南府内学太监内廷供奉名伶在幕后代唱，称为“钻筒子”。宫戏有一位著名木偶制造师名戴文魁，《京师偶记》说：“清代制宫戏之巧工曰戴文魁。其木偶则长三尺，台周回障以蓝色布，高逾人顶。其上则设置戏场，朱栏绣幌，华丽遹皇。每一木偶以一人举而弄之，动作身段与真者无异。后方围书画屏集，内行弦板列座，念唱与场上神情相合。”

木偶戏最初大概是运用说唱曲调来演唱的。明清以来，由于地方戏曲的兴盛和受到地方观众的热烈欢迎与喜爱，各地的木偶戏大多逐渐采用了地方戏声腔来演唱，从而成为各地方剧种的附属，例如京剧、评剧、秦腔、晋剧、闽剧、豫剧、汉剧、湘剧、赣剧、川剧、粤剧等唱腔，都有自己的木偶戏。然而也有个别地区的木偶戏发展起自身独具的音乐唱腔，反过来影响到地方戏曲剧种，例如陕西的合阳线戏就从木偶戏唱腔基础上形成，福建的打城戏也搬用了泉州提线木偶的音乐。

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