武帝上
高祖武皇帝讳裕，字德舆，小名寄奴，彭城县绥舆里人，汉高帝弟楚元王交之后也。交生红懿侯富，富生宗正辟强，辟强生阳城缪侯德，德生阳城节侯安民，安民生阳城釐侯庆忌，庆忌生阳城肃侯岑，岑生宗正平，平生东武城令某，某生东莱太守景，景生明经洽，洽生博士弘，弘生琅邪都尉悝，悝生魏定襄太守某，某生邪城令亮，亮生晋北平太守膺，膺生相国掾熙，熙生开封令旭孙，旭孙生混，始过江，居晋陵郡丹徒县之京口里，官至武原令。混生东安太守靖，靖生郡功曹翘，是为皇考。高祖以晋哀帝兴宁元年岁次癸亥三月壬寅夜生。及长，身长七尺六寸，风骨奇特。家贫，有大志，不治廉隅。事继母以孝谨称。
初为冠军孙无终司马。安帝隆安三年十一月，妖贼孙恩作乱于会稽，晋朝卫将军谢琰、前将军刘牢之东讨。牢之请高祖参府军事。十二月，牢之至吴，而贼缘道屯结，牢之命高祖与数十人，觇贼远近。会遇贼至，众数千人，高祖便进与战。所将人多死，而战意方厉，手奋长刀，所杀伤甚众。牢之子敬宣疑高祖淹久，恐为贼所困，乃轻骑寻之。既而众骑并至，贼乃奔退，斩获千余人，推锋而进，平山阴，恩遁还入海。四年五月，恩复入会稽，杀卫将军谢琰。十一月，刘牢之复率众东征，恩退走。牢之屯上虞，使高祖戍句章城。句章城既卑小，战士不盈数百人。高祖常被坚执锐，为士卒先，每战辄摧锋陷阵，贼乃退还浃口。于时东伐诸帅，御军无律，士卒暴掠，甚为百姓所苦。唯高祖法令明整，所至莫不亲赖焉。
五年春，孙恩频攻句章，高祖屡摧破之，恩复走入海。三月，恩北出海盐，高祖追而翼之，筑城于海盐故治。贼日来攻城，城内兵力甚弱，高祖乃选敢死之士数百人，咸脱甲胄，执短兵，并鼓噪而出。贼震惧夺气，因其惧而奔之，并弃甲散走，斩其大帅姚盛。虽连战克胜，然众寡不敌，高祖独深虑之。一夜，偃旗匿众，若已遁者。明晨开门，使羸疾数人登城。贼遥问刘讳所在，曰：“夜已走矣。”贼信之，乃率众大上。高祖乘其懈怠，奋击，大破之。恩知城不可下，乃进向沪渎。高祖复弃城追之。海盐令鲍陋遣子嗣之以吴兵一千，请为前驱。高祖曰：“贼兵甚精，吴人不习战。若前驱失利，必败我军，可在后为声援。”不从。是夜，高祖多设伏兵，兼置旗鼓，然一处不过数人。明日，贼率众万余迎战。前驱既交，诸伏皆出，举旗鸣鼓。贼谓四面有军，乃退。嗣之追奔，为贼所没。高祖且战且退，贼盛，所领死伤且尽。高祖虑不免，至向伏兵处，乃止，令左右脱取死人衣。贼谓当走反停，疑犹有伏。高祖因呼更战，气色甚猛，贼众以为然，乃引军去。高祖徐归，然后散兵稍集。五月，孙恩破沪渎，杀吴国内史袁山松，死者四千人。是月，高祖复破贼于娄县。六月，恩乘胜浮海，奄至丹徒，战士十余万。刘牢之犹屯山阴，京邑震动。高祖倍道兼行，与贼俱至。于时众力既寡，加以步远疲劳，而丹徒守军莫有斗志。恩率众数万，鼓噪登蒜山，居民皆荷担而立。高祖率所领奔击，大破之，投巘赴水死者甚众。恩以彭排自载，仅得还船。虽被摧破，犹恃其众力，径向京师。楼船高大，值风不得进，旬日乃至白石。寻知刘牢之已还，朝廷有备，遂走向郁洲。八月，以高祖为建武将军、下邳太守，领水军追恩至郁洲，复大破恩，恩南走。十一月，高祖追恩于沪渎，及海盐，又破之。三战，并大获，俘馘以万数。恩自是饥馑疾疫，死者太半，自浃口奔临海。
元兴元年正月，骠骑将军司马元显西伐荆州刺史桓玄，玄亦率荆楚大众，下讨元显。元显遣镇北将军刘牢之拒之，高祖参其军事，次溧洲。玄至，高祖请击之，不许，将遣子敬宣诣玄请和。高祖与牢之甥东海何无忌并固请，不从。遂遣敬宣诣玄，玄克京邑，杀元显，以牢之为会稽内史。惧而告高祖曰：“便夺我兵，祸其至矣。今当北就高雅于广陵举事，卿能从我去乎？”答曰：“将军以劲卒数万，望风降服。彼新得志，威震天下。三军人情，都已去矣，广陵岂可得至邪！讳当反复还京口耳。”牢之叛走，自缢死。何无忌谓高祖曰：“我将何之？”高祖曰：“镇北去必不免，卿可随我还京口。桓玄必能守节北面，我当与卿事之。不然，与卿图之。今方是玄矫情任算之日，必将用我辈也。”桓玄从兄修以抚军镇丹徒，以高祖为中兵参军，军、郡如故。
孙恩自奔败之后，徒旅渐散，惧生见获，乃于临海投水死。余众推恩妹夫卢循为主。桓玄欲且缉宁东土，以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。五月，玄复遣高祖东征。时循自临海入东阳。二年正月，玄复遣高祖破循于东阳。循奔永嘉，复追破之，斩其大帅张士道，追讨至于晋安，循浮海南走。六月，加高祖彭城内史。
桓玄为楚王，将谋篡盗。玄从兄卫将军谦屏人问高祖曰：“楚王勋德隆重，四海归怀。朝廷之情，咸谓宜有揖让，卿意以为何如？”高祖既志欲图玄，乃逊辞答曰：“楚王，宣武之子，勋德盖世。晋室微弱，民望久移，乘运禅代，有何不可！”谦喜曰：“卿谓可尔，便当是真可尔。”十二月，桓玄篡帝位，迁天子于寻阳。桓修入朝，高祖从至京邑。玄见高祖，谓司徒王谧曰：“昨见刘讳，风骨不恆，盖人杰也。”每游集，辄引接殷勤，赠赐甚厚。高祖愈恶之。或说玄曰：“刘讳龙行虎步，视瞻不凡，恐不为人下，宜蚤为其所。”玄曰：“我方欲平荡中原，非刘讳莫可付以大事。关陇平定，然后当别议之耳。”玄乃下诏曰：“刘讳以寡制众，屡摧妖锋，泛海穷追，十殄其八。诸将力战，多被重创。自元帅以下至于将士，并宜论赏，以叙勋烈。”
先是，高祖东征卢循，何无忌随至山阴，劝于会稽举义。高祖以为玄未据极位，且会稽遥远，事济为难，俟其篡逆事著，徐于京口图之，不忧不克。至是桓修还京，高祖托以金创疾动，不堪步从，乃与无忌同船共还，建兴复之计。于是与弟道规、沛郡刘毅、平昌孟昶、任城魏咏之、高平檀凭之、琅邪诸葛长民、太原王元德、陇西辛扈兴、东莞童厚之，并同义谋。时桓修弟弘为征虏将军、青州刺史，镇广陵。道规为弘中兵参军，昶为州主簿。乃令毅潜往就昶，聚徒于江北，谋起兵杀弘。长民为豫州刺史刁逵左军府参军，谋据历阳相应。元德、厚之谋于京邑，聚众攻玄，并克期齐发。
三年二月己丑朔，乙卯，高祖托以游猎，与无忌等收集义徒，凡同谋何无忌、魏咏之、咏之弟欣之、顺之、檀凭之、凭之从子韶、弟祗、隆与叔道济、道济从兄范之、高祖弟道怜、刘毅、毅从弟籓、孟昶、昶族弟怀玉、河内向弥、管义之、陈留周安穆、临淮刘蔚、从弟珪之、东莞臧熹、从弟宝符、从子穆生、童茂宗、陈郡周道民、渔阳田演、谯国范清等二十七人；愿从者百余人。丙辰，诘旦，城开，无忌服传诏服，称诏居前。义众驰入，齐声大呼，吏士惊散，莫敢动，即斩修以徇。高祖哭甚恸，厚加殡敛。孟昶劝弘其日出猎。未明开门，出猎人，昶、道规、毅等率壮士五六十人因开门直入。弘方啖粥，即斩之，因收众济江。义军初克京城，修司马刁弘率文武佐吏来赴。高祖登城谓之曰：“郭江州已奉乘舆反正于寻阳，我等并被密诏，诛除逆党，同会今日。贼玄之首，已当枭于大航矣。诸君非大晋之臣乎，今来欲何为？”弘等信之，收众而退。毅既至，高祖命诛弘。
毅兄迈先在京师，事未发数日，高祖遣同谋周安穆报之，使为内应。迈外虽酬许，内甚震惧。安穆见其惶骇，虑事必泄，乃驰归。时玄以迈为竟陵太守，迈不知所为，便下船欲之郡。是夜，玄与迈书曰：“北府人情云何？卿近见刘讳何所道？”迈谓玄已知其谋，晨起白之。玄惊惧，封迈为重安侯，既而嫌迈不执安穆，使得逃去，乃杀之。诛元德、扈兴、厚之等。召桓谦、卞范之等谋拒高祖。谦等曰：“亟遣兵击之。”玄曰：“不然。彼兵速锐，计出万死。若行遣水军，不足相抗；如有蹉跌，则彼气成而吾事败矣！不如屯大众于覆舟山以待之。彼空行二百里，无所措手，锐气已挫，既至，忽见大军，必惊惧骇愕。我案兵坚阵，勿与交锋。彼求战不得，自然散走。此计之上也。”谦等固请，乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北拒义军。玄自闻军起，忧惧无复为计。或曰：“刘讳等众力甚弱，岂办之有成，陛下何虑之甚！”玄曰：“刘讳足为一世之雄，刘毅家无担石之储，摴蒲一掷百万；何无忌，刘牢之甥，酷似其舅。共举大事，何谓无成。”
众推高祖为盟主，移檄京邑，曰：
夫治乱相因，理不常泰，狡焉肆虐，或值圣明。自我大晋，阳九屡构。隆安以来，难结皇室。忠臣碎于虎口，贞良弊于豺狼。逆臣桓玄，陵虐人鬼，阻兵荆郢，肆暴都邑。天未亡难，凶力繁兴，逾年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所；神器沉沦，七庙毁坠。夏后之罹浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于玄，未足为喻。自玄篡逆，于今历年，亢旱弥时，民无生气。加以士庶疲于转输，文武困于造筑，父子乖离，室家分散，岂唯《大东》有杼轴之悲，《摽梅》有倾筐之怨而已哉！仰观天文，俯察人事，此而能久，孰有可亡！凡在有心，谁不扼腕。讳等所以叩心泣血，不遑启处者也。是故夕寐宵兴，援奖忠烈，潜构崎岖，险过履虎。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兗州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘籓、振威将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈奋袂，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等，并率部曲，保据石头。扬武将军诸葛长民，收集义士，已据历阳。征虏参军庾赜之等，潜相连结，以为内应。同力协规，所在蜂起，即日斩伪徐州刺史安城王修、青州刺史弘首。义众既集，文武争先，咸谓不有一统，则事无以辑。讳辞不获已，遂总军要。庶上凭祖宗之灵，下罄义夫之力，翦馘逋逆，荡清京辇。公侯诸君，或世树忠贞，或身荷爵宠，而并俯眉猾竖，自效莫由，顾瞻周道，宁不吊乎！今日之举，良其会也。讳以虚薄，才非古人，接势于已替之机，受任于既颓之运。丹诚未宣，感慨愤跃，望霄汉以永怀，眄山川以增厉。授檄之日，神驰贼廷。
以孟昶为长史，总摄后事；檀凭之为司马。百姓愿从者千余人。三月戊午朔，遇吴甫之于江乘。甫之，玄骁将也，其兵甚锐。高祖躬执长刀，大呼以冲之，众皆披靡，即斩甫之。进至罗落桥，皇甫敷率数千人逆战。宁远将军檀凭之与高祖各御一队，凭之战败见杀，其众退散。高祖进战弥厉，前后奋击，应时摧破，即斩敷首。初，高祖与何无忌等共建大谋，有善相者相高祖及无忌等并当大贵，其应甚近，惟云凭之无相。高祖与无忌密相谓曰：“吾等既为同舟，理无偏异。吾徒咸皆富贵，则檀不应独殊。”深不解相者之言。至是而凭之战死，高祖知其事必捷。
玄闻敷等并没，愈惧，使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西，众合二万。己未旦，义军食毕，弃其余粮，进至覆舟山东，使丐士张旗帜于山上，以为疑兵；玄又遣武骑将军庾祎之，配以精卒利器，助谦等。高祖躬先士卒以奔之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。时东北风急，因命纵火，烟焰张天，鼓噪之音震京邑。谦等诸军，一时土崩。玄始虽遣军置阵，而走意已决，别使领军将军殷仲文具舟于石头，仍将子侄浮江南走。庚申，高祖镇石头城，立留台，总百官，焚桓温神主于宣阳门外，造晋新主，立于太庙。遣诸将帅追玄，尚书王嘏率百官奉迎乘舆。司徒王谧与众议推高祖领扬州，固辞。乃以谧为录尚书事，领扬州刺史。于是推高祖为使持节、都督扬徐兗豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
先是，朝廷承晋氏乱政，百司纵弛，桓玄虽欲厘整，而众莫从之。高祖以身范物，先以威禁内外，百官皆肃然奉职。二三日间，风俗顿改。且桓玄虽以雄豪见推，而一朝便有极位，晋氏四方牧守及在朝大臣，尽心伏事，臣主之分定矣。高祖位微于朝，众无一旅，奋臂草莱之中，倡大义以复皇祚。由是王谧等诸人时众民望，莫不愧而惮焉。
诸葛长民失期不得发，刁逵执送之，未至而玄败。玄经寻阳，江州刺史郭昶之备乘舆法物资之。玄收略得二千余人，挟天子走江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率诸军追讨。尚书左仆射王愉、愉子荆州刺史绥等，江左冠族。绥少有重名，以高祖起自布衣，甚相凌忽。绥，桓氏甥，亦有自疑之志。高祖悉诛之。四月，奉武陵王遵为大将军，承制，大赦天下，唯桓玄一祖后不在赦例。
初，高祖家贫，尝负刁逵社钱三万，经时无以还。逵执录甚严，王谧造逵见之，密以钱代还，由是得释。高祖名微位薄，盛流皆不与相知，唯谧交焉。桓玄将篡，谧手解安帝玺绂，为玄佐命功臣。及义旗建，众并谓谧宜诛，唯高祖保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：“王驹无罪，而义旗诛之，此是剪除胜己，以绝民望。兄既桓氏党附，名位如此，欲求免得乎？”驹，愉小字也。谧惧，奔于曲阿。高祖笺白大将军，深相保谧，迎还复位。光禄勋丁承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀役使官人，为御史中丞王祯之所纠察，谢笺言辞怨忿。承之造司宜藏。高祖与大将军笺，白“粲等备位大臣，所怀必尽，执宪不允，自应据理陈诉，而横兴怨忿，归咎有司，宜加裁当，以清风轨”。并免官。
桓玄兒子韶，聚众向历阳，高祖命辅国将军诸葛长民击走之。无忌、道规破玄大将郭钤等于桑落洲，众军进据寻阳。加高祖督江州诸军事。玄既还荆郢，大聚兵众，召水军造楼船、器械，率众二万，挟天子发江陵，浮江东下，与冠军将军刘殷等相遇于峥嵘洲，众军下击，大破之。玄弃众，复挟天子还复江陵。玄党殷仲文奉晋二皇后还京师。玄至江陵，因西走。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产奉天子入南郡府。初，征虏将军、益州刺史毛璩，遣从孙祐之与参军费恬送弟丧下，有众二百。璩弟子修之时为玄屯骑校尉，诱玄以入蜀。至枚回洲，恬与祐之迎射之。益州督护冯迁斩玄首，传京师，又斩玄子升于江陵市。
初，玄败于峥嵘洲，义军以为大事已定，追蹑不速。玄死几一旬，众军犹不至。玄从子振逃于华容之涌中，招聚逆党数千人，晨袭江陵城，居民竞出赴之。腾之、康产皆被杀。桓谦先匿于沮川，亦聚众以应。振为玄举哀，立丧廷。谦率众官奉玺绶于安帝。无忌、道规既至江陵，与桓振战于灵溪。玄党冯该又设伏于杨林，义军奔败，退还寻阳。兗州刺史辛禺怀贰。会北青州刺史刘该反，禺求征该，次淮阴，又反。禺长史羊穆之斩禺，传首京师。十月，高祖领青州刺史。甲仗百人入殿。
刘毅诸军复进至夏口。毅攻鲁城，道规攻偃月垒，皆拔之。十二月，诸军进平巴陵。义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。天子反正。三月，天子至自江陵。诏曰：
古称大者天地，其次君臣，所以列贯三辰，神人代序，谅理本于造昧，而运周于万叶。故盈否时袭，四灵通其变；王道或昧，贞贤拯其危。天命所以永固，人心所以攸穆。虽夏、周中倾，赖靡、申之绩，莽、伦载窃，实二代是维，或乘资藉号，或业隆异世，犹诗书以之休咏，记策用为美谈。未有因心抚民，而诚发理应，援神器于已沦，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘闵，属当屯极。逆臣桓玄，乘衅纵慝，穷凶恣虐，滔天猾夏。遂诬罔人神，肆其篡乱。祖宗之基既湮，七庙之飨胥殄，若坠渊谷，未足斯譬。
皇度有晋，天纵英哲，使持节、都督扬徐兗豫青冀幽并江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史，忠诚天亮，神武命世，用能贞明协契，义夫响臻。故顺声一唱，二溟卷波；英风振路，宸居清翳。暨冠军将军毅、辅国将军无忌、振武将军道规，舟旗遄迈，而元凶传首；回戈叠挥，则荆、汉雾廓。俾宣、元之祚，永固于嵩、岱；倾基重造，再集于朕躬。宗庙歆七百之祜，皇基融载新之命。念功惟德，永言铭怀。固已道冠开辟，独绝终古，书契以来，未之前闻矣。虽则功高靡尚，理至难文，而崇庸命德，哲王攸先者，将以弘道制治，深关盛衰。故伊、望膺殊命之锡，桓、文飨备物之礼，况宏征不世，顾邈百代者，宜极名器之隆，以光大国之盛。而镇军谦虚自衷，诚旨屡显。朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。镇军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。显祚大邦，启兹疆宇。
高祖固让；加录尚书事，又不受，屡请归籓。天子不许，遣百僚敦劝，又亲幸公第。高祖惶惧，诣阙陈请，天子不能夺。是月，旋镇丹徒。天子重遣大使敦劝，又不受。乃改授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并前十六州诸军事，本官如故。于是受命解青州，加领兗州刺史。
卢循浮海破广州，获刺史吴隐之。即以循为广州刺史，以其同党徐道覆为始兴相。二年三月，督交、广二州。十月，高祖上言曰：“昔天祸皇室，巨狡纵篡，臣等义惟旧隶，豫蒙国恩，仰契信顺之符，俯厉人臣之愤，虽社稷之灵，抑亦事由众济。其翼奖忠勤之佐，文武毕力之士，敷执在己之谦，用亏国体之大，辄申摄众军先上，同谋起义，始平京口、广陵二城。臣及抚军将军毅等二百七十二人，并后赴义出都，缘道大战，所余一千五百六十六人。又辅国将军长民、故给事中王元德等十人，各一千八百四十八人，乞正封赏。其西征众军，须论集续上。”于是尚书奏封唱义谋主镇军将军讳豫章郡公，食邑万户，赐绢三万匹。其余封赏各有差。镇军府佐吏，降故太傅谢安府一等。十一月，天子重申前令，加高祖侍中，进号车骑将军、开府仪同三司。固让。诏遣百僚敦劝。三年二月，高祖还京师，将诣廷尉；天子先诏狱官不得受，诣阙陈让，乃见听。旋于丹徒。
闰月，府将骆冰谋作乱，将被执，单骑走，追斩之。诛冰父永嘉太守球。球本东阳郡史，孙恩之乱，起义于长山，故见擢用。初，桓玄之败，以桓冲忠贞，署其孙胤。至是冰谋以胤为主，与东阳太守殷仲文潜相连结。乃诛仲文及仲文二弟。凡桓玄余党，至是皆诛夷。
天子遣兼太常葛籍授公策曰：“有扈滔天，夷羿乘衅，乱节干纪，实挠皇极。贼臣桓玄，怙宠肆逆，乃摧倾华、霍，倒拔嵩、岱，五岳既夷，六地易所。公命世英纵，藏器待时，因心资敬，誓雪国耻。慨愤陵夷，诚发宵寐。既而岁月屡迁，神器已远，忠孝幽寄，实贯三灵。尔乃介石胜机，宣契毕举，诉苍天以为正，挥义旅而一驱；奔锋数百，势烈激电，百万不能抗限，制路日直植城。遂使冲鲸溃流，暴鳞奔汉，庙胜远加，重氛载涤，二仪廓清，三光反照，事遂永代，功高开辟，理微称谓，义感朕心。若夫道为身济，犹縻厥爵，况乃诚德俱深，勋冠天人者乎！是用建兹邦国，永祚山河，言念载怀，匪云足报。往钦哉！俾屏余一人，长弼皇晋，流风垂祚，晖烈无穷。其降承嘉策，对扬朕命。”十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。
四年正月，征公入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书、徐兗二州刺史如故。表解兗州。先是，遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而返。九月，以敬宣挫退，逊位，不许。乃降为中军将军，开府如故。
初，伪燕王鲜卑慕容德僭号于青州，德死，兄子超袭位，前后数为边患。五年二月，大掠淮北，执阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱略千余家。三月，公抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。四月，舟师发京都，溯淮入泗。五月，至下邳，留船舰辎重，步军进琅邪；所过皆筑城留守。鲜卑梁父、莒城二戍并奔走。慕容超闻王师将至，其大将公孙五楼说超：“宜断据大岘，刈除粟苗，坚壁清野以待之。彼侨军无资，求战不得，旬月之间，折棰以笞之耳。”超不从，曰：“彼远来疲劳，势不能久；但当引令过岘，我以铁骑践之，不忧不破也。岂有预芟苗稼，先自蹙弱邪！”初，公将行，议者以为贼闻大军远出，必不敢战。若不断大岘，当坚守广固，刈粟清野，以绝三军之资，非唯难以有功，将不能自反。公曰：“我揣之熟矣。鲜卑贪，不及远计，进利克获，退惜粟苗。谓我孤军远入，不能持久，不过进据临朐，退守广固。我一得入岘，则人无退心，驱必死之众，向怀贰之虏，何忧不克！彼不能清野固守，为诸君保之。”公既入岘，举手指天曰：“吾事济矣！”
六月，慕容超遣五楼及广宁王贺赖卢先据临朐城。既闻大军至，留羸老守广固，乃悉出。临朐有巨蔑水，去城四十里，超告五楼曰：“急往据之，晋军得水，则难击也。”五楼驰进。龙骧将军孟龙符领骑居前，奔往争之，五楼乃退。众军步进，有车四千两，分车为两翼，方轨徐行，车悉张幔，御者执槊，又以轻骑为游军。军令严肃，行伍齐整。未及临朐数里，贼铁骑万余，前后交至。公命兗州刺史刘籓、弟并州刺史道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等，齐力击之。日向昃，公遣谘议参军檀韶直趋临朐。韶率建威将军向弥、参军胡籓驰往，既日陷城，斩其牙旗，悉虏超辎重。超闻临朐已拔，引众走。公亲鼓之，贼乃大破。超遁还广固。获超马、伪辇、玉玺、豹尾等，送于京师；斩其大将段晖等十余人，其余斩获千计。明日，大军进广固，既屠大城。超退保小城。于是设长围守之，围高三丈，外穿三重堑。停江、淮转输，馆谷于齐土。抚纳降附，华戎欢悦；援才授爵，因而任之。七月，诏加公北青、冀二州刺史。超大将垣遵、遵弟苗并率众归顺。公方治攻具，城上人曰：“汝不得张纲，何能为也。”纲者，超伪尚书郎，其人有巧思。会超遣纲称籓于姚兴，乞师请救。兴伪许之，而实惮公，不敢遣。纲从长安还，泰山太守申宣执送之。乃升纲于楼上，以示城内，城内莫不失色。于是使纲大治攻具。超求救不获，纲反见虏，转忧惧，乃请称籓，求割大岘为界，献马千匹。不听，围之转急。河北居民荷戈负粮至者，日以千数。
录事参军刘穆之，有经略才具，公以为谋主，动止必谘焉。时姚兴遣使告公云：“慕容见与邻好，又以穷告急，今当遣铁骑十万，径据洛阳。晋军若不退者，便当遣铁骑长驱而进。”公呼兴使答曰：“语汝姚兴，我定燕之后，息甲三年，当平关、洛。今能自送，便可速来！”穆之闻有羌使，驰入，而公发遣已去。以兴所言并答，具语穆之。穆之尤公曰：“常日事无大小，必赐与谋之。此宜善详之，云何卒尔便答？公所答兴言，未能威敌，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不审何以待之？”公笑曰：“此是兵机，非卿所解，故不语耳。夫兵贵神速，彼若审能遣救，必畏我知，宁容先遣信命。此是其见我伐燕，内已怀惧，自张之辞耳。”九月，进公太尉、中书监，固让。伪徐州刺史段宏先奔索虏，十月，自河北归顺。
张纲治攻具成，设诸奇巧，飞楼木幔之属，莫不毕备。城上火石弓矢，无所用之。六年二月丁亥，屠广固。超逾城走，征虏贼曹乔胥获之，杀其亡命以下，纳口万余，马二千匹。送超京师，斩于建康市。
公之北伐也，徐道覆仍有窥窬之志，劝卢循乘虚而出，循不从。道覆乃至番禺说循曰：“本住岭外，岂以理极于此，正以刘公难与为敌故也。今方顿兵坚城之下，未有旋日。以此思归死士，掩袭何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机而保一日之安，若平齐之后，小息甲养众，不过一二年间，必玺书征君。若刘公自率众至豫章，遣锐师过岭，虽复将军神武，恐必不能当也。今日之机，万不可失。既克都邑，倾其根本。刘公虽还，无能为也。”循从之，乃率众过岭。是月，寇南康、庐陵、豫章，诸郡守皆委任奔走。于时平齐问未至，既驰使征公。公之初克齐也，欲停镇下邳，清荡河、洛，既而被征使至，即日班师。
镇南将军何无忌与徐道覆战于豫章，败绩，无忌被害，内外震骇。朝廷欲奉乘舆北走就公，寻知贼定未至，人情小安。公至下邳，以船运辎重，自率精锐步归。至山阳，闻无忌被害，则虑京邑失守，乃卷甲兼行，与数十人至淮上，问行旅以朝廷消息。人曰：“贼尚未至，刘公若还，便无所忧也。”公大喜，单船过江，径至京口，众乃大安。四月癸未，公至京师，解严息甲。
抚军将军刘毅抗表南征，公与毅书曰：“吾往习击妖贼，晓其变态，新获奸利，其锋不可轻。宜须装严毕，与弟同举。”又遣毅从弟籓往止之。毅不从，舟师二万，发自姑孰。循之初下也，使道覆向寻阳，自寇湘中诸郡。荆州刺史道规遣军至长沙，为循所败。径至巴陵，将向江陵。道覆闻毅上，驰使报循曰：“毅兵众甚盛，成败事系之于此，宜并力摧之。若此克捷，天下无复事矣。根本既定，不忧上面不平也。”循即日发巴陵，与道覆连旗而下。别有八艚舰九枚，起四层，高十二丈。公以南籓覆没，表送章绶，诏不听。五月，刘毅败绩于桑落洲，弃船步走，余众不得去者，皆为贼所擒。初，循至寻阳，闻公已还，不信也。既破毅，乃审凯入之问，并相视失色。循欲退还寻阳，进平江陵，据二州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。疑议多日，乃见从。
毅败问至，内外汹扰。于时北师始还，多创痍疾病。京师战士，不盈数千。贼既破江、豫二镇，战士十余万，舟车百里不绝。奔败还者，并声其雄盛。孟昶、诸葛长民惧寇渐逼，欲拥天子过江，公不听，昶固请不止。公曰：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自瓦解土崩，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死卫社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。我既决矣，卿勿复言！”昶恐其不济，乃为表曰：“臣讳北讨，众并不同，唯臣赞讳行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。今谨引分以谢天下。”封表毕，乃仰药而死。
于是大开赏募，投身赴义者，一同登京城之科。发居民治石头城，建牙戒严。时议者谓宜分兵守诸津要。公以为：“贼众我寡，若分兵屯，则人测虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令贼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。”移屯石头，乃栅淮断查浦。既而群贼大至，公策之曰：“贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事，未可量也；若回泊西岸，此成擒耳。”
道覆欲自新亭、白石焚舟而上。循多疑少决，每欲以万全为虑，谓道覆曰：“大军未至，孟昶便望风自裁，大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，既非必定之道，且杀伤士卒，不如按兵待之。”公于时登石头城以望循军，初见引向新亭，公顾左右失色；既而回泊蔡洲。道覆犹欲上，循禁之。自是众军转集，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆守以实众。冠军将军刘敬宣屯北郊，辅国将军孟怀玉屯丹阳郡西，建武将军王仲德屯越城，广武将军刘默屯建阳门外。使宁朔将军索邈领鲜卑具装虎班突骑千余匹，皆被练五色，自淮北至于新亭。贼并聚观，咸畏惮之；然犹冀京邑及三吴有应之者。遣十余舰来拔石头栅。公命神弩射之，发辄摧陷，循乃止，不复攻栅。设伏兵于南岸，使羸老悉乘舟舰向白石。公忧其从白石步上，乃率刘毅、诸葛长民北出拒之，留参军徐赤特戍南岸，命坚守勿动。公既去，贼焚查浦步上，赤特军战败，死没有百余人。赤特弃余众，单舸济淮，贼遂率数万屯丹阳郡。公率诸军驰归，众忧贼过，咸谓公当径还拒战，公先分军还石头，众莫之晓。解甲息士，洗浴饮食之，乃出列陈于南塘。以赤特违处分，斩之。命参军诸葛叔度、硃龄石率劲勇士千余人过淮。群贼数千，皆长刀矛钅延，精甲曜日，奋跃争进。龄石所领多鲜卑，善步槊，并结陈以待之。贼短兵弗能抗，死伤者数百人，乃退走。会日暮，众亦归。
刘毅之败，豫州主簿袁兴国反叛，据历阳以应贼。琅邪内史魏顺之遣将谢宝讨斩之。兴国司马袭宝，顺之不救而退，公怒斩之。顺之，咏之之弟也。于是功臣震慑，莫敢不用命。六月，更授公太尉、中书监，加黄钺。受黄钺，余固辞。以司马庾悦为建威将军、江州刺史，自东阳出豫章。七月庚申，群贼自蔡洲南走，还屯寻阳。遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追之。公还东府，大治水军，皆大舰重楼，高者十余丈。卢循遣其大将荀林寇江陵，桓谦先于江陵奔羌，又自羌入蜀，伪主谯纵以为荆州刺史。谦及谯道福率军二万，出寇江陵，适与林会，相去百余里。荆州刺史道规斩谦于枝江，破林于江津，追至竹町，斩之。初，循之走也，公知其必寇江陵，登遣淮陵内史索邈领马军步道援荆州；又遣建威将军孙季高率众三千，自海道袭番禺。江州刺史庾悦至五亩峤，贼遣千余人据断峤道，悦前驱鄱阳太守虞丘进攻破之。公治兵大办。十月，率兗州刺史刘籓、宁朔将军檀韶等舟师南伐。以后将军刘毅监太尉留守府，后事皆委焉。是月，徐道覆率众三万寇江陵。荆州刺史道规又大破之，斩首万余级，道覆走还盆口。初，公之遣索邈也，邈在道为贼所断，道覆败后方达。自循东下，江陵断绝京邑之问，传者皆云已没。及邈至，方知循走。
循初自蔡洲南走，留其亲党范崇民五千人，高舰百余，戍南陵。王仲德等闻大军且至，乃进攻之。十一月，大破崇民军，焚其舟舰，收其散卒。循广州守兵，不以海道为防。是月，建威将军孙季高乘海奄至，而城池峻整，兵犹数千。季高焚贼舟舰，悉力而上，四面攻之，即日屠其城。循父以轻舟奔始兴。季高抚其旧民，戮其亲党，勒兵谨守。初，公之遣季高也，众咸以海道艰远，必至为难；且分撤见力，二三非要。公不从。敕季高曰：“大军十二月之交，必破妖虏。卿今时当至广州，倾其巢窟，令贼奔走之日，无所归投。”季高受命而行，如期克捷。
循方治兵旅舟舰，设诸攻备。公欲御以长算，乃屯军雷池。贼扬声不攻雷池，当乘流径下。公知其欲战，且虑贼战败，或于京江入海，遣王仲德以水舰二百于吉阳下断之。十二月，循、道覆率众数万，方舰而下，前后相抗，莫见舳舻之际。公悉出轻利斗舰，躬提幡鼓，命众军齐力击之；又上步骑于西岸。右军参军庾乐生乘舰不进，斩而徇之，于是众军并踊腾争先。军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。公中流蹙之，因风水之势，贼舰悉泊西岸，上军先备火具，乃投火焚之。烟焰张天，贼众大败，追奔至夜乃归。循等还寻阳。初分遣步军，莫不疑怪，及烧贼舰，众乃悦服。召王仲德，请还为前驱，留辅国将军孟怀玉守雷池。循闻有大军上，欲走向豫章，乃悉力栅断左里。大军至左里，将战，公所执麾竿折，折幡沈水，众并怪惧。公欢笑曰：“往年覆舟之战，幡竿亦折；今者复然，贼必破矣。”即攻栅而进。循兵虽殊死战，弗能禁。诸军乘胜奔之，循单舸走。所杀及投水死，凡万余人。纳其降附，宥其逼略。遣刘籓、孟怀玉轻军追之。循收散卒，尚有数千人，径还广州。道覆还保始兴。公旋自左里，天子遣侍中、黄门劳师于行所。
译文
武帝上
高祖武皇帝名裕，字德舆，小名叫寄奴，是彭城县绥舆里人，乃汉高祖刘邦的弟弟楚元王刘交的后代。刘交生下红懿侯刘富，刘富生下宗正刘辟强，刘辟强生下阳城缪侯刘德，刘德生下阳城节侯刘安民，刘安民生下阳城釐侯刘庆忌，刘庆忌生下阳城肃侯刘岑，刘岑生下宗正刘平，刘平生下东武城令（名不详），这位县令生下东莱太守刘景，刘景生下明经刘洽，刘洽生下博士刘弘，刘弘生下琅邪都尉刘悝，刘悝生下魏定襄太守（名不详），这位太守生下邪城令刘亮，刘亮生下晋北平太守刘膺，刘膺生下相国掾刘熙，刘熙生下开封令刘旭孙，刘旭孙生下刘混。刘混开始渡过长江，居住在晋陵郡丹徒县的京口里，官至武原令。刘混生下东安太守刘靖，刘靖生下郡功曹刘翘，这就是高祖的父亲。
高祖在晋哀帝兴宁元年（公元 363 年）癸亥岁三月壬寅夜出生。长大后，身高七尺六寸，体态相貌奇特。家境贫寒，却有远大志向，不拘小节。侍奉继母以孝顺恭谨闻名。
起初，高祖担任冠军将军孙无终的司马。晋安帝隆安三年（公元 399 年）十一月，妖贼孙恩在会稽作乱，晋朝卫将军谢琰、前将军刘牢之率军东征。刘牢之请求高祖参与府中军事。十二月，刘牢之抵达吴地，而贼兵沿途屯集，刘牢之命令高祖带领数十人，侦察贼兵的虚实远近。恰巧遇上贼兵到来，有数千人，高祖立即上前与他们交战。随从大多战死，而高祖斗志正盛，手持长刀奋力砍杀，杀伤贼兵很多。刘牢之的儿子刘敬宣担心高祖停留太久，恐怕被贼兵围困，于是率领轻骑兵寻找他。不久，大批骑兵赶到，贼兵才奔逃撤退，斩杀俘获一千多人。高祖率军冲锋前进，平定山阴，孙恩逃回海上。
隆安四年（公元 400 年）五月，孙恩再次进入会稽，杀死卫将军谢琰。十一月，刘牢之再次率领军队东征，孙恩退走。刘牢之屯兵上虞，派高祖戍守句章城。句章城既低矮又狭小，战士不足数百人。高祖常常身披铠甲、手持兵器，冲锋在士兵前面，每次作战都能摧毁敌军前锋、攻破敌阵，贼兵于是退回浃口。当时东征的各位将帅，治军没有纪律，士兵抢劫百姓，百姓深受其苦。只有高祖法令严明整齐，所到之处百姓无不亲近信赖他。
隆安五年（公元 401 年）春天，孙恩多次进攻句章，高祖屡次击败他，孙恩再次逃入海中。三月，孙恩从北方出海盐，高祖追击并从侧面掩护，在海盐旧治所修筑城池。贼兵每天来攻城，城内兵力很弱，高祖于是挑选数百名敢死士兵，都脱下铠甲，手持短兵器，一起击鼓呐喊冲出城。贼兵震惊恐惧，士气低落，高祖趁他们恐惧时发起冲锋，贼兵纷纷丢弃铠甲四散逃跑，高祖斩杀了他们的大帅姚盛。虽然连续作战获胜，但双方兵力悬殊，高祖独自深深忧虑。一天夜里，他收起旗帜，隐蔽士兵，好像已经逃走。第二天早晨打开城门，让几个瘦弱的病人登上城墙。贼兵远远地问刘裕在哪里，城上的人说：“夜里已经逃走了。” 贼兵相信了，于是率领众人大量攻城。高祖趁他们懈怠，奋力反击，大败贼兵。孙恩知道不能攻下城池，于是进军沪渎。高祖又放弃城池追击他。
海盐令鲍陋派儿子鲍嗣之率领一千吴地士兵，请求担任前锋。高祖说：“贼兵很精锐，吴地人不熟悉作战。如果前锋失利，必定会打败我军，可以在后面作为声援。” 鲍嗣之不听。当天夜里，高祖设置多处伏兵，又布置了旗帜战鼓，但每处不过几人。第二天，贼兵率领一万多人迎战。前锋刚交战，各处伏兵都出击，举起旗帜敲响战鼓。贼兵以为四面有军队，于是撤退。鲍嗣之追击逃兵，被贼兵杀死。高祖边战边退，贼兵势盛，部下死伤殆尽。高祖担心不能脱身，到了先前设伏的地方，就停下来，命令随从脱下死人的衣服穿上。贼兵以为他们要逃跑却反而停下，怀疑还有伏兵。高祖趁机呼喊再战，神情十分勇猛，贼兵果然相信有伏兵，于是率军离去。高祖慢慢返回，之后溃散的士兵逐渐聚集起来。
五月，孙恩攻破沪渎，杀死吴国内史袁山松，死亡四千人。当月，高祖在娄县再次击败贼兵。六月，孙恩乘胜从海上出兵，突然抵达丹徒，有战士十余万。刘牢之还屯兵山阴，京城震动。高祖日夜兼程，与贼兵同时到达。当时兵力既少，加上长途步行疲劳，而丹徒守军没有斗志。孙恩率领数万人击鼓呐喊登上蒜山，居民都挑着担子站着（准备逃跑）。高祖率领部下奔袭攻击，大败贼兵，贼兵投崖落水而死的很多。孙恩用大盾牌当筏子，才得以回到船上。虽然被击败，仍依仗人多，径直向京师进军。楼船高大，遇到大风不能前进，十天才到白石。不久得知刘牢之已经返回，朝廷有了防备，于是逃向郁洲。八月，任命高祖为建武将军、下邳太守，率领水军追击孙恩到郁洲，再次大败孙恩，孙恩向南逃走。十一月，高祖在沪渎、海盐追击孙恩，又打败他。三次战役，都大获全胜，俘虏斩杀数以万计。孙恩从此因饥饿瘟疫，死亡大半，从浃口逃奔临海。
元兴元年（公元 402 年）正月，骠骑将军司马元显西伐荆州刺史桓玄，桓玄也率领荆楚大军，东下讨伐司马元显。司马元显派镇北将军刘牢之抵抗，高祖参与刘牢之的军事，驻军溧洲。桓玄到达，高祖请求出击，刘牢之不许，反而要派儿子刘敬宣到桓玄那里求和。高祖与刘牢之的外甥东海人何无忌一起坚决劝阻，刘牢之不听。于是派刘敬宣到桓玄那里，桓玄攻克京城，杀死司马元显，任命刘牢之为会稽内史。刘牢之恐惧，告诉高祖说：“他要夺我的兵权，灾祸就要来了。现在我要向北到广陵依附高雅之举事，你能跟我去吗？” 高祖回答说：“将军率领数万精兵，却望风投降。他刚得志，威震天下。三军将士，人心已去，广陵怎么能到呢！我只能返回京口罢了。” 刘牢之反叛逃走，自缢而死。何无忌对高祖说：“我该去哪里？” 高祖说：“镇北将军前去必定不能幸免，你可以随我返回京口。桓玄如果能坚守臣节，北面称臣，我当与你侍奉他。否则，就与你图谋除掉他。现在正是桓玄矫情任智、笼络人心的时候，一定会任用我们。” 桓玄的堂兄桓修以抚军将军镇守丹徒，任命高祖为中兵参军，军职、郡职依旧。
孙恩败逃后，部众逐渐散去，他害怕被活捉，于是在临海投水而死。残余部众推举孙恩的妹夫卢循为主。桓玄想暂时安抚东部地区，任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受任命，却仍然劫掠不止。五月，桓玄再次派高祖东征。当时卢循从临海进入东阳。元兴二年（公元 403 年）正月，桓玄又派高祖在东阳击败卢循。卢循逃奔永嘉，高祖追击打败他，斩杀他的大帅张士道，追击到晋安，卢循从海上向南逃走。六月，加任高祖为彭城内史。
桓玄成为楚王，将要谋划篡位。桓玄的堂兄卫将军桓谦屏退众人问高祖说：“楚王功勋德行盛大，四海归附。朝廷的意思，都认为应当举行禅让，你认为怎么样？” 高祖早已立志除掉桓玄，于是谦逊地回答说：“楚王是宣武公（桓温）的儿子，功勋德行盖世。晋室微弱，民心早已转移，顺应天命禅代，有什么不可以！” 桓谦高兴地说：“你认为可以，那就是真的可以了。” 十二月，桓玄篡夺帝位，把晋安帝迁到寻阳。桓修入朝，高祖跟随到京城。桓玄见到高祖，对司徒王谧说：“昨天见到刘裕，相貌不凡，真是人中豪杰。” 每次游乐聚会，总是殷勤接待，赠送丰厚的礼物。高祖更加厌恶他。有人劝说桓玄：“刘裕龙行虎步，神情不凡，恐怕不会屈居人下，应当尽早除掉他。” 桓玄说：“我正要平定中原，非刘裕不能托付大事。等关陇平定后，再另作打算。” 于是下诏说：“刘裕以少胜多，屡次摧毁妖贼锋芒，渡海穷追，歼灭十分之八的贼兵。众将奋力作战，多受重伤。从元帅到将士，都应当论功行赏，以表彰功勋。”
此前，高祖东征卢循，何无忌跟随到山阴，劝他在会稽举义。高祖认为桓玄尚未占据帝位，且会稽遥远，事情难以成功，等他篡位叛逆的迹象明显后，再在京口图谋他，不愁不能成功。到这时桓修返回京城，高祖借口金疮发作，不能步行跟随，于是与何无忌同船返回，制定复兴晋室的计划。于是与弟弟刘道规、沛郡人刘毅、平昌人孟昶、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、太原人王元德、陇西人辛扈兴、东莞人童厚之，共同谋划起义。当时桓修的弟弟桓弘为征虏将军、青州刺史，镇守广陵。刘道规为桓弘的中兵参军，孟昶为州主簿。于是命令刘毅暗中前往孟昶那里，在江北聚集徒众，谋划起兵杀死桓弘。诸葛长民为豫州刺史刁逵的左军府参军，谋划占据历阳响应。王元德、童厚之在京城谋划，聚集众人进攻桓玄，约定日期同时行动。
元兴三年（公元 404 年）二月己丑朔（初一），乙卯（二十七日），高祖借口游猎，与何无忌等人收集义兵，共有同谋何无忌、魏咏之、魏咏之的弟弟魏欣之、魏顺之、檀凭之、檀凭之的侄子檀韶、弟弟檀祗、檀隆以及叔叔檀道济、檀道济的堂兄檀范之、高祖的弟弟刘道怜、刘毅、刘毅的堂弟刘籓、孟昶、孟昶的族弟孟怀玉、河内向弥、管义之、陈留周安穆、临淮刘蔚、堂弟刘珪之、东莞臧熹、堂弟臧宝符、侄子臧穆生、童茂宗、陈郡周道民、渔阳田演、谯国范清等二十七人；愿意跟随的有一百多人。丙辰（二十八日）清晨，城门打开，何无忌穿着传诏的服装，自称有诏书在前引导。义兵驰入城中，齐声大喊，官吏士兵惊慌溃散，没人敢动，立即斩杀桓修示众。高祖哭得十分悲痛，厚葬桓修。孟昶劝说桓弘当天出猎。天没亮打开城门，放出打猎的人，孟昶、刘道规、刘毅等率领五六十名壮士趁机开门直入。桓弘正在喝粥，立即被斩杀，于是收集部众渡过长江。
义军刚攻克京城，桓修的司马刁弘率领文武官吏前来。高祖登上城墙对他说：“郭江州（郭昶之）已在寻阳侍奉皇帝复位，我们都接到密诏，诛除叛逆党羽，今日相会。叛贼桓玄的首级，即将悬挂在大航。各位难道不是大晋的臣子吗，现在来想做什么？” 刁弘等人相信了，收兵撤退。刘毅到达后，高祖命令斩杀刁弘。
刘毅的哥哥刘迈先前在京城，起义前几天，高祖派同谋周安穆告知他，让他做内应。刘迈表面答应，内心十分恐惧。周安穆见他惊慌，担心事情泄露，于是驰马返回。当时桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈不知所措，就上船想前往郡中。当天夜里，桓玄写信给刘迈说：“北府的人心怎么样？你近来见到刘裕说了什么？” 刘迈以为桓玄已知密谋，早晨起来告诉了桓玄。桓玄惊惧，封刘迈为重安侯，不久又嫌刘迈不抓住周安穆，让他逃走，于是杀死刘迈。诛杀王元德、辛扈兴、童厚之等人。召桓谦、卞范之等谋划抵抗高祖。桓谦等人说：“赶快派兵攻击他们。” 桓玄说：“不行。他们的军队迅速精锐，抱着必死的决心。如果派水军前去，不能对抗；如有失误，他们的士气就会高涨而我们的事情就失败了！不如屯集大军在覆舟山等待他们。他们空行二百里，无处下手，锐气已挫，到达后，忽见大军，必定惊惧。我们按兵不动，坚守阵地，不与他们交锋。他们求战不得，自然会散去。这是上策。” 桓谦等人坚决请求出兵，于是派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷向北抵抗义军。桓玄自从听说义军起兵，忧虑恐惧，无计可施。有人说：“刘裕等人兵力微弱，怎么能成功，陛下何必过于忧虑！” 桓玄说：“刘裕堪称一代枭雄，刘毅家中贫困却敢一掷百万（赌博）；何无忌是刘牢之的外甥，很像他的舅舅。他们共同举事，怎能说不能成功。”
众人推举高祖为盟主，向京城发布檄文说：“治世与乱世交替，常理不会永远太平，狡诈之徒肆虐，有时正遇上圣明之时。我大晋王朝，屡次遭遇厄运。隆安以来，祸难接连降临皇室。忠臣死于虎口，贤良被豺狼残害。逆臣桓玄，欺凌人鬼，在荆郢拥兵自重，在京城肆意暴虐。上天未灭祸乱，凶徒势力兴起，一年之间，就颠覆皇位。皇上流亡，居于不该居的地方；国家政权沉沦，祖庙被毁。夏后遭遇浞、豷之乱，汉朝遭遇王莽、董卓之祸，与桓玄相比，都不值一提。自从桓玄篡位叛逆，至今多年，大旱不断，百姓毫无生气。加上士民疲于运输，文武百官苦于劳役，父子分离，家庭分散，岂止是《大东》诗中所说的织机空虚的悲伤，《摽有梅》诗中所说的女子嫁不出去的怨恨啊！仰观天象，俯察人事，这样的情况如果能长久，还有什么会灭亡！凡是有良心的人，谁不愤慨。我们之所以痛心泣血，坐立不安，就是因为这个。因此日夜操劳，扶助忠烈之士，暗中谋划，艰险超过踩虎尾。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘籓、振威将军檀凭之等人，忠烈之心可断金石，精诚贯通白日，持戈奋起，立志牺牲。益州刺史毛璩，万里响应，平定荆楚。江州刺史郭昶之，奉迎皇上，在寻阳建立宫廷。镇北参军王元德等人，都率领部下，据守石头城。扬武将军诸葛长民，收集义士，已占据历阳。征虏参军庾赜之等人，暗中联结，作为内应。同心协力，各地义军兴起，当日斩杀伪徐州刺史安城王桓修、青州刺史桓弘首级。义兵聚集，文武百官争先效力，都认为没有统一指挥，事情就无法成功。我推辞不得，于是总领军事要务。希望上凭祖宗之灵，下尽义士之力，消灭叛逆，肃清京城。公侯诸君，有的世代忠贞，有的身受爵禄，却都屈从奸贼，无法效力，看着大道，难道不悲伤吗！今日之举，正是好机会。我才能浅薄，不如古人，在国运衰败之时接受重任。忠诚之心尚未表明，感慨愤激，望苍天而长怀，观山川而更坚定。发布檄文之日，心神已驰向贼廷。
任命孟昶为长史，总领后方事务；檀凭之为司马。愿意跟随的百姓有一千多人。三月戊午朔（初一），在江乘遭遇吴甫之。吴甫之是桓玄的骁将，兵力精锐。高祖亲自手持长刀，大喊着冲锋，敌军都望风披靡，当即斩杀吴甫之。进军到罗落桥，皇甫敷率领数千人迎战。宁远将军檀凭之与高祖各领一队，檀凭之战败被杀，部下溃散。高祖作战更加勇猛，前后奋力攻击，及时击溃敌军，斩杀皇甫敷。起初，高祖与何无忌等谋划起义，有个善于相面的人说高祖及何无忌等人都将大贵，应验就在近期，只说檀凭之没有贵相。高祖与何无忌私下说：“我们既然同舟共济，按理说不应有差别。我们都富贵，檀凭之不应独自例外。” 深深不解相面人的话。到这时檀凭之战死，高祖知道事情必定成功。
桓玄听说皇甫敷等人都战死，更加恐惧，派桓谦屯兵东陵口，卞范之屯兵覆舟山西，兵力合计二万。己未（初二）清晨，义军吃完早饭，丢弃剩余粮食，进军到覆舟山东，让乞丐在山上张挂旗帜，作为疑兵；桓玄又派武骑将军庾祎之，配备精兵利器，援助桓谦等人。高祖身先士卒冲锋，将士都殊死作战，无不以一当百，呼声震动天地。当时东北风很急，高祖趁机下令放火，浓烟烈焰冲天而起，呐喊声震动了整个京城。桓谦等人的各路军队，一下子就土崩瓦解了。桓玄虽然一开始派兵摆好了阵势，但逃跑的念头早就定了，另外派领军将军殷仲文在石头城准备好船只，自己带着子侄们坐船向南逃走了。
庚申日，高祖镇守石头城，设立了临时朝廷（留台），总管百官事务，在宣阳门外烧掉了桓温的牌位，制作了晋朝新的先祖牌位，安放在太庙中。派遣众将帅追击桓玄，尚书王嘏率领百官迎接皇帝回朝。司徒王谧和众人商议推举高祖兼任扬州刺史，高祖坚决推辞。于是任命王谧为录尚书事，兼任扬州刺史。接着大家推举高祖为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。
在此之前，朝廷沿袭晋朝混乱的政局，百官放纵懈怠，桓玄虽然想整顿，却没人听从。高祖以身作则，首先用威严约束朝廷内外，百官都恭敬地履行职责。短短两三天内，风气就彻底改变了。而且桓玄虽然凭着雄豪被推重，一旦登上高位，晋朝四方的地方长官和在朝大臣，都尽心侍奉他，君臣的名分已经确定。高祖在朝廷职位低微，没有一支部队，却在民间奋起，倡导大义恢复皇位。因此王谧等当时有名望的人，无不既惭愧又畏惧他。
诸葛长民没能按时起兵，被刁逵抓住押送京城，还没到京城桓玄就失败了。桓玄经过寻阳时，江州刺史郭昶之为他准备了皇帝的车马物资。桓玄收罗到两千多人，挟持天子逃往江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领各路军队追击。尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥等人，是江东的豪门大族。王绥年轻时名声很大，因为高祖出身平民，非常轻视他。王绥是桓氏的外甥，也有猜疑之心。高祖把他们全都杀了。四月，尊奉武陵王司马遵为大将军，让他代行皇帝职权，大赦天下，只有桓玄一祖的后代不在赦免之列。
起初，高祖家境贫寒，曾经欠刁逵三万社钱，过了很久都没法偿还。刁逵催讨得很严，王谧到刁逵那里见到高祖，暗中替他还清了债务，高祖才得以脱身。高祖名声低微、职位低下，名流们都不和他交往，只有王谧和他来往。桓玄将要篡位时，王谧亲手解下晋安帝的玉玺绶带，成了桓玄的开国功臣。等到起义的大旗举起，众人都认为王谧应该被杀，只有高祖保护他。刘毅曾经趁着朝会，问王谧玉玺绶带在哪里，王谧更加害怕。等到王愉父子被诛杀，王谧的堂弟王谌对王谧说：“王驹（王愉的小名）没有罪，可义军却杀了他，这是在除掉比自己强的人，来断绝百姓的期望。兄长您既然是桓氏的党羽，名声职位又这么高，想求得免罪可能吗？” 王谧害怕了，逃到了曲阿。高祖写信给大将军，极力保护王谧，把他接了回来，恢复了他的职位。光禄勋丁承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀役使宫人，被御史中丞王祯之弹劾，他们的谢罪奏书言辞充满怨恨。丁承之前往司法部门（待罪）。高祖给大将军写信，说 “褚粲等人身为大臣，有想法就应该完全说出来，觉得执法不公，自然应该据理力争，却胡乱发泄怨恨，把责任推给官府，应该加以裁决，来端正风气”。于是把他们都免了官。
桓玄的儿子桓韶，聚集部众向历阳进军，高祖命令辅国将军诸葛长民击退了他。何无忌、刘道规在桑落洲打败了桓玄的大将郭钤等人，各路军队进占寻阳。高祖被加授督江州诸军事。桓玄回到荆、郢之后，大量聚集兵众，召集水军建造楼船、器械，率领两万人，挟持天子从江陵出发，沿江东下，与冠军将军刘殷等人在峥嵘洲相遇，各路军队发起进攻，大败桓玄。桓玄抛弃部众，又挟持天子返回江陵。桓玄的党羽殷仲文侍奉晋朝的两位皇后返回京城。桓玄到了江陵，于是向西逃跑。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产侍奉天子进入南郡府。起初，征虏将军、益州刺史毛璩，派堂孙毛祐之与参军费恬送弟弟的灵柩东下，有两百名部众。毛璩的侄子毛修之当时担任桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄进入蜀地。到了枚回洲，费恬与毛祐之迎上去射箭。益州督护冯迁斩杀了桓玄，把他的首级传送到京城，又在江陵的集市上斩杀了桓玄的儿子桓升。
起初，桓玄在峥嵘洲战败，义军以为大事已定，追击得不快。桓玄死后快十天了，各路军队还没赶到。桓玄的侄子桓振逃到华容的涌中，招集了数千名叛逆党羽，清晨袭击江陵城，居民们竟然都跑出去归附他。王腾之、康产都被杀死了。桓谦先前藏在沮川，也聚集部众响应。桓振为桓玄举哀，设立了灵堂。桓谦率领百官向晋安帝进献玉玺绶带。何无忌、刘道规到了江陵之后，与桓振在灵溪交战。桓玄的党羽冯该又在杨林设下埋伏，义军战败，退回寻阳。兖州刺史辛禺怀有二心。恰逢北青州刺史刘该反叛，辛禺请求去征讨刘该，驻军淮阴，又反叛了。辛禺的长史羊穆之斩杀了辛禺，把他的首级传送到京城。十月，高祖兼任青州刺史，可以带一百名披甲卫士进入宫殿。
刘毅等各路军队再次进军到夏口。刘毅攻打鲁城，刘道规攻打偃月垒，都攻下来了。十二月，各路军队进军平定了巴陵。
义熙元年（公元 405 年）正月，刘毅等人到了江津，打败了桓谦、桓振，江陵平定。天子恢复了帝位。三月，天子从江陵回到京城。下诏说：“古代最重要的是天地，其次是君臣，以此来排列日月星辰，使神人交替有序，道理本源于混沌之时，而运数循环于万代。所以盛衰交替出现，四季变化相通；王道有时昏暗，贤贞之士就会拯救危局。天命因此永固，人心因此和顺。虽然夏、周中途衰败，依靠靡、申的功绩得以恢复；王莽、司马伦篡位，实在是依靠汉、晋二代才得以维系，有的凭借资质名号，有的功业在不同时代兴盛，仍然被诗书赞美，记载为美谈。没有像今天这样顺应民心、安抚百姓，真诚发自内心而事理相合，从已沉沦的境地中拯救国家政权，如此兴盛的。朕以寡德愚昧，遭遇家难，自从遭受忧患，正逢困厄极点。逆臣桓玄，趁机放纵恶行，穷凶极恶，肆虐天下。于是欺骗人神，肆意篡位叛乱。祖宗的基业已被湮没，祖庙的祭祀全被断绝，就像坠入深渊，也不足以比喻。
晋朝皇运，上天降下英哲，使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并、江九州诸军事、镇军将军、徐青二州刺史刘裕，忠诚显于天地，神武闻名于世，因此能忠贞明达、与众契合，义士纷纷响应。所以顺应声威一呼，四海响应；英风振奋，皇宫清净。等到冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规，舟船旗帜迅速推进，元凶的首级被传送；回师多次出击，荆、汉的迷雾就廓清了。使宣、元二帝的福运，像嵩、岱二山一样永固；倾覆的基业重新建造，再集于朕身。宗庙享受七百年的福佑，皇基融合新的天命。思念功绩德行，永远铭记于心。本来已经是道冠开天辟地，独绝千古，有史以来，前所未有。虽然功高无比，难以用文字描述，但尊崇功勋、任命贤德，是贤明君主首先要做的，将以弘扬道义、治理国家，这关乎国家的盛衰。因此伊尹、吕望接受特殊的赏赐，齐桓公、晋文公享受完备的礼仪，何况宏大的功绩旷世无比，超越百代的人，应当享有最高的名位器物，来光大国家的兴盛。而镇军将军谦虚自守，真诚的旨意多次显示。朕难以违背仲父（对刘裕的尊称）的意愿，这也更能彰显他的美德。镇军将军可进位侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。赐给大邦封地，开拓疆土。
高祖坚决辞让；加授录尚书事，又不接受，多次请求返回藩镇。天子不允许，派遣百官敦促劝进，又亲自到高祖的府第。高祖惶恐不安，到皇宫陈述请求，天子没法改变他的意愿。当月，高祖返回丹徒镇守。天子又派遣大使敦促劝进，高祖还是不接受。于是改授他都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，连同之前的共十六州诸军事，本官依旧。于是高祖接受任命，解除青州刺史职务，加任兼任兖州刺史。
卢循从海上攻破广州，俘获了刺史吴隐之。于是任命卢循为广州刺史，任命他的同党徐道覆为始兴相。义熙二年（公元 406 年）三月，高祖都督交、广二州。十月，高祖上奏说：“从前上天降祸皇室，大奸篡位，我们作为旧臣，蒙受国恩，上合顺应天命的符兆，下激人臣的愤怒，虽然有社稷的神灵保佑，但也依靠众人的力量才成功。那些辅助拥戴、忠诚勤劳的辅佐之臣，文武尽力的将士，我若坚持自己的谦虚，会损害国家的体制，现申报各路军队中首先起义、共同谋划的，开始平定京口、广陵二城。我及抚军将军刘毅等二百七十二人，以及后来赴义出京，沿途大战，剩余的一千五百六十六人。还有辅国将军诸葛长民、已故给事中王元德等十人，各有一千八百四十八人，请求给予正式封赏。那些西征的军队，待统计后陆续上报。” 于是尚书上奏封起义谋主镇军将军刘裕为豫章郡公，食邑万户，赐绢三万匹。其余的封赏各有差别。镇军府的官吏，俸禄比已故太傅谢安的府第低一等。十一月，天子重申前令，加任高祖侍中，进号车骑将军、开府仪同三司。高祖坚决辞让。下诏派遣百官敦促劝进。义熙三年（公元 407 年）二月，高祖返回京城，将要到廷尉自首（辞让封赏）；天子先下诏让狱官不得接受，高祖到皇宫陈述辞让，才被允许。随即返回丹徒。
闰月，府将骆冰图谋作乱，将要被抓时，单骑逃跑，被追上斩杀。诛杀了骆冰的父亲永嘉太守骆球。骆球本是东阳郡的小吏，孙恩作乱时，在长山起义，因此被提拔任用。起初，桓玄失败后，因为桓冲忠诚，录用了他的孙子桓胤。到这时骆冰图谋以桓胤为主，与东阳太守殷仲文暗中勾结。于是诛杀了殷仲文及其两个弟弟。凡是桓玄的余党，到这时都被诛杀了。
天子派遣兼太常葛籍授予高祖策书说：“有扈氏罪恶滔天，夷羿趁机作乱，扰乱纲纪，实在危害皇权。贼臣桓玄，依仗恩宠肆意叛逆，摧毁华、霍二山，倒拔嵩、岱二山，五岳被毁，大地易位。您是旷世英才，怀才待时，顺应民心、心怀恭敬，立誓洗刷国耻。愤慨于国家衰败，真诚发自日夜。不久岁月流逝，皇权远去，忠孝之心深藏，贯通天地人。您于是抓住时机，实现谋划，向苍天诉冤，率领义旅出征；数百精锐冲锋，势如闪电，百万敌军不能抵抗，道路上立刻树立起城池。于是使巨鲸溃败，暴尸汉水，朝廷的胜算远播，重重迷雾被清除，天地清明，日月重光，事业永传，功高开天辟地，道理微妙难以言说，情义感动朕心。如果只是自身成就功业，尚且应受爵位，何况真诚品德都深厚，功勋冠绝天人呢！因此建立邦国，永享山河，思念不忘，这并非足以报答。去吧！辅佐朕，长久辅佐晋朝，流风传祚，光辉无穷。请接受嘉奖策书，弘扬朕的命令。” 十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧去世。
义熙四年（公元 408 年）正月，征召高祖入朝辅政，授予侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书、徐兖二州刺史如故。高祖上表请求解除兖州刺史职务。此前，派遣冠军将军刘敬宣讨伐蜀地贼寇谯纵，无功而返。九月，因刘敬宣战败退军，高祖请求退位，不被允许。于是降为中军将军，开府如故。
起初，伪燕王鲜卑人慕容德在青州僭越称帝，慕容德死后，侄子慕容超继位，前后多次侵扰边境。义熙五年（公元 409 年）二月，大肆劫掠淮北，抓获阳平太守刘千载、济南太守赵元，驱赶劫掠一千多家。三月，高祖上表北伐，以丹阳尹孟昶监管中军留府事务。四月，水军从京城出发，溯淮水进入泗水。五月，到达下邳，留下船舰辎重，步兵进军琅邪；所过之处都修筑城池留守。鲜卑梁父、莒城二戍的守军都逃跑了。慕容超听说晋军将至，他的大将公孙五楼劝说慕容超：“应当占据大岘，割除粟苗，坚壁清野等待他们。他们孤军深入没有物资，求战不得，一个月之间，就能轻易打败他们。” 慕容超不听，说：“他们远道而来疲劳，势必不能长久；只应引诱他们过岘山，我以铁骑践踏他们，不愁不能攻破。怎能预先割除苗稼，先削弱自己呢！” 起初，高祖将要出发时，议论的人认为贼兵听说大军远征，必定不敢出战。如果不阻断大岘，应当坚守广固，割除粟苗、坚壁清野，以断绝三军的物资，不仅难以成功，还将不能返回。高祖说：“我早已揣摩透了。鲜卑人贪婪，没有长远打算，前进贪图战利品，后退吝惜粟苗。认为我孤军深入，不能持久，不过是进据临朐，退守广固。我一旦进入岘山，士兵就没有退心，驱使必死的士兵，进攻怀有二心的敌人，不愁不能攻克！他们不能清野固守，我为各位担保。” 高祖进入岘山后，举手指着天说：“我的事情成功了！”
六月，慕容超派遣公孙五楼及广宁王贺赖卢先占据临朐城。听说大军到达后，留下老弱守卫广固，于是全军出动。临朐有巨蔑水，离城四十里，慕容超告诉公孙五楼说：“快去占据那里，晋军得到水源，就难以攻击了。” 公孙五楼驰马进军。龙骧将军孟龙符率领骑兵在前，奔去争夺水源，公孙五楼于是撤退。各路军队步行前进，有四千辆战车，分战车为两翼，并排缓慢前进，战车都张起帷幔，车夫手持长矛，又以轻骑兵作为游军。军令严肃，队伍整齐。离临朐还有几里，贼兵一万多铁骑，前后交至。高祖命令兖州刺史刘籓、弟弟并州刺史刘道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等，合力攻击。接近傍晚，高祖派遣谘议参军檀韶直趋临朐。檀韶率领建威将军向弥、参军胡籓驰往，当天攻陷城池，斩杀他们的牙旗，全部俘获慕容超的辎重。慕容超听说临朐已被攻克，率领部众逃走。高祖亲自击鼓，贼兵大败。慕容超逃回广固。俘获慕容超的马匹、伪辇、玉玺、豹尾等，送到京城；斩杀他的大将段晖等十余人，其余斩杀俘获数以千计。第二天，大军进逼广固，屠杀大城。慕容超退守小城。于是设置长围防守，围墙高三丈，外面挖三道壕沟。停止江、淮的转运，在齐地就地取粮。安抚接纳投降归附的人，华人夷人都很高兴；选拔人才授予爵位，加以任用。七月，下诏加任高祖北青、冀二州刺史。慕容超的大将垣遵、垣遵的弟弟垣苗都率领部众归顺。高祖正在制作攻城器具，城上的人说：“你们得不到张纲，不能做什么。” 张纲是慕容超的伪尚书郎，此人有巧妙的构思。恰逢慕容超派遣张纲向姚兴称臣，请求军队救援。姚兴假意答应，而实际上畏惧高祖，不敢派遣。张纲从长安返回，泰山太守申宣抓住他送过来。于是让张纲登上楼车，向城内展示，城内无不惊慌失色。于是让张纲大量制作攻城器具。慕容超求救不成，张纲反而被俘，更加忧虑恐惧，于是请求称臣，请求以大岘为界，献马千匹。高祖不答应，围攻更加紧急。河北居民手持兵器、背负粮食前来的，每天数以千计。
录事参军刘穆之，有治理的才能，高祖以他为谋主，行动必定咨询他。当时姚兴派遣使者告诉高祖说：“慕容与我相邻友好，又因困窘求救，现在我将派遣十万铁骑，径直占据洛阳。晋军如果不退兵，就将派遣铁骑长驱直入。” 高祖叫来姚兴的使者回答说：“告诉你的姚兴，我平定燕国之后，休整三年，就会平定关、洛地区。现在他要是敢自己送上门来，就请快点来！” 刘穆之听说有羌族使者来，连忙赶过来，可高祖已经把使者打发走了。高祖把姚兴的话和自己的回答，一五一十地告诉了刘穆之。刘穆之责怪高祖说：“平常不管大事小事，你都会跟我商量。这事本该好好琢磨，怎么能这么仓促就答复呢？你回答姚兴的话，不仅威慑不了敌人，反倒会激怒他。要是燕国还没攻克，羌族的救兵突然来了，真不知道该怎么应对！” 高祖笑着说：“这是军事机密，不是你能明白的，所以没跟你说。用兵贵在神速，他要是真能派救兵，肯定怕我们知道，哪会先派使者通报？这不过是他见我们讨伐燕国，心里已经害怕了，故意说大话罢了。” 九月，朝廷进封高祖为太尉、中书监，高祖坚决推辞。伪徐州刺史段宏先前逃奔北魏，十月，从河北前来归顺。
张纲制成了攻城器具，设计了各种巧妙的玩意儿，像飞楼、木幔之类，应有尽有。城上的火石弓箭，这下全用不上了。义熙六年（公元 410 年）二月丁亥日，大军攻占广固城，进行了屠杀。慕容超翻墙逃跑，征虏贼曹乔胥抓住了他。高祖诛杀了慕容超的亡命党羽，接纳了一万多降兵，缴获两千匹马。把慕容超押送到京城，在建康市将他斩首。
高祖北伐的时候，徐道覆一直有觊觎之心，劝卢循趁虚出兵，卢循不听。徐道覆于是到番禺劝说卢循：“我们本来住在岭南，难道就能满足于现状吗？只是因为刘裕不好对付罢了。现在他把军队屯在坚固的城池下，没日子回师。用这些想回乡的敢死士兵，偷袭何无忌、刘毅等人，易如反掌。不趁这个机会行动，却只求一时安稳，等他平定齐国之后，稍作休整，过不了一两年，肯定会下诏书征召你。要是刘裕亲自率军到豫章，派遣精锐越过南岭，就算将军有神武之才，恐怕也抵挡不住。今天的机会，万万不能错过。攻克京城后，摧毁他的根基，到时候刘裕就算回来，也无能为力了。” 卢循听从了他，于是率领部众越过南岭。当月，侵犯南康、庐陵、豫章，各郡太守都弃职逃跑。当时平定齐国的消息还没传到，朝廷急忙派使者征召高祖。高祖刚攻克齐国时，想留在下邳镇守，清理黄河、洛水流域，不久征召的使者就到了，他当天就下令班师回朝。
镇南将军何无忌与徐道覆在豫章交战，战败，何无忌被杀，朝廷内外震动惊骇。朝廷想护送天子北上去投奔高祖，不久得知贼兵还没到，人心才稍微安定。高祖到了下邳，用船运送辎重，自己率领精锐步兵往回赶。到了山阳，听说何无忌被害，担心京城失守，于是轻装急行，和几十个人到了淮河岸边，向行人打听朝廷的消息。有人说：“贼兵还没到，刘公要是回来了，就没什么可担心的了。” 高祖大喜，独自乘船过江，径直到达京口，众人这才安定下来。四月癸未日，高祖抵达京城，解除戒严，让士兵休息。
抚军将军刘毅上表请求南征，高祖写信给刘毅说：“我过去讨伐妖贼，熟悉他们的战术变化，他们刚打了胜仗，锋芒可不能轻视。应该等装备整齐后，我和你一起出兵。” 又派刘毅的堂弟刘籓前去阻止他。刘毅不听，率领两万水军，从姑孰出发。卢循起初东下时，派徐道覆攻向寻阳，自己侵犯湘中各郡。荆州刺史刘道规派兵到长沙，被卢循打败。卢循径直到达巴陵，将要攻向江陵。徐道覆听说刘毅进军，派使者报告卢循说：“刘毅兵力强盛，成败就在这一战了，我们应该合力摧毁他。要是这一战能取胜，天下就再没什么大事了。根基稳固后，不愁上面不平定。” 卢循当天从巴陵出发，与徐道覆连旗东下。另外还有八艘艚舰，高四层，十二丈。高祖因为南藩失守，上表请求交回印章绶带，朝廷下诏不允许。五月，刘毅在桑落洲战败，弃船步行逃跑，剩余部众无法逃离的，都被贼兵擒获。起初，卢循到寻阳时，听说高祖已回，还不信。攻破刘毅后，才确信高祖真的回来了，众人相视失色。卢循想退回寻阳，进军平定江陵，占据这二州来对抗朝廷。徐道覆认为应该乘胜直进，坚决争执。犹豫了好几天，卢循才听从了他。
刘毅战败的消息传来，朝廷内外一片混乱。当时北伐的军队刚回来，很多人受伤生病。京城的战士，不足数千人。贼兵已经攻破江、豫二镇，有战士十余万，舟车绵延百里。逃回来的败兵，都声言贼兵如何强盛。孟昶、诸葛长民害怕贼兵逼近，想挟持天子过江，高祖不答应，孟昶坚持请求不止。高祖说：“现在重镇外倾，强寇内逼，人心惶恐，没有坚定的意志。如果一旦迁都，就会土崩瓦解，江北又怎么能到得了！就算能到，也不过是拖延时日罢了。现在士兵虽少，足够打一仗。如果取胜，君臣同享太平；如果厄运难逃，我就以死保卫社稷，横尸庙门，实现向来以身许国的志向，不能逃到草野里求生。我已经决定了，你别再说了！” 孟昶担心不能成功，于是写了表章说：“臣刘裕北讨，众人都不同意，只有臣赞成他的计划，致使强贼乘虚而入，社稷危急，这是臣的罪过。现在谨以死谢罪天下。” 封好表章后，就服毒自杀了。
于是朝廷大肆悬赏招募，投身起义的人，待遇和攻克京城时一样。发动居民修缮石头城，树立旗帜戒严。当时议论的人认为应该分兵防守各渡口要地。高祖认为：“贼众我寡，要是分兵屯守，就会让敌人摸清虚实。而且一处失利，就会动摇三军士气。现在在石头城聚集兵力，根据情况接应，既能让贼兵无法估量我军多少，又能集中兵力。如果后续军队集结，再慢慢商议。” 于是移驻石头城，在淮河设栅阻断查浦。不久贼兵大批到来，高祖推测说：“贼兵如果从新亭直进，锋芒不可阻挡，应该暂且回避，胜负难料；如果回泊西岸，就会被我们擒获。”
徐道覆想从新亭、白石焚舟而上。卢循多疑少决，常想求万全之策，对徐道覆说：“大军还没到，孟昶就望风自杀了，从大势来看，他们自然会日渐溃败。现在在一天内决胜负，既不是稳妥的办法，还会杀伤士兵，不如按兵等待。” 当时高祖登上石头城观望卢循的军队，起初见他们驶向新亭，高祖回头看左右，脸色都变了；不久他们回泊蔡洲。徐道覆还想进军，卢循阻止了他。从此各路军队陆续集结，修缮越城，修筑查浦、药园、廷尉三垒，都派重兵防守。冠军将军刘敬宣屯驻北郊，辅国将军孟怀玉屯驻丹阳郡西，建武将军王仲德屯驻越城，广武将军刘默屯驻建阳门外。派宁朔将军索邈率领一千多匹鲜卑装备精良的虎班突骑，都披着五彩铠甲，从淮北到新亭。贼兵都聚集观看，个个畏惧；但仍希望京城及三吴地区有响应他们的人。贼兵派遣十余艘舰船来拔石头城的栅栏。高祖命令用神弩射击，每发必中，摧毁敌舰，卢循于是停止，不再攻栅。贼兵在南岸设伏兵，让老弱都乘船驶向白石。高祖担心他们从白石步行上岸，于是率领刘毅、诸葛长民北出抵抗，留参军徐赤特戍守南岸，命令他坚守不动。高祖离开后，贼兵焚烧查浦步行上岸，徐赤特的军队战败，死亡一百多人。徐赤特抛弃剩余部众，独自乘船渡过淮河，贼兵于是率领数万人屯驻丹阳郡。高祖率领各路军队驰回，众人担心贼兵过江，都说高祖应当径直返回抵抗，高祖先分兵回石头城，众人都不明白他的用意。让士兵解甲休息，洗浴饮食，然后出兵在南塘列阵。因为徐赤特违反命令，将他斩杀。命令参军诸葛叔度、朱龄石率领一千多精锐士兵渡过淮河。数千贼兵，都手持长刀长矛，铠甲耀眼，奋勇前进。朱龄石率领的多是鲜卑人，擅长步槊，结成阵势等待。贼兵短兵相接，无法抵抗，死伤数百人，于是退走。恰逢日暮，众人返回。
刘毅战败后，豫州主簿袁兴国反叛，占据历阳响应贼兵。琅邪内史魏顺之派将领谢宝讨伐斩杀了他。袁兴国的司马袭击谢宝，魏顺之不救援就退走了，高祖发怒，斩杀了魏顺之。魏顺之是魏咏之的弟弟。于是功臣们都很震动，没人敢不服从命令。六月，改授高祖太尉、中书监，加黄钺。高祖接受黄钺，其余职务坚决辞让。任命司马庾悦为建威将军、江州刺史，从东阳出豫章。七月庚申日，贼兵从蔡洲南走，回屯寻阳。高祖派遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追击。高祖返回东府，大规模训练水军，都是大舰重楼，高的有十余丈。卢循派遣他的大将荀林侵犯江陵，桓谦先前从江陵逃奔羌人，又从羌人那里进入蜀地，伪主谯纵任命他为荆州刺史。桓谦及谯道福率领二万军队，出袭江陵，恰巧与荀林相遇，相距一百多里。荆州刺史刘道规在枝江斩杀桓谦，在江津打败荀林，追击到竹町，斩杀了他。起初，卢循逃走时，高祖知道他必定侵犯江陵，立即派淮陵内史索邈率领骑兵从陆路救援荆州；又派建威将军孙季高率领三千人，从海路袭击番禺。江州刺史庾悦到五亩峤，贼兵派一千多人据守峤道，庾悦的前锋鄱阳太守虞丘进攻破了他们。高祖整治军队完毕。十月，率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶等水军南伐。以后将军刘毅监管太尉留守府，后方事务都委托给他。当月，徐道覆率领三万人侵犯江陵。荆州刺史刘道规又大败他们，斩首一万多级，徐道覆逃回盆口。起初，高祖派遣索邈时，索邈在路上被贼兵阻断，徐道覆战败后才到达。自从卢循东下，江陵与京城断绝消息，传言都说江陵已陷落。等到索邈到达，才知道卢循逃走了。
卢循起初从蔡洲南走时，留下他的亲党范崇民五千人，一百多艘高舰，戍守南陵。王仲德等听说大军将要到达，就进攻他们。十一月，大败范崇民的军队，焚烧他们的舟舰，收编他们的散兵。卢循的广州守兵，没防备海路。当月，建威将军孙季高从海路突然到达，而番禺城池坚固整齐，还有数千守兵。孙季高焚烧贼兵的舟舰，全力进攻，四面攻城，当天就屠杀了全城。卢循的父亲乘轻舟逃奔始兴。孙季高安抚当地百姓，诛杀卢循的亲党，整兵坚守。起初，高祖派遣孙季高时，众人都认为海路艰难遥远，难以到达；而且分走现有兵力，是不必要的。高祖不听，命令孙季高说：“大军在十二月之交，必定攻破妖虏。你现在应该到达广州，摧毁他们的巢穴，让贼兵逃跑时，没有地方可归。” 孙季高接受命令出发，如期取胜。
卢循正在整治军队舟舰，设置各种攻城装备。高祖想用长远之计抵御，于是屯军雷池。贼兵扬言不攻雷池，将顺流直下。高祖知道他们想作战，且担心贼兵战败后，或许从京江入海，派王仲德率二百艘水舰在吉阳下游阻断他们。十二月，卢循、徐道覆率领数万人，战船并列东下，前后相连，看不到头尾。高祖出动全部轻快斗舰，亲自执掌幡鼓，命令众军合力攻击；又派步兵骑兵在西岸登陆。右军参军庾乐生乘舰不前，高祖斩杀示众，于是众军都奋勇争先。军中多有万钧神弩，所到之处无不摧毁。高祖在中流逼击，借助风水之势，贼舰都停泊西岸，登陆的军队预先准备了火具，于是投火焚烧。烟焰冲天，贼兵大败，高祖追击到夜里才返回。卢循等人回到寻阳。起初分遣步兵时，众人都疑惑不解，等到烧毁贼舰，众人才心悦诚服。高祖召王仲德回来作为前锋，留辅国将军孟怀玉守雷池。卢循听说有大军西进，想逃向豫章，于是全力设栅阻断左里。大军到左里，将要交战，高祖手中的麾竿折断，旗帜沉入水中，众人都惊异恐惧。高祖欢笑说：“往年覆舟之战，幡竿也折断；现在又这样，贼兵必定被攻破。” 立即攻栅前进。卢循的士兵虽然殊死作战，也抵挡不住。各路军队乘胜追击，卢循单船逃走。被杀及投水而死的，共一万多人。高祖接纳投降归附的人，宽恕被逼迫裹挟的人。派刘籓、孟怀玉率轻军追击。卢循收罗散兵，还有数千人，径直返回广州。徐道覆回守始兴。高祖从左里返回，天子派遣侍中、黄门在途中慰劳军队。